BIO2 Seminar 2021

Biokemijski seminar

doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

Seznam seminarjev

priimek, ime	poglavje	naslov seminarja	recenzent 1	recenzent 2	datum oddaje	datum recenzije	datum predstavitve
Valte, David	12	Jedrni hormonski receptorji in izražanje genov	Mitkov, Kostadin	Brdnik, Nuša	29/10/21	01/11/21	03/11/21
Kolar, Alliana	12	Pomen upravljanja z agonisti, antagonisti in signalnimi modulatorji receptorjev abscizinske kisline (ABA) v agronomiji	Vukšinić, Ivana	Premrl, Petja	29/10/21	01/11/21	03/11/21
Glavnik, Hana	12	S-glutationilacija proteinov kot globalni inhibitor celičnega metabolizma za zmanjšanje občutljivosti signalov vodikovega peroksida	Kovač, Ela	Kavčič, Ema	29/10/21	01/11/21	03/11/21
Štefan, Urša	12	Signalizacija STING - obseg delovanja in povezava z rakavimi obolenji	Vujović, Nataša	Zajec, Tina	29/10/21	01/11/21	03/11/21
Butara, Tinkara	12	Transmembranska signalizacija v bakterijskih kemoreceptorjih	Sotlar, Špela	Žnidar, Žan	29/10/21	01/11/21	03/11/21
Špehar, Pia	12	Integrini in njihova vloga pri vezikularnem transportu	Trošt, Pia	Rus, Metka	05/11/21	08/11/21	10/11/21
Urh, Tina	12	Nevrotransmiterji, agonisti in antagonisti kot tarča zdravljenja	Maučec, Ana	Loborec, Mark	05/11/21	08/11/21	10/11/21
Rotar, Andraž	12	Vloga signalne poti JAK/STAT in njeni inhibitorji pri človeških boleznih	Priveršek, Maj	Kastelic, Ana	05/11/21	08/11/21	10/11/21
Starc, Gaja	12	Medsebojni vpliv vodikovega sulfida in drugih signalnih molekul pri uravnavanju signaliziranja celic zapiralk in odzivu na abiotski oziroma biotski stres	Spruk, Teja	Možina, Gašper	05/11/21	08/11/21	10/11/21
Resnik, Katja	12	Signalna omrežja, ki povzročajo raka	Deutsch, Maja	Sotlar, Pia	05/11/21	08/11/21	10/11/21
Bohte, Janja	14-15	Vloga in regulacija aerobne glikolize pri hepatocelularnem karcinomu	Valte, David	Mitkov, Kostadin	12/11/21	15/11/21	17/11/21
Miklošič, Maja	14-15	ni opravila	Kolar, Alliana	Vukšinić, Ivana	12/11/21	15/11/21	17/11/21
Kovačić, Marko	14-15	Vloga citokinov poddružine IL-1 pri regulaciji glikolize in njihov vpliv na bolezni, povezane z glikolizo	Glavnik, Hana	Kovač, Ela	12/11/21	15/11/21	17/11/21
Kolbl, Karidia	14-15	Metabolizem možganskega glikogena; povezava z motnjami spanja in glavobolom	Štefan, Urša	Vujović, Nataša	12/11/21	15/11/21	17/11/21
Kos Thaler, Nuša	14-15	Motnje metabolizma glikogena in njihove posledice	Butara, Tinkara	Sotlar, Špela	12/11/21	15/11/21	17/11/21
Ažbe, Klara	16	Vpliv metabolitov Krebsovega cikla na fiziologijo in bolezni	Špehar, Pia	Trošt, Pia	19/11/21	22/11/21	24/11/21
Jerič, Sara	16	Vpliv intermediatov Krebsovega cikla na metiliranje histonov in DNA ter posledično na proces staranja	Urh, Tina	Maučec, Ana	19/11/21	22/11/21	24/11/21
Mencin, Pia	16	Akonitaza in njena vloga v celici	Rotar, Andraž	Priveršek, Maj	19/11/21	22/11/21	24/11/21
Weingerl, Zarja	16	Sukcinat in njegova vloga v metabolizmu	Starc, Gaja	Spruk, Teja	19/11/21	22/11/21	24/11/21
Kartal, Ena	16	Metabolizem lipojske kisline in mitohondrijska redoks regulacija	Resnik, Katja	Deutsch, Maja	19/11/21	22/11/21	24/11/21
Struna, Gašper	17	Oksidacija maščobnih kislin v peroksisomih	Bohte, Janja	Valte, David	26/11/21	29/11/21	01/12/21
Špenko, Andrej	17		Miklošič, Maja	Kolar, Alliana	26/11/21	29/11/21	01/12/21
Zevnik, Urša	17	Genetske napake mitohondrijske oksidacije maščobnih kislin in karnitinskega transporta	Kovačić, Marko	Glavnik, Hana	26/11/21	29/11/21	01/12/21
Peternel, Neža	17	Uravnavanje oksidacije maščobnih kislin s prehrano in telesno vadbo	Kolbl, Karidia	Štefan, Urša	26/11/21	29/11/21	01/12/21
Vidmar, Nik	17	Presnova, učinki ter bolezenska stanja kot posledica povišanih koncentracij ketonskih telesc	Kos Thaler, Nuša	Butara, Tinkara	26/11/21	29/11/21	01/12/21
Trebušak, Jan	18	Vloga karbamoil fosfat sintetaze	Ažbe, Klara	Špehar, Pia	03/12/21	06/12/21	08/12/21
Kores, Lana	18	Urinska bolezen javorjevega sirupa (MSUD)	Jerič, Sara	Urh, Tina	03/12/21	06/12/21	08/12/21
Razdevšek, Miha	18	Motnje razgradnje glicina in njihove posledice	Mencin, Pia	Rotar, Andraž	03/12/21	06/12/21	08/12/21
Javeršek, Tina	18	Nedavni napredek pri zdravljenju hiperamoniemije	Weingerl, Zarja	Starc, Gaja	03/12/21	06/12/21	08/12/21
Kočman, Klara	18	Bowman-Birkov inhibitor	Kartal, Ena	Resnik, Katja	03/12/21	06/12/21	08/12/21
Jošt, Lev	19	Tvorba ROS in njihov prispevek k signalizaciji in razumevanju bolezni	Struna, Gašper	Bohte, Janja	10/12/21	13/12/21	15/12/21
Razboršek, Klara	19	Regulacija apoptoze v zdravju in bolezni: uravnoteženo delovanje BCL-2 proteinov	Špenko, Andrej	Miklošič, Maja	10/12/21	13/12/21	15/12/21
Rapuš, Špela	19	Zlivanje in cepitve mitohondrijev	Zevnik, Urša	Kovačić, Marko	10/12/21	13/12/21	15/12/21
Mencigar, Maša	19	Reaktivne kisikove zvrsti in njihova vloga pri rakavih obolenjih	Peternel, Neža	Kolbl, Karidia	10/12/21	13/12/21	15/12/21
Ivošević, Vanja*gg	19	Kompleksnost biosinteze ubikinona	Vidmar, Nik	Kos Thaler, Nuša	10/12/21	13/12/21	15/12/21
Kogovšek, Jan	20	Karbonska anhidraza in molekularna evolucija C4 fotosinteze	Trebušak, Jan	Ažbe, Klara	17/12/21	20/12/21	22/12/21
Brdnik, Nuša	20	Vloga šaperonov v biogenezi encima Rubisco	Kores, Lana	Jerič, Sara	17/12/21	20/12/21	22/12/21
Premrl, Petja	20	Encimi Calvinovega cikla ter GAPDH/CP12/PRK kompleks	Razdevšek, Miha	Mencin, Pia	17/12/21	20/12/21	22/12/21
Kavčič, Ema	20	Sinteza celične stene: vir ogljika in regulacija	Javeršek, Tina	Weingerl, Zarja	17/12/21	20/12/21	22/12/21
Zajec, Tina	20	Avtotrofna asimilacija ogljika pri mikroorganizmih	Kočman, Klara	Kartal, Ena	17/12/21	20/12/21	22/12/21
Žnidar, Žan	21	Signalizacija bioaktivnih (sfingo)lipidov	Jošt, Lev	Struna, Gašper	17/12/21	20/12/21	22/12/21
Rus, Metka	21	Vpliv hormonov ščitnice na biosintezo lipidov v jetrih	Razboršek, Klara	Špenko, Andrej	31/12/21	03/01/22	05/01/22
Loborec, Mark	21	Cirkadiana regulacija lipidnega metabolizma	Rapuš, Špela	Zevnik, Urša	31/12/21	03/01/22	05/01/22
Kastelic, Ana	21	Prolaktin in diferenciacija mlečnih žlez med nosečnostjo in dojenjem	Mencigar, Maša	Peternel, Neža	31/12/21	03/01/22	05/01/22
Možina, Gašper	21	Učinki alkohola na jetrni metabolizem lipidov	Ivošević, Vanja	Vidmar, Nik	31/12/21	03/01/22	05/01/22
Sotlar, Pia	22	Metabolizem purinov in purinergična signalizacija	Kogovšek, Jan	Trebušak, Jan	31/12/21	03/01/22	05/01/22
Mitkov, Kostadin	22	Heme biosynthesis and congenital erythropoietic porphyria	Brdnik, Nuša	Kores, Lana	03/01/22	06/01/22	11/01/22
Vukšinić, Ivana	22	Vloga bilirubina kot signalne molekule	Premrl, Petja	Razdevšek, Miha	04/01/22	07/01/22	11/01/22
Kovač, Ela	22	Aminokislinska regulacija skeletnih mišic	Kavčič, Ema	Javeršek, Tina	05/01/22	08/01/22	11/01/22
Vujović, Nataša	22	Glutamine metabolism and its role in cardiomyocytes	Zajec, Tina	Kočman, Klara	06/01/22	09/01/22	11/01/22
Sotlar, Špela	23	Funkcija in regulacija leptina	Žnidar, Žan	Jošt, Lev	07/01/22	10/01/22	12/01/22
Trošt, Pia	23	Metabolizem vitamina D in njegova funkcija pri rakavih obolenjih	Rus, Metka	Razboršek, Klara	07/01/22	10/01/22	12/01/22
Maučec, Ana	23	Vloga deiodinaz pri homeostazi tiroidnih hormonov	Loborec, Mark	Rapuš, Špela	07/01/22	10/01/22	12/01/22
Priveršek, Maj	23	Sinteza in transport dopamina v presinaptičnem nevronu	Kastelic, Ana	Mencigar, Maša	07/01/22	10/01/22	12/01/22
Spruk, Teja	23	Maščobno tkivo in adipociti v patogenezi metaboličnega sindroma	Možina, Gašper	Ivošević, Vanja	07/01/22	10/01/22	12/01/22
Deutsch, Maja	23	Mehanizem delovanja tiroidnih hormonov	Sotlar, Pia	Kogovšek, Jan	07/01/22	10/01/22	12/01/22

• številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada

Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali. Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.

Gradivo za predavanja

Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/ username: bio2 password: samozame

Naloga

Vaša naloga za seminar je:
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. TIBS. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni tukaj.

Za pripravo seminarja velja naslednje:

• Povzetek seminarja opišete na wikiju v 200 besedah (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom.
• Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
• Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko.
• Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo tega obrazca.
• Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni tukaj.
• Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo tega obrazca.
• Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20–25 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
• Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na tukaj.
• Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
• Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

Imena datotek

Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:

• 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
• 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja
• 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
• 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
• 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

Ocenjevanje seminarjev

Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo recenzentsko poročilo na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

Mnenje o predstavitvi

Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

Urejanje spletnih strani na wikiju

Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje ... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji (tule v angleščini in tu v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.

Citiranje virov

Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. Pravila, ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.
Citiranje knjig:
Priimek, I. Naslov. Kraj: Založba, letnica.
Priimek, I. Naslov: podnaslov. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.

Boyer, R. Temelji biokemije. Ljubljana: Študentska založba, 2005.
Glick BR in Pasternak JJ. Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo et al. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme in vivo, in vitro ipd.).

Citiranje člankov:
Priimek, I. Naslov. Naslov revije, letnica, letnik, številka, strani.
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.
Lartigue C. et al. (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis:
C. Lartigue et al. Science 317, 632 (2007)

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

Citiranje spletnih virov:
Priimek, I. Naslov dokumenta. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov
strangeguitars. On the brink of artificial life. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.