Transpozicijski elementi

Seminarji pri Molekularni biologiji v študijskem letu 2021/22 obravnavajo odkritje, mehanizem in vlogo transpozicijskih elementov pri prokariontih in evkariontih. Okvirni naslovi teme so navedeni na spodnjem seznamu.

Vse teme temeljijo na preglednih člankih, kar pomeni, da obravnavajo zaključene teme, na katerih je bilo opravljenega že veliko dela. Zato je smiselno, da vsako temo obdelajo po trije študenti. Vsaka skupina mora pripraviti povzetek seminarja z vsaj 1200 besedami in ne več kot 1800 besedami in ga objaviti na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1200-1800 besed), ki ste jih uporabili.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje 24 h pred predstavitvijo svojega seminarja. Kateri del povzetka je napisal kdo, navedite v zavihku 'discussion'. Predstavitev naj bo dolga 15-20 minut, temu pa bo sledila razprava (pribl. 5 minut). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite le malo splošnega uvoda, ki naj zgolj umesti vašo temo v kontekst transpozicijskih elementov.

Seminarske predstavitve bodo potekale predvidoma od 19.4. do 9.5. V tem času ne bo klasičnih predavanj, torej bodo tako ponedeljkovi kot torkovi termini namenjeni seminarjem.

Vsebina seminarjev je izpitna snov. Iz teme seminarjev je ~10 % vprašanj na izpitu (oz. 10 % točk dobite za odgovore iz snovi seminarjev).

Razdelitev seminarjev je potekala v okolju Google Drive, kjer so (bile) navedene povezave do izhodiščnih člankov, s katerimi lahko začnete iskanje literature. Večinoma navedeni viri ne zadoščajo, da bi pripravili kvaliteten 15-minutni seminar, zato boste morali pregledati tudi nekaj primarnih virov (raziskovalnih člankov), ki jih boste poiskali sami oz. jih boste našli citirane v preglednih člankih. Vaši seminarji naj se osredotočijo na osnovno temo iz naslova in naj nimajo dolgih splošnih uvodov. Seminarji si bodo namreč sledili dokaj hitro en za drugim), tako da boste osnove hitro osvojili in jih ni treba ponavljati.

Ko boste pripravljali povzetek, naslov teme na spodnjem seznamu povežite z novo wiki stranjo, ki bo vsebovala povzetek. Na koncu besedila povzetka (pod viri) v novo vrstico dodajte oznako: [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]. Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na strani Molekularna biologija koronavirusov (2020/21).

Poglavja za seminarje so:

1. Odkritje transpozicijskih elementov pri koruzi
2. Odkritje transpozicijskih elementov pri bakterijah (Teja Spruk, Urša Štefan, Urša Zevnik)
3. Klasifikacija transpozicijskih elementov in pregled načina delovanja (Klara Ažbe, Pia Trošt, Ana Maučec)
4. Katalitični mehanizem transpozaz
5. Transpozoni kot prenašalci odpornosti bakterij proti antibiotikom (Ana Kastelic, Lev Jošt, Gašper Struna)
6. Pomen retroelementov v mikrobnih genomih
7. Vloga TE pri evkariontih – splošni pregled
8. Integracija transpozonov pri kvasovkah
9. Retrotranspozoni LINE-1 in dejavniki, ki uravnavajo njihovo delovanje
10. Transkripcijski faktorji, ki omogočajo izražanje transpozicijskih elementov
11. TE kot regulatorji transkripcije
12. Interakcije transpozon – gostitelj
13. Sodobni pogled na TE pri koruzi
14. Vloga TE pri razvoju zarodka
15. Transpozoni in rak
16. Uporabna vrednost transpozonov za gensko zdravljenje
17. Biotehnološka uporaba transpozicijskega mehanizma: primer Sleeping Beauty
18. Funkcije nekodirajoče RNA, ki je po izvoru transpozonska
19. TE kot gonilo sprememb v genomu pšenice
20. TE pri mentalnih boleznih
21. TE pri vnetnih boleznih
22. Vloga retrotranspozonov v procesih staranja
23. Preferenčna integracijska mesta retrotranspozona Tf1 v genomu kvasovke Schizosaccharomyces pombe