Sintezna biologija

Izpiti v študijskem letu 2023/24 bodo 11. in 28. junija ter 29. avgusta 2024. 

Sintezna biologija je prišla kot samostojen predmet na slovenske univerze dobrih 10 let za prvimi ameriškimi univerzami. Za ta predmet sicer obstaja učbenik, ki pa je za magistrsko stopnjo študija žal preskromen. Poleg tega vsebina predmeta ni standardizirana in je med univerzami lahko zelo različna. V slovenščini nimamo niti učbenika, niti še ni dokončno vzpostavljena terminologija (veliko izrazov sicer prevzemamo iz molekularne biologije), kar rešujemo sproti.

Predmet Sintezna biologija smo najprej vključili v magistrski študij Biokemije na FKKT kot enega od temeljnih predmetov v 2. letniku, po tem, ko študentje že opravijo izpit iz Tehnologije DNA. Delno se navezuje tudi na izbirni predmet Molekularna biotehnologija. Z reakreditacijo je predmet od leta 2016/17 naprej na sporedu v 1. letniku, in sicer v poletnem semestru.

Predmet ima 30 h predavanj, 25 h seminarjev in 20 h računalniških in laboratorijskih vaj.

Nosilec predmeta sem Marko Dolinar, asistentka je Petra Tavčar Verdev. Navodila za vaje boste dobili v tednu pred prvo vajo.

Pri pripravi seminarjev in pripravah na izpit boste verjetno rabili sinteznobiološki terminološki slovar SBTS (v nastajanju).

Seminarji

V študijskem letu 2013/14 so študentje pripravljali poglavja za učbenik sintezne biologije, v katerem so obdelana poglavja od osnov do kompleksnih, ne pa toliko aplikativnih, izvedb načel sintezne biologije.

V študijskem letu 2014/15 so bili tema seminarjev najodmevnejši članki s področja sintezne biologije. Ti so najpogosteje napisani v tako zapletenem jeziku, da jih študentje nižjih letnikov ali nestrokovnjaki (ki pa imajo osnovno znanje s področja biokemije in molekularne biologije) ne morejo v celoti razumeti. S seznama 40 najbolj citiranih člankov s področja SB so si študentje izbrali vsak enega za predstavitev. Ta je bila v dogovoru s študenti v angleškem jeziku v pisni obliki (3000 - 5000 besed), predstavitev na seminarskih urah (15 minut za vsako predstavitev) pa je bila v slovenskem jeziku. Kazalo člankov za 2014/15 s povezavami na seminarje je na ločeni strani.

Leta 2015/16 so bili seminarji pretežno iz dveh zbornikov, v katerih poglavja obravnavajo osnovne pristope v sintezni biologiji in uporabo za industrijske namene, nekaj seminarjev pa je bilo na osnovi preglednih člankov, ki opisujejo zaokrožena področja raziskav in aplikacij. Seznam naslovov vsebuje tudi povezave do seminarjev.

V študijskem letu 2016/17 so študentje lahko izbirali med dvema tipoma seminarskih tem: visokocitirani raziskovalni (ne pregledni) članki s področja sintezne biologije ali pa predstavitev katerega od nagrajenih študentskih projektov s tekmovanja iGEM 2016. Seznam tem vključuje povezave do seminarjev, ti pa povezave do izhodiščnih gradiv. Enako so bili seminarji organizirani tudi v študijskih letih 2017/18, 2018/19, 2019/20, 2020/21 in 2021/22.

V zadnjih nekaj letih imate študentje torej na voljo seznam znanstvenih člankov s področja sintezne biologije in izbrane projekte s tekmovanja iGEM med katerimi lahko izbirate. Ta seznam je bil dostopen samo študentom. Teme, ki so jih študentje izbrali, pa skupaj s povezavami do povzetkov najdete na Seminarji SB 2022/23.

Ocenjevanje

Ocena je sestavljena iz več delov. Za pripravo seminarja boste dobili 20 % točk, za sodelovanje pri seminarjih pa 5 %. Za odgovore na kolokviju boste dobili 20 % točk, preostalih 55 % pa za odgovore na izpitna vprašanja iz teorije. Na pisnem izpitu morate iz teorije doseči vsaj 55 % točk, na kolokviju iz snovi vaj pa vsaj 50 % točk. Opravljen kolokvij je pogoj za pristop k izpitu iz teorije. Končno oceno izračunam po zgornjem kriteriju in tako, kot kažejo spodnja primera in razmejitev med ocenami. 'Kovidne generacije', ko vaj nismo izvajali v živo oz. smo jih izvajali v zmanjšanem obsegu, so imele drugačno razdelitev točk po obveznostih.

Primera izračuna končne ocene:
1. primer
Ocena seminarja 9, sodelovanje pri seminarju 3/5, kolokvij 90 %, teorija 75 %.
Preračun po formuli: 9*2+3+0,9*20+0,75*55 = 77 -> ocena 8
2. primer
Ocena seminarja 6, sodelovanje pri seminarju 3/5, kolokvij 70 %, teorija 55 %.
Preračun po formuli: 6*2+3+7*20+0,55*55 = 57 -> ocena 6

Meje med ocenami bodo: 0-54 % (odstotki se nanašajo na oceno pisnega dela izpita): 5 (negativno), 55-65: 6, 66-74: 7, 75-82: 8, 83-90: 9, 91-10: 10.