Bakteriofagi
Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2019/20 obravnavajo različne vidike bakteriofagov, od njihove zgradbe in delovanja, do vloge v okolju in izrabe za zdravljenje. Okvirni naslovi oz. teme so navedeni na prvem seznamu. Za orientacijo in splošno poznavanje tematike si oglejte prosojnice v spletni učilnici - 3. teden marca. V okviru posameznih glavnih poglavij lahko predlagate še kakšen seminar po lastni presoji (pošljite predlog po e-pošti!).
Vsako temo obdelajo praviloma trije študenti (lahko tudi dva, če pa bi kakšno temo na vsak način rad obdelal en sam, mi prej pišite, da se pogovorimo glede vsebine in obsega). Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1200 besedami in ne več kot 1800 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1200-1800 besed), ki ste jih uporabili.
Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred predstavitvijo svojega seminarja. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'. Predstavitev naj bo dolga 15-20 minut, temu pa bo sledila razprava (pribl. 5 minut). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite le malo splošnega uvoda, ki naj ima za nalogo, da umesti vašo temo v kontekst problematike bakteriofagov.
Predvidena umestitev seminarjev v semestru je razvidna iz spletne učilnice, a zaenkrat ni mogoče zagotovo reči, da ne bo kakšnih sprememb zaradi ukrepov proti širjenju koronavirusa.
Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev je ~10 % vprašanj na izpitu (oz. 10 % točk dobite za odgovore iz snovi seminarjev).
Spodnji seznam vključuje povezave do nekaterih preglednih člankov iz zadnjega obdobja, ki jih lahko uporabite za osnovo pri pripravi. Večinoma pa navedeni viri ne zadoščajo, da bi pripravili 15-minutni seminar, zato boste morali pregledati tudi nekaj primarnih virov (raziskovalnih člankov), ki jih boste poiskali sami oz. jih boste našli citirane v preglednih člankih. Vaši seminarji naj se osredotočijo na osnovno temo iz naslova in naj nimajo dolgih splošnih uvodov. Seminarji si bodo namreč sledili dokaj hitro en za drugim - predvidoma po 8 na teden), tako da boste osnove hitro osvojili in jih ni treba ponavljati.
Poglavja za seminarje so:
STRUKTURA IN DELOVANJE FAGOV
https://www.intechopen.com/books/bacteriophages-perspectives-and-future/bacteriophages-their-structural-organisation-and-function (poglavje, 2019)
1. Klasifikacija in splošna strukturna organizacija fagov
2. Struktura kapsid in prokapsid
3. Struktura konektorjev in repov
4. Adsorpcijski aparat bakteriofagov
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6416446/ (pregledni, 2019)
5. Zgradba kompleksa za odločanje med lizogenim in litičnim ciklom faga lambda
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6209105/ (pregledni, 2018)
6. Vzajemna regulacija med fagom in bakterijo na posttranskripcijski ravni
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1879625718300142?via%
(pregledni, 2018)
7. Sestavljanje fagnih delcev in vloga portalnega proteina
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1570963919301888?via%
(pregledni, 2020)
8. Fagni endolizini: mehanizem delovanja in možnosti za izboljšave
INTERAKCIJE in EKOLOGIJA
https://www.mdpi.com/1999-4915/11/6/567/htm (pregledni, 2019)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29523063
9. Interakcija faga z bakterijo
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0169409X19300031 (pregledni, 2019)
10. Interakcije fagov s človeškimi tkivi
https://www.mdpi.com/2076-0817/8/3/100/htm (pregledni, 2019)
11. Fagi v naravnih in umetnih okoljih (brez človeka - to je predhodna tema)
https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/08927014.2019.1613525 in https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32125643
(pregledni, 2019+2020)
12. Delovanje fagov na heterogene biofilme
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0966842X19300599?via%
(pregledni, 2019)
13. Fagi kot naravni rezervoar odpornosti proti antibiotikom
https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11274-013-1358-5 (pregledni, 2013)
14. Cianofagi
UPORABA BAKTERIOFAGOV
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fphar.2019.00513/full (pregledni, 2019)
15. Prednosti fagov za zdravljenje bakterijskih okužb
16. Uporaba fagov za zdravljenje okužb pri živalih in ljudeh
17. Tveganja pri uporabi fagov za zdravljenje
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5371805/
(pregledni, 2017 - samo kratko poglavje o uporabi na rastlinah)
18. Uporaba fagov proti bakterijskim okužbam rastlin
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0160412019305410 (pregledni, 2019)
19. Uporaba fagov za odstranjevanje patogenih bakterij v prsti
https://www.aimspress.com/fileOther/PDF/microbiology/microbiol-05-04-
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S095816691930093X?via%3Dihub
(pregledni, 2019 + 2020)
20. Uporaba fagov v boju proti patogenim bakterijam v živilih
https://www.mdpi.com/1999-4915/11/6/567/htm
in https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0958166919301296?via%3Dihub
(pregledni, 2019 + 2020)
21. Biotehnološka izraba fagov
Za seminar se prijavite tako, da se vpišete v oklepaj za naslovom seminarja, tako kot je prikazano pri izmišljenem ničtem seminarju. Seminarje bomo izvedli v enakem vrstnem redu, kot so navedeni zgoraj.
0. Analiza bakteriofagov v smrekovem gozdu (Jana Dolenc, Tilen Deželak, Sonja Mavrič)
1. Klasifikacija in splošna strukturna organizacija fagov
2. Struktura kapsid in prokapsid
3. Struktura konektorjev in repov
4. Adsorpcijski aparat bakteriofagov
5. Zgradba kompleksa za odločanje med lizogenim in litičnim ciklom faga lambda (Nastja Feguš, Nina Varda)
6. Vzajemna regulacija med fagom in bakterijo na posttranskripcijski ravni
7. Sestavljanje fagnih delcev in vloga portalnega proteina
8. Fagni endolizini: mehanizem delovanja in možnosti za izboljšave
9. Interakcija faga z bakterijo
10. Interakcije fagov s človeškimi tkivi
11. Fagi v naravnih in umetnih okoljih
12. Delovanje fagov na heterogene biofilme
13. Fagi kot naravni rezervoar odpornosti proti antibiotikom
14. Cianofagi
15. Prednosti fagov za zdravljenje bakterijskih okužb
16. Uporaba fagov za zdravljenje okužb pri živalih in ljudeh
17. Tveganja pri uporabi fagov za zdravljenje
18. Uporaba fagov proti bakterijskim okužbam rastlin
19. Uporaba fagov za odstranjevanje patogenih bakterij v prsti
20. Uporaba fagov v boju proti patogenim bakterijam v živilih
21. Biotehnološka izraba fagov
Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme na tem, drugem, seznamu povežite z novo wiki stranjo, ki bo vsebovala povzetek. Na koncu besedila povzetka (pod viri) v novo vrstico dodajte oznako: [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]
Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na strani Struktura kromatina (2013/14).
- Herpesvirusi in sorodni dsDNA virusi (Veronika Razpotnik, Ines Medved, Andrej Ivanovski)
