Temelji biokemije 2023 - seminar

Temelji biokemije- seminar

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita. Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena. Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih. Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan tukaj.

Seznam seminarjev

Ime in priimek	Naslov seminarja	Povezava	Rok za oddajo	Rok za recenzijo	Datum predstavitve	Recenzent 1	Recenzent 2	Recenzent 3
Anna Scott	Moj naslov v slovenščini, link pa kaže na povzetek	povezava	28.10.	05.11.	07.11.	r1	r2	r3
Lenka Stanković	Optimizirano antiangiogeno reprogramiranje tumorskega mikrookolja potencira imunoterapijo CD40	https://www.pnas.org/content/117/1/541	24.02.	27.02.	03.03.	Špela Došler	Zala Perko	Marija Dujaković
Ena Kartal	Kako celično staranje vodi do nevrodegeneracije	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200129174540.htm	24.02.	27.02.	03.03.	Jasmina Bešić	Ana Žagar	Neža Leskovar
Ema Kovačič	Izpostavljenost ploda materinski mikrobioti	https://insight.jci.org/articles/view/127806	24.02.	27.02.	03.03.	Nikola Janakievski	Karin Rak	Luka Hafner
Nika Tomsič	Pomembnost in delovanje sladkornega prenašalca PfHT1 v parazitu malarije	24.02.	27.02.	03.03.	Maja Deutsch	Jakob Tomšič	Marigona Beqiraj
Sara Golob	Vpliv virusa Herpesa simpleksa tipa 1 na razvoj Alzheimerjeve bolezni	https://www.sciencedaily.com/releases/2018/10/181019100702.htm	24.02.	27.02.	03.03.	Manca Pirc	Maja Kobal	Rebeka Jerina
Zala Puklavec	Globoko učenje vodi do odkritja novih antibiotikov	https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30102-1?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420301021%3Fshowall%3Dtrue	04.03.	07.03.	10.03.	Nika Bedrač	Špela Došler	Zala Perko
Martin Stanonik	De novo pojavitev adapterskih membranskih proteinov iz timinsko bogatih genskih sekvenc	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218104740.htm	04.03.	07.03.	10.03.	Ivana Trifunovska	Jasmina Bešić	Ana Žagar
Klara Kočman	Novi koronavirus SARS-CoV-2 in SARS-CoV	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200131114755.htm	04.03.	07.03.	10.03.	Bor Krajnik	Nikola Janakievski	Karin Rak
Maša Mencigar	Vpliv apoptotskih celic na imunski sistem	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200108123137.htm	04.03.	07.03.	10.03.	Erik Putar	Maja Deutsch	Jakob Tomšič
Nevena Ješić	Nepravilne komunikacije med celicami vodijo v levkemijo	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144824.htm	04.03.	07.03.	10.03.	Ela Bizjak	Manca Pirc	Maja Kobal
Nika Perko	Enkapsulacija eteričnega olja pomarančevca v celice gliv kvasovk	https://parasitesandvectors.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13071-019-3870-4	10.03.	13.03.	24.03.	Lenka Stanković	Nika Bedrač	Špela Došler
Timotej Sotošek	Protivirusni remdesivir potentno inhibira RNA-odvisno RNA polimerazo od Srednje vzhodni respiratorni sindrome koronavirusa		10.03.	13.03.	24.03.	Ena Kartal	Ivana Trifunovska	Jasmina Bešić
Hana Glavnik	Kako paraziti malarije zaznajo imunske celice in se pred njimi zaščitijo	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218124346.htm	10.03.	13.03.	24.03.	Ema Kovačič	Bor Krajnik	Nikola Janakievski
Maja Deutsch	Globalni kemični učinki mikrobioma vključujejo nove konjugacije žolčne kisline	https://www.nature.com/articles/s41586-020-2047-9	17.03.	20.03.	24.03.	Martin Stanonik	Ena Kartal	Ivana Trifunovska
Eva Ratajc	Z-DNA vezavni protein 1 kot ključni dejavnik kontrolirane replikacije virusa Zahodnega Nila in virusa zika	https://www.readcube.com/articles/10.3389/fmicb.2019.02089	17.03.	20.03.	24.03.	Anja Moškrič	Ema Kovačič	Bor Krajnik
Lana Kores	Preučevanje ionskega kanalčka TRPA1 in bolečine s toksinom avstralskega škorpijona	https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190822113400.htm	17.03.	20.03.	24.03.	Maša Mencigar	Nika Tomsič	Erik Putar
Jan Kogovšek	Inhibitor plazmepsina zmoti več stanj življenjskega cikla parazita malarije	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141514.htm	24.03.	27.03.	31.03.	Nika Perko	Zala Puklavec	Lenka Stanković
Nina Žgajnar	In vitro samostojno podvojevanje in policistronsko izražanje večjih sintetičnih genomov	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218130501.htm	24.03.	27.03.	31.03.	Timotej Sotošek	Martin Stanonik	Ena Kartal
Erika Rihter			24.03.	27.03.	31.03.	Hana Glavnik	Anja Moškrič	Ema Kovačič
Luka Šegota	Sulfolipid-1 je sprožilec kašlja, ki prenaša tuberkulozo	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200306183349.htm	24.03.	27.03.	31.03.	Klara Kočman	Maša Mencigar	Nika Tomsič
Eva Vene	Nevtralizacija denge v komarjih, ki izražajo načrtovano protitelo	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116141710.htm	24.03.	27.03.	31.03.	Gaja Osojnik	Nevena Ješić	Sara Golob
Ajda Beltram	Identifikacija potencialnih komponent cepiva proti SARS-CoV-2 na podlagi imunoloških raziskav SARS-CoV	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200226091227.htm	31.03.	03.04.	07.04.	Aleksandra Pajović	Nika Perko	Zala Puklavec
Jan Trebušak	Vbod klopa vrste Amblyomma americanum sproži proizvodnjo IgE in preobčutljivost preko celic T CD4+ in od MyD88 odvisnih poti	https://www.sciencedaily.com/releases/2019/08/190820130938.htm	31.03.	03.04.	07.04.	Aljaž Simonič	Timotej Sotošek	Martin Stanonik
Jan Bregar	Prehodno neintegrativno izražanje reprogramirnih faktorjev v jedru spodbuja večplastno izboljšanje starih človeških celic	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200324090007.htm	31.03.	03.04.	07.04.	Eva Ratajc	Hana Glavnik	Anja Moškrič
Gregor Strniša	Vpliv genoma okroglega gobija na njegovo invazivnost	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200211103721.htm	31.03.	03.04.	07.04.	Lana Kores	Klara Kočman	Maša Mencigar
Petra Pahor			31.03.	03.04.	07.04.	Sara Borišek	Gaja Osojnik	Nevena Ješić
Nadja Dolničar	Interferonsko spodbujeno izločanje živega patogena Cryptococcus neoformans iz makrofagov kot posledica virusne okužbe	https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1008240	08.04.	11.04.	14.04.	Jan Kogovšek	Aleksandra Pajović	Nika Perko
Tina Javeršek	Vpliv trans maščobnih kislin na potek apoptoze preko mitohondrijske pozitivne povratne zanke JNK-Sab-ROS	https://www.nature.com/articles/s41598-020-59636-6	08.04.	11.04.	14.04.	Nina Žgajnar	Aljaž Simonič	Timotej Sotošek
Vid Dobrovoljc	Povratni vsadek za dolgotrajno inkapsulacijo in preživetje terapevtskih celic v njem	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200330152124.htm	08.04.	11.04.	14.04.	Erika Rihter	Eva Ratajc	Hana Glavnik
Tinkara Božič	Zgradba na atomskem nivoju zaprtega in odprtega protonskega kanalčka M2 razkriva transportni mehanizem gripe tipa B	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141435.htm	08.04.	11.04.	14.04.	Luka Šegota	Lana Kores	Klara Kočman
Kostadin Mitkov	Heat shock factor 2 helps the cells to maintain cell adhesion and protect themselves against stress	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200116112548.htm	08.04.	11.04.	14.04.	Eva Vene	Sara Borišek	Gaja Osojnik
Sara Jerič	Plenitev morskih virusov s strani negostiteljskih organizmov	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200327113658.htm	15.04.	18.04.	21.04.	Ajda Beltram	Jan Kogovšek	Aleksandra Pajović
Polona Leban	Zakaj so motnje avtističnega spektra (ASD) pogostejše pri dečkih kot pri deklicah?	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/04/200402134622.htm	15.04.	18.04.	21.04.	Jan Trebušak	Nina Žgajnar	Aljaž Simonič
Stefanija Ivanova	Perceived healthiness of food items and the traffic light front of pack nutrition labelling: choice-based conjoint analysis and cross-sectional survey	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200228102257.htm	15.04.	18.04.	21.04.	Jan Bregar	Erika Rihter	Eva Ratajc
Luka Stanković	Odstranitev gena cirkadianega cikla ščiti miši pred pljučnico	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200106123428.htm	15.04.	18.04.	21.04.	Gregor Strniša	Luka Šegota	Lana Kores
Ana Pervanja	Biomaterial za sintezo umetnih žilnih struktur	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200304141557.htm	15.04.	18.04.	21.04.	Petra Pahor	Eva Vene	Sara Borišek
Marija Dujaković	Beljakovine v krvi ščitijo pred poškodbami nevronov po možganski krvavitvi	https://www.jci.org/articles/view/130630	29.04.	02.05.	05.05.	Nadja Dolničar	Ajda Beltram	Jan Kogovšek
Neža Leskovar	Zaščita origamija DNA in molekularno povezovanje z inženirsko opredeljenimi sekvencami peptoidov	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200309152051.htm	29.04.	02.05.	05.05.	Tina Javeršek	Jan Trebušak	Nina Žgajnar
Luka Hafner	Protibakterijsko delovanje srebrovih ionov	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/04/200409140021.htm	29.04.	02.05.	05.05.	Vid Dobrovoljc	Jan Bregar	Erika Rihter
Anja Moškrič	Povezava med usmerjanjem lizogenih bakteriofagov in izgubo sistema CRISPR - Cas tipa I	https://www.nature.com/articles/s41586-020-1936-2	29.04.	02.05.	05.05.	Tinkara Božič	Gregor Strniša	Luka Šegota
Rebeka Jerina	Proizvodnja heparina v celičnih kulturah	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/04/200410162452.htm	29.04.	02.05.	05.05.	Kostadin Mitkov	Petra Pahor	Eva Vene
Zala Perko	Regulacija s staranjem nastalega kroničnega vnetja in inzulinske rezistence z deacetilacijo proteina NLRP3	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200206144837.htm	06.05.	09.05.	12.05.	Sara Jerič	Nadja Dolničar	Ajda Beltram
Ana Žagar	Vpliv uživanja alkohola pred in med nosečnostjo na plod	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200330152119.htm	06.05.	09.05.	12.05.	Polona Leban	Tina Javeršek	Jan Trebušak
Karin Rak	Mestospecifično usmerjanje z aktivacijo povezanih transkripcijskih proteinov za obnovitev CRISPR aktivnosti na reprimiranem kromatinu	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/01/200114173620.htm	06.05.	09.05.	12.05.	Stefanija Ivanova	Vid Dobrovoljc	Jan Bregar
Jakob Tomšič	Vpliv BPA in njegovega analoga BPS na placento in razvijajoče se možgane	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200218182202.htm	06.05.	09.05.	12.05.	Luka Stanković	Tinkara Božič	Gregor Strniša
Maja Kobal	Vloga kompleksa Ccr4-Not pri razgradnji mRNA	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/04/200417114442.htm	06.05.	09.05.	12.05.	Ana Pervanja	Kostadin Mitkov	Petra Pahor
Erika Rihter	Življenjski cikel cianobakterijskega karboksisoma	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/05/200506162205.htm	13.05.	16.05.	19.05.	Marija Dujaković	Sara Jerič	Nadja Dolničar
Jasmina Bešić	Kako matične celice popravijo škodo zaradi srčnih napadov	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200313112144.htm	13.05.	16.05.	19.05.	Neža Leskovar	Polona Leban	Tina Javeršek
Nikola Janakievski	Structure of a proton-dependent lipid transporter involved in lipoteichoic acids biosynthesis	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/05/200505105317.htm	13.05.	16.05.	19.05.	Luka Hafner	Stefanija Ivanova	Vid Dobrovoljc
Aljaž Simonič	Blago poslabšanje delovanja proteasoma izboljša učinkovitost fotosinteze navadnega repnjakovca (Arabidopsis thaliana)	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/04/200408102123.htm	13.05.	16.05.	19.05.	Marigona Beqiraj	Luka Stanković	Tinkara Božič
Manca Pirc	Posledice izpostavljenosti glukokortikosteroidom v perinatalnem obdobju	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200305132154.htm	13.05.	16.05.	19.05.	Rebeka Jerina	Ana Pervanja	Kostadin Mitkov
Nika Bedrač	Nižji vnos žveplo vsebujočih aminokislin niža tveganje za razvoj kardiometaboličnih bolezni	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200203141501.htm	20.05.	23.05.	26.05.	Zala Perko	Marija Dujaković	Sara Jerič
Ivana Trifunovska	Glow-worms and the bioluminescence	https://www.sciencedaily.com/releases/2018/02/180220143501.htm	20.05.	23.05.	26.05.	Ana Žagar	Neža Leskovar	Polona Leban
Bor Krajnik	Kanabidiol kot pomožna učinkovina pri uničevanju Gram pozitivnih baktrij z bacitracinom	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200324131833.htm	20.05.	23.05.	26.05.	Karin Rak	Luka Hafner	Stefanija Ivanova
Erik Putar	Ekspanzija heličnih pektinskih homogalakturonanskih filamentov poganja morfogenezo rastlinskih epidermalnih celic	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/02/200227144306.htm	20.05.	23.05.	26.05.	Jakob Tomšič	Marigona Beqiraj	Luka Stanković
Ela Bizjak	Gojenje človeških organoidov z natančnim homologno-neodvisnim urejanjem genoma CRISPR-Cas9	https://www.sciencedaily.com/releases/2020/03/200302113330.htm	20.05.	23.05.	26.05.	Maja Kobal	Rebeka Jerina	Ana Pervanja

Naloga

• samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu ScienceDaily, ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2018. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
• članke na temo lahko iščete z Google učenjakom.
• naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
• Povzetek seminarja opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
• Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
• Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
• Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
• Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo tega obrazca.
• vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni tukaj.
• Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
• Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 10 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
• Predstavitvi sledi razprava do 5 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
• En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
• Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

Imena datotek

Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš! Poslati morate naslednje datoteke:

• TBK_2020_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor.docx
• TBK_2020_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
• TBK_2020_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
• TBK_2020_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2020_Guncar_Gregor.pptx
• TBK_2020_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2020_Guncar_Gregor_clanek.pdf

Ocenjevanje seminarjev

Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [recenzentsko poročilo] na spletu.

Mnenje o predstavitvi

Vsak posameznik mora oceniti seminar tako, da odda svoje mnenje najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja ne sme oddati.

Urejanje spletnih strani na wikiju

Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji (tule v angleščini in tu v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.

Faktor vpliva

Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v COBISS-u. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za tekoče leto faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.
Citiranje knjig:
Priimek, I. Naslov. Kraj: Založba, letnica.
Priimek, I. Naslov: podnaslov. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.
Boyer, R. Temelji biokemije. Ljubljana: Študentska založba, 2005.
Glick BR in Pasternak JJ. Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo et al. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme in vivo, in vitro ipd.).
Citiranje člankov:
Priimek, I. Naslov. Naslov revije, letnica, letnik, številka, strani.
Lartigue C. et al. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.
Lartigue C. et al. (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:
C. Lartigue et al. Science 317, 632 (2007)
V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).
Citiranje spletnih virov:
Priimek, I. Naslov dokumenta. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov
strangeguitars. On the brink of artificial life. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.