Molekularnobiološki slovar

Tu zbiram izraze, ki se ne pojavljajo v biokemijskem terminološkem slovarju, pa sem nanje naletel pri pedagoškem ali raziskovalnem delu. Ti prevodi niso recenzirani in so bolj predlogi za prevode, v skrajni sili in dvomu pa boljše kot nič :)

Če česa ne znate prevesti ali pravilno zapisati, najprej preverite, ali je izraz vključen v Angleško-slovenski slovar izbranih izrazov iz biokemije in molekularne biologije, ki je del zbirke slovarjev Termania. Če izraza tam ni, poglejte še v Slovenski medicinski slovar, Mikrobiološki slovar Slovenskega mikrobiološkega društva in v druge recenzirane slovarje. Na koncu pa je tu šele tale slovar in Sinteznobiološki terminološki slovar.

Kjer se mi je zdelo pomembno, sem dopisal, kje določen izraz uporabljajo v obliki, ki je predstavljena tu. Pri tem pomeni: BF Biotehniška fakulteta UL, FFA Fakulteta za farmacijo UL, FKKT Fakulteta za kemijo in kemijsko tehnologijo UL, FTS Farmacevtski terminološki slovar, IJS Institut Jožef Stefan, KI Kemijski inštitut, SMS Slovenski medicinski slovar, UM Univerza v Mariboru, UNG Univerza v Novi Gorici, UP Univerza na Primorskem... Samo izjemoma sem navedel tudi izraze, ki so že vključeni v biokemijski terminološki slovar, kar sem označil z BS.

Glede nekaterih izrazov, ki so težji, sem prosil za pomoč pri prevajanju strokovnjake na Inštitutu za slovenski jezik Frana Ramovša pri ZRC SAZU. Povezave do njihovih odgovorov so tu:
Trivialna imena barvil
Zeleni fluorescenčni protein (in drugi fluorescenčni proteini)
Bioinformacijski, ne bioinformatski
Različne vrste kromatografij

Relevantna vprašanja drugih avtorjev:
Metabolni/metabolični

A

activity-based protein profiling - profiliranje proteinov na osnovi aktivnosti
amplicon - amplikon [BS; pomnožek uporabljajo občasno na BF, MF]
anchored primer - sidrni začetni oligonukleotid
autofeedback - lastna povratna zanka (?)

B

break - prekinitev; double strand break - prekinitev dveh verig (na DNA) [nekateri to prevajajo kot 'dvojni prelom', drugi (bolje) kot 'dvoverižni prelom', vendar drugi uporabljajo 'prelom' za angleški 'kink', ko gre za nastanek zalomljene DNA po vezavi proteina (ni smiselno, ker se DNA verigi ne prelomita)]

C

CAS, Cas -- glej CRISPR associated
chromatid - kromatida [kljub splošnemu pravilu o tem, da so slovenjene tujke moškega spola, je izraz 'kromatida' tako uveljavljen, da tega ni mogoče spremeniti]
clustered regularly interspaced short palindromic repeats - gruče enakomerno prekinjenih kratkih palindromnih ponovitev
CpG island - CpG-otok [ponekod uporabljajo tudi CpG-otoček, npr. MF]
CRISPR -- glej clustered regularly interspaced ...
CRISPR-associated - s ponovitvami CRISPR povezani (geni, proteini)
CRISPR ribonucleoprotein - ribonukleoprotein CRISPR
crRNA -- CRISPR RNA
crRNP -- glej CRISPR ribonucleoprotein

D

DArT -- glej diversity arrays technology
diversity arrays technology (DArT) - tehnologija razlikovalnih mrež (DArT)
DMEM -- glej Dulbecco's ...
Dulbecco’s Modified Eagle’s Medium - Dulbeccovo spremenjeno Eaglovo gojišče [uporabljajo se tudi prevodi Eaglovo gojišče, prilagojeno po Dulbeccu; Eaglovo gojišče po Dulbeccu (BF); po Dulbeccu spremenjeno Eaglovo gojišče (FFA), Eaglovo minimalno esencialno gojišče, modificirano po Dulbeccu (BF) - 'po Dulbeccu' imam za arhaično, zato teh različic ne priporočam]

E

efflux pump - iztočna črpalka [uveljavljen izraz pri pralnih in pomivalnih strojih, a morda kot prevod za 'drain pump']; izlivna črpalka [uporabljajo na BF, FFA, MF]
EI-HRMS -- glej electron impact high resolution mass spectrometry
electron impact high resolution mass spectrometry - visokoločljivostna masna spektrometrija s trkom elektronov [gre za ionizacijo, ki temelji na trku elektronov, a izraza 'ionizacija' v izvirniku ni, zato ga ni niti v prevodu]
exome - eksom, v pomenu dela genoma, ki ga definirajo vsi eksoni
exon junction - spoj eksonov; exon junction complex - kompleks na spoju eksonov
extreme quantitative trait locus analysis - ekstremno kartiranje lokusov kvantitativnih lastnosti [primerjaj tudi 'quatitative trait locus'] [uporabljajo na IJS]

F

flap - zavihek (pri podvojevanju DNA pri evkariontih pride do izpodrivanja začetka predhodnega Okazakijevega fragmenta; ta del se kasneje razgradi s posebno nukleazo)
flap intermediate - intermediat z zavihkom
fractionation - frakcioniranje [izraz frakcionacija se uporablja v geologiji in biologiji, predvsem v povezavi z izotopi, ponekod pa tudi za celično frakcioniranje (KI, IJS), za celice pa je primernejši izraz frakcioniranje, ki ga navaja tudi SSKJ in je široko v uporabi, npr. FKKT, ZTM (frakcioniranje plazme), FFA]

G

gene conversion - genska konverzija (izraz je uveljavljen in ga ni več smiselno prevajati)
gene drive - gensko gonilo, genski poriv, genski pogon, genski vlek, genska težnja - o predlogih naj bi razpravljala terminološka komisija SGD (stanje nov. 2016); novi predlogi (maj 2017): usmerjeno dedovanje, vsiljeno dedovanje (na osnovi španskega prevoda: génetica dirigida' in francoskega: 'forçage génétique' (Wikipedia); tehnika vsiljenega gena (predlog prof. Romana Jerale, KI)
gene/genome editing - urejanje gena/genoma
genome-wide association studies (GWAS) - asociacijske študije na celotnem genomu (uporabljajo na UM, BF in UP; enako pogosto zaenkrat uporabljajo tudi izraz 'asociacijske študije celotnega genoma' in to na UM, BF in FFA)
GWAS -- glej genome-wide association studies

H

hydrazino peptide -- hidrazinopeptid

harvest -- (v bioprocesih, npr. v bioreaktorju) brozga (ko se nanaša na celično suspenzijo, ki vsebuje produkt, lahko 'brozga s produktom'); po ločevanju na biomaso (celice) in supernatant, je 'harvest' lahko biomasa s produktom ali (ko gre za izločanje produkta iz celic) za supernatant s produktom. [večinoma usklajeno s prof. Polono Žnidaršič Plazl]

I

influx pump - dovodna črpalka, dotočna črpalka (prim. efflux pump - iztočna črpalka)
internal ribosome entry site - notranje vstopno mesto za ribosom
IRES - gl. internal ribosome entry site

L

LB -- lysogeny broth (gojišče)
LCR -- ligase cycling reaction
ligase cycling reaction - ciklična reakcija z ligazo [po analogiji PCR - ..s polimerazo, torej ne 'ligazna ciklična reakcija']
lipid droplet - lipidna kaplja [tudi v uporabi 'lipidna kapljica']
lipidation - lipidacija
lysogeny broth - lizogensko gojišče

M

mammalian target of rapamycin (mTOR) - tarča za rapamicin pri sesalcih (uveljavljeno na področju medicine in farmacije; na FFA UL uporabljajo sicer večkrat 'sesalska tarča za rapamicin', na BF UL 'sesalska tarča rapamicina')
mTOR -- glej mammalian target of rapamycin

N

Neubauer chamber - Neubauerjevo števno stekelce [komora po Neubauerju (BF)]
neurotransmitter - živčni prenašalec, nevrotransmiter (FTS; nevrotransmitor - SMS)
Nile red - nilsko rdeče [SSKJ za sorodno oblikovan izraz 'Kongo red' uporablja 'rdečilo kongo' in 'kongo rdečilo'; izraz rdečilo je verjetno smiseln, za druga osnovna barvila pa modrilo, zelenilo, rumenilo, črnilo,... vendar se pojavi težava pri barvilih npr. oranžne ali vijolične barve kot sta akridin oranžno in krezil vijolično - ko pa tu dopustimo za barvilo pridevniški izraz, ni razloga, da ga ne bi tudi pri osnovnih barvilih]
nonsense-mediated decay - razgradnja nepomenskih prepisov
nourseothricin - nurseotricin [antibiotik, ki nosi ime bakterije Streptomyces noursei, ta pa se imenuje po lastniku kmetije, kjer so bakterijo odkrili. Ime mu je bilo William Nourse. Podobno, kot smo poslovenili izraz pasterizacija po mikrobiologu Pasteurju, tu lahko 'o' spustimo.]

O

oleaginous (microorganisms) - oleogeni (mikroorganizmi)
osmotic - osmozni [tudi 'osmotski', a ne priporočam, ker mislim, da je ta izraz slovenjen iz pridevniške oblike v angleščini ('osmotic'), ne iz osnove 'osmoza']

P

PAM -- glej protospacer adjacent motif
paraspeckle - parapega
patch - segment; short patch repair - popravljanje (mutirane DNA) preko kratkega segmenta; long patch repair - popravljanje preko dolgega segmenta (gre za dolžino DNA, ki se prehodno odstrani pred sintezo popravljenega zaporedja pri mehanizmu z odcepom baze)
plaque assay - določanje števila plakov
protein profiling - profiliranje proteinov; glej tudi 'activity-based protein profiling'
protospacer - protovmesnik (pri sistemu CRISPR/Cas)
protospacer adjacent motif - motiv ob protovmesniku
purinergic receptor - purinergični receptor [SMS, FFA, UNG; sinonim je 'purinski receptor' (npr. Medicinski razgl. 2008), odsvetujem pa 'puroceptor', kar se sicer v angleščini včasih uporablja]

Q

QTL -- glej quantitative trait locus
quantitative trait locus - lokus kvantitativne lastnosti (usklajeno med BF in IJS avgusta 2015)

R

RAD-Seq --> restriction site associated DNA sequencing
recombinant - rekombinanten (nastal z genskim inženirstvom); rekombinant (organizem, nastal z rekombinacijo)
recombination - rekombinacija
recombined - rekombiniran (nastal z rekombinacijo)
restriction site associated DNA sequencing (RAD-Seq) - sekvenciranje DNA, povezano z restrikcijskimi mesti
RISC --> RNA-induced silencing complex
RNA-induced silencing complex (RISC) - z RNA inducirani utiševalni kompleks (uporablja se tudi daljši izraz 'z RNA inducirani kompleks za utišanje genov', npr. na BF UL, in neustrezen izraz 'z RNA-inducirani dušilni kompleks' na MF UL; 'dušenje' je namreč slovenski prevod za 'quenching', tega izraza pa pri utišanju ('silencing') običajno ne uporabljamo)

S

scFv -- glej single-chain variable fragment
SGA -- glej synthetic genetic array
seamless cloning - brezspojno kloniranje
seamless ligation cloning extract (SLiC) - ekstrakt za kloniranje z brezspojno ligacijo (SLiC) [Zhang et al. v svojem članku iz leta 2012 razlagajo 'seamless' kot that does not leave any unwanted sequences at the junction sites, kar do neke mere ustreza slovenskemu izrazu 'brez spoja' - se uporablja npr. pri gumijastih in drugih trakovih]
segregant - segregant [m. sp.; pogosta je raba ženske oblike ('segreganta'), a splošno pravilo pri slovenjenju tujk je, da uporabimo m. sp. V biokemijskem slovarju je navedena izjema pri podobnem izrazu 'mutant', kjer je izraz 'mutanta' dovoljen za opis fenotipa, ne pa za organizem z mutacijo.]
silencing - utišanje (npr. gene silencing - utišanje genov; pojavlja se tudi raba 'gensko utišanje', a približno 10-krat manj pogosto)
single-chain variable fragment - enoverižni variabilni fragment (protitelesa)
SLiC -- glej seamless ligation cloning extract
strand displacement synthesis - sinteza z izpodrivom verige (pri podvojevanju evkariontske DNA-polimeraza delta naleti na začetek predhodnega Okazakijevega fragmenta in ga odrine, nato pa ta kratki zavihek odcepi nukleaza FEN1)
sucrase - saharaza (ne: sukraza)
synthetic genetic array - sintetični genski nabor (uporabljajo na IJS)

T

tracrRNA -- glej trans-activating crRNA
trans-activating crRNA - trans-aktivirajoča crRNA (CRISPR RNA) [nisem prepričan, da je vezaj v slovenščini res nujen]
transformant - transformant [zelo razširjena je uporaba izraza 'transformanta', a splošno pravilo je, da so poslovenjene tujke moškega spola, tako kot npr. 'mutant' ali 'hepatocit' (še leta 1999 je v časopisu Delo bilo zapisano 'hepatocita')]
tyrosine kinase receptor - tirozinkinazni receptor [Medicinski slovar; pogosto še vedno uporabljajo izraz 'tirozin kinazni receptor; čeprav je splošno pravilo, da bi receptorje poimenovali po načelu 'receptor za' (snov, ki jo zazna), v tem primeru ne gre za zaznavanje liganda, pač pa za to, da ima receptor encimsko aktivnost tirozin kinaze]

V

VIGS --> virus-induced gene silencing
virus-induced gene silencing - z virusom inducirano utišanje genov

X

X-QTL (analysis) -- glej extreme quantitative trait locus (analysis)

Y

YNB -- glej yeast nitrogen base
yeast nitrogen base - osnovno dušikovo gojišče za kvasovke [ne 'dušikova baza za kvasovke'; našel sem tudi prevoda 'kvasna dušikova osnova' (BF), 'kvasna dušična baza' (BF) in 'osnovno gojišče za kvasovke z dušikom' (BF/FKKT)]