BIO2 Seminar 2022

Biokemijski seminar

doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

Seznam seminarjev

ime in priimek	poglavje	naslov seminarja	recenzent 1	recenzent 2	datum oddaje	datum recenzije	datum predstavitve
Tinkara Korošec	12	Vpliv bakterijskega oponašanja evkariontskih signalih molekul na človeka	Martin Kresal	Lena Kogoj	24/10/20	25/10/20	26/10/20
Marcel Tušek	12	Pomembnost mitofagije, njena vloga ter korelacija z Atg32 receptorjem	Laura Trček	Naja Pečovnik Wutt	24/10/20	25/10/20	26/10/20
Pia Kristanc	12	Toksini kot inhibitorji ionskih kanalov	Filip Petrovič	Matija Novel	24/10/20	25/10/20	26/10/20
Samo Pucihar	12	Vpliv dopaminskega D1 receptorja na raka	Patricija Kolander	Sofija Stevanović	24/10/20	25/10/20	26/10/20
Luka Fink	12	Kako fosforilacija integrinov regulira celične stike in signalizacijo	Tonja Jeromelj	Martin Kresal	28/10/20	31/10/20	02/11/20
Tin Vranješ	12	Strukturni pogled signalizacije z G proteini povezanih receptorjev v zunanjem segmentu paličice	Marcel Tušek	Laura Trček	28/10/20	31/10/20	02/11/20
Lucija Kovaček	12	Nekroptoza in njena vloga pri raku	Pia Kristanc	Filip Petrovič	28/10/20	31/10/20	02/11/20
Mark Varlamov	12	GPCR-nadzorovana kemotaksa v amebah vrste D. discoideum	Samo Pucihar	Patricija Kolander	28/10/20	31/10/20	02/11/20
Klemen Justin	14-15		Luka Fink	Tonja Jeromelj	04/11/20	07/11/20	09/11/20
Teja Mohar	14-15	Encimi za popravilo metabolitov	Tin Vranješ	Marcel Tušek	04/11/20	07/11/20	09/11/20
Tea Amidović	14-15	Karakterizacija glikoproteoma	Lucija Kovaček	Pia Kristanc	04/11/20	07/11/20	09/11/20
Taja Pojbič	14-15	Pentoza-fosfatna pot in rak	Mark Varlamov	Samo Pucihar	04/11/20	07/11/20	09/11/20
Deni Krašna	16	Krebsov cikel - zvezdišče viroimunometabolizma	Klemen Justin	Luka Fink	11/11/20	14/11/20	16/11/20
Zara Bunc	16	Krebsov cikel kot tarča za zdravljenje raka	Teja Mohar	Tin Vranješ	11/11/20	14/11/20	16/11/20
Urša Lah	16	Acetil CoA in kromatin	Tea Amidović	Lucija Kovaček	11/11/20	14/11/20	16/11/20
Žiga Koren	16	Vloga intermediatov krebsovega cikla pri zaščiti pred ishemijo	Taja Pojbič	Mark Varlamov	11/11/20	14/11/20	16/11/20
Tim-David Agrež	17	Trenutni dosežki raziskav lncRNA v lipidnem metabolizmu in signalizaciji	Deni Krašna	Klemen Justin	18/11/20	21/11/20	23/11/20
Aleš Poljanšek	17	Ketonska telesca in njihov vpliv na nevrodegenerativne bolezni	Zara Bunc	Teja Mohar	18/11/20	21/11/20	23/11/20
Tonja Jeromelj	17	Alteracije lipidnega metabolizma v rakavih matičnih celicah	Urša Lah	Tea Amidović	18/11/20	21/11/20	23/11/20
Miha Tomšič	17		Žiga Koren	Taja Pojbič	18/11/20	21/11/20	23/11/20
Leila Bohorč	18	Katabolizem lizina pri rastlinah: vloga saharopinske poti pri odzivu na abiotski in biotski stres	Tim-David Agrež	Deni Krašna	25/11/20	28/11/20	30/11/20
Teo Trost	18	Oslabljen metabolizem razvejanih aminokislin	Aleš Poljanšek	Zara Bunc	25/11/20	28/11/20	30/11/20
Ivana Stojić	18	Motnje cikla sečnine v povezavi z zgodnjimi znaki raka	Tinkara Korošec	Urša Lah	25/11/20	28/11/20	30/11/20
Lara Rajterič	18	Vloga metabolizma razvejanih aminokislin pri zdravljenju raka	Miha Tomšič	Žiga Koren	25/11/20	28/11/20	30/11/20
Primož Šenica Pavletič	19	Mehanizmi mitohondrijske respiratorne prilagoditve	Leila Bohorč	Tim-David Agrež	02/12/20	05/12/20	07/12/20
Špela Auer	19	Kompleks II sukcinat dehidrogenaza	Teo Trost	Aleš Poljanšek	02/12/20	05/12/20	07/12/20
Gal Kastelic	19	Sestavljalne poti kompleksov oksidativne fosforilacije	Ivana Stojić	Tinkara Korošec	02/12/20	05/12/20	07/12/20
Tim-David Agrež	17	Trenutni dosežki raziskav lncRNA v lipidnem metabolizmu in signalizaciji	Deni Krašna	Klemen Justin	02/12/20	05/12/20	07/12/20
Taja Mužič	20	ROS in regulacija fotosinteze	Primož Šenica Pavletič	Leila Bohorč	09/12/20	12/12/20	14/12/20
Mia Kobal	20	Zgradba in delovanje Rubisca - najpogostejšega encima	Špela Auer	Teo Trost	09/12/20	12/12/20	14/12/20
Laura Simonič	20	Dinamično preoblikovanje kloroplastov ob spremembi svetlobe	Gal Kastelic	Ivana Stojić	09/12/20	12/12/20	14/12/20
Karin Rak	20	Manipulacija rastlin proti višjim izkoristkom fotosinteze preko fotorespiracije	Miljan Trajković	Lara Rajterič	09/12/20	12/12/20	14/12/20
Ula Mikoš	21	Vitamin E	Taja Mužič	Primož Šenica Pavletič	16/12/20	19/12/20	21/12/20
Lara Zupanc	21		Mia Kobal	Špela Auer	16/12/20	19/12/20	21/12/20
Lena Kogoj	21	SPM lipidi	Laura Simonič	Gal Kastelic	16/12/20	19/12/20	21/12/20
Naja Pečovnik Wutt	22		Karin Rak	Miljan Trajković	16/12/20	19/12/20	21/12/20
Matija Novel	22	Dopaminski transporter: regulacija in mehanizem interakcije z dopaminom	Ula Mikoš	Taja Mužič	30/12/20	02/01/21	04/01/21
Sofija Stevanović	22		Lara Zupanc	Mia Kobal	30/12/20	02/01/21	04/01/21
Martin Kresal	23		Lena Kogoj	Laura Simonič	30/12/20	02/01/21	04/01/21
Miljan Trajković	23		Naja Pečovnik Wutt	Karin Rak	30/12/20	02/01/21	04/01/21
Filip Petrovič	23		Matija Novel	Ula Mikoš	06/01/21	09/01/21	11/01/21
Patricija Kolander	23		Sofija Stevanović	Lara Zupanc	06/01/21	09/01/21	11/01/21

• številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada

Razporeditev je začasna in se lahko še spremeni, načeloma pa se termini do vključno 18. poglavja ne bodo spreminjali. Prosim, da mi sporočite morebitne napake ali če vas nisem razporedil.

Gradivo za predavanja

Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/ username: bio2 password: samozame

Naloga

Vaša naloga za seminar je:
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. TIBS. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo, in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni tukaj.

Za pripravo seminarja velja naslednje:

• Povzetek seminarja opišete na wikiju v 200 besedah (+- dvajset besed) - najkasneje do dne, ko morate oddati seminar recenzentom. Pvzetek je tudi del pisnega izdelka.
• Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
• Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5–12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Obseg seminarja naj bo 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike, bolje več. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko.
• Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli, v elektronski obliki z uporabo tega obrazca.
• Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni tukaj.
• Recenzenti do dneva, določenega v tabeli, določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo tega obrazca.
• Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 15-18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
• Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji. Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v okviru celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili, vpišite na tukaj.
• Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
• Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

Imena datotek

Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate, poimenujete po naslednjem receptu:

• 312_BIO_Priimek_Ime.docx za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
• 312_BIO_Priimek_ime_final.docx za končno verzijo seminarja
• 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.docx za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
• 312_BIO_Priimek_Ime.pptx za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
• 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

Ocenjevanje seminarjev

Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo recenzentsko poročilo na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

Mnenje o predstavitvi

Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

Urejanje spletnih strani na wikiju

Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje ... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji (tule v angleščini in tu v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.

Citiranje virov

Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. Pravila, ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.
Citiranje knjig:
Priimek, I. Naslov. Kraj: Založba, letnica.
Priimek, I. Naslov: podnaslov. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.

Boyer, R. Temelji biokemije. Ljubljana: Študentska založba, 2005.
Glick BR in Pasternak JJ. Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo et al. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme in vivo, in vitro ipd.).

Citiranje člankov:
Priimek, I. Naslov. Naslov revije, letnica, letnik, številka, strani.
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.
Lartigue C. et al. (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis:
C. Lartigue et al. Science 317, 632 (2007)

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

Citiranje spletnih virov:
Priimek, I. Naslov dokumenta. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov
strangeguitars. On the brink of artificial life. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.