BIO2 2010 Seminar

Biokemijski seminar

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.

Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

Seznam seminarjev- datumi za seminarje, pri katerih še ni navedena tema, so le informativni in se bodo še spremenili

Ime in priimek	Naslov članka	Rok za oddajo	Rok za recenzijo	Datum predstavitve	Recenzent1	Recenzent2
Gregor Gunčar	naslov seminarja
DIMITRIJEVIĆ ĐORĐE	PLC regulacija: nastajajoči modeli molekularnih mehanizmov	20.10.	25.10.	29.10.	Berčič Tjaša	Berki Barbara
KRAJNC ALEKSANDER	Oligomerske oblike z G proteinom sklopljenih receptorjev (GPCR)	20.10.	25.10.	29.10.	Bevc Luka	Bezeljak Urban
FRANČIČ VITO	Proteini WD40: središča v omrežju celičnih biokemijskih interakcij	20.10.	25.10.	29.10.	Bigec Tjaša	Bratuš Maruša
CAF - FELDIN ŽAN	Glycolysis: a bioenergetic or a survival pathway?	20.10.	27.10.	3.11.	Simonič Nataša	Bremec Kristina
ŽELEZNIK ŽAN	Biokemijska in strukturna osnova za trans-v-cis izomerizacijo retinoidov v kemiji vida	28.10.	2.11.	5.11.	Caf-Feldin	Dimitrijević
PRIMC TISA	Apoptoza inducirana prek smrtnih receptorjev	28.10.	2.11.	5.11.	Frančič	Hadanović
RAZBORŠEK BRIGITA	Adhezijski GPCR-ji: odkrivanje pomena novih receptorjev	28.10.	3.11.	10.11.	Hriberšek	Juvančič
SIMONIČ NATAŠA	Botulin in tetanus nevrotoksin: struktura, delovanje in terapevtska uporaba	29.10.	5.11.	12.11.	Kogoj	Kolar
OGRIN LAURA	Kooperativni in nekooperativni ionski kanali CNG	29.10.	5.11.	12.11.	Kolenc	Krajnc
DIMITRIJEVIČ ĐORĐE		3.11.	10.11.	17.11.
PERME NEJC	Mehanizmi zaznavanja glukoze v evkariontskih celicah	5.11.	12.11.	19.11.	Primc	Ogrin
PODJED ŠPELA	Strukturne lastnosti RNA-stikal, ki vežejo metabolite	5.11.	12.11.	19.11.	Perme	Rot
ŽBOGAR URŠKA	Multifunkcionalnost glikolitičnih encimov	10.11.	17.11.	24.11.	Podjed	Razboršek
NARAGLAV NIVES	Protein kinaze: evolucija dinamično reguliranih proteinov	12.11.	19.11.	26.11.	Rovanšek	Rupar
BEZELJAK URBAN	Na novo odkrite skrivnosti aktomiozinskega delovnega takta	12.11.	19.11.	26.11.	Stupar	Šćuk
ŽLAJPAH MARGARETA	Regulacija HIF-1 proteina	12.11.	19.11.	26.11.	Tolar	Žbogar
KOLAR SABINA	Bridging the GAP between insulin signaling and GLUT4 translocation	19.11.	24.11.	1.12.	Umek	Korpar
HANDANOVIĆ ELMINA	Biokemijski pristop k staranju	26.11.	1.12.	3.12.	Žlajpah	Železnik
BRATUŠ MARUŠA	Mitohondriji kot jih ne poznamo	26.11.	1.12.	3.12.	Pavlovič	Primec
RUPAR KAJA	Sirtuini - reguliranje mitohondrija	2.12.	6.12.	8.12.	Gorečan	Gregorič
BERKI BARBARA	Evolucija mitohondrijev	3.12.	7.12.	10.12.	Tolar	Rovanšek
JUVANČIČ JANJA	Uvoz proteinov v mitohondrij	3.12.	7.12.	10.12.	Caf-Feldin	Berčič
ROT ZALA	Homologi mitohondrijskega razklopnega proteina UCP1	3.12.	8.12.	15.12.	Primec	Korpar
KOLENC FILIP	Post-translational modifications in signal integration	3.12.	10.12.	17.12.	Bevc	Flis
ŠČUK DINO	Mechanisms of lipid-body formation	6.12.	13.12.	17.12.	Bigec	Železnik
BEVC LUKA	Hormon sensitive lipase	5.12.	10.12.	17.12.	Gorečan	Kolenc
nihče	Regulatory crosstalk of the metabolic network	8.12.	15.12.	22.12.
ROVANŠEK VERONIKA	The yin-yang of cobalamin biochemistry	17.12.	19.12.	24.12.	Bezeljak	Ogrin
BERČIČ TJAŠA	The thiolase superfamily: condensing enzymes with diverse reaction specificities	17.12.	19.12.	24.12.	Hriberšek	Bremec
BIGEC TJAŠA	Glutamine addiction	17.12.	19.12.	24.12.	Juvančič	Razboršek
KOGOJ MAJA	Kontrola metabolizma s cirkadianim ritmom in obratno	22.12.	29.12.	5.1.	Rupar	Gregorič
BREMEC KRISTINA	Eukaryotic transcription factors as direct nutrient sensors	24.12.	3.1.	7.1.	Stupar	Žlajpah
STUPAR UROŠ	Many paths to methyltransfer: a chronicle of convergence	24.12.	3.1.	7.1.	Handanović	Pavlovič
TOLAR EVA	Light-regulated transcriptional networks in higher plants	24.12.	3.1.	7.1.	Dimitrijević	Podjed
UMEK ŠPELA	Membrane lipids: where they are and how they behave	3.1.	7.1.	12.1.	Kranjc	Primc
HRIBERŠEK DAMJANA	Principles of bioactive lipid signalling: lessons from sphingolipids	3.1.	7.1.	14.1.	Naraglav	Rot
KORPAR TANJA	Cellular strategies for the assembly of molecular machines	3.1.	7.1.	14.1.	Perme	Bratuš
PAVLOVIČ TANJA	Adipokines as novel modulators of lipid metabolism	3.1.	7.1.	14.1.	Frančič	Žbogar
GOREČAN PETRA	Leptin and the regulation of body weight in mammals	5.1.	12.1.	19.1.	Simonič	Kolar
GREGORIČ TINA	mTOR- from growth signal integration to cancer, diabetes and ageing	13.1.	17.1.	21.1.	Kogoj	Umek
PRIMEC SARA	Inventory control: cytochrome c oxidase assembly regulates mitochondrial translation	13.1.	17.1.	21.1.	Berki	Flis
FLIS TJAŠA	Fructose induced lipogenesis + sami poiščite še dodatne vire!	13.1.	17.1.	21.1.	Ščuk	Naraglav

Gradivo za seminarje

Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/ username: bio2 password: samozame

Naloga

Vaša naloga za seminar je:
A) v skupini še z enim kolegom pripraviti opis enega gesla v poglavju Biokemijski leksikon
B) samostojno pripraviti seminar, katerega osnova je znanstveni članek, ki ga določi docent

A: Leksikografsko geslo

Za vpis gesla veljajo naslednja pravila:

• Geslo je lahko iz katere od že vpisanih kategorij ali pa izberete svoje. Če geslo še ni vpisano v kazalu, ga smiselno uvrstite vanj.
• Do 12. decembra 2010 do 12. ure vpišite v tabelo skupin BIO2 Seminar-geslo, katero temo ste si izbrali. Preden se odločite za svojo temo, preverite, da si ni iste izbral že kdo drug.
• Razlaga gesla naj obsega med 500 in 600 besed in vsaj eno povezavo na slikovno gradivo drugje na internetu. Ne nalagajte slik, ki so avtorsko zaščitene!
• Opis pod A morate dokončati do 12. januarja 2010 do 12. ure.

B: Seminar

Za pripravo seminarja velja naslednje:

• Docent določi članek, ki ga boste obravnavali v okviru seminarja
• Povzetek seminarja opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom. Povezave do slik so dobrodošle, niso pa nujne.
• Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
• Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2800 do 3000 besed), vsebovati mora vsaj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko.
• Natisnjen seminar oddajte dva tedna pred predstavitvijo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
• Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.
• Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
• Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsaj dve vprašanji.
• Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
• Seminarska naloga, povzetek in opis gesla morajo biti v slovenskem jeziku!

Ocenjevanje seminarjev

Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [recenzentsko poročilo] na spletu.

Mnenje o predstavitvi

Vsak posameznik mora oceniti seminar, tako da odda svoje mnenje najkasneje v treh dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja ne sme oddati.

Urejanje spletnih strani na wikiju

Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji (tule v angleščini in tu v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.

Citiranje virov

Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. Pravila, ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.
Citiranje knjig:
Priimek, I. Naslov. Kraj: Založba, letnica.
Priimek, I. Naslov: podnaslov. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.

Boyer, R. Temelji biokemije. Ljubljana: Študentska založba, 2005.
Glick BR in Pasternak JJ. Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo et al. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme in vivo, in vitro ipd.).

Citiranje člankov:
Priimek, I. Naslov. Naslov revije, letnica, letnik, številka, strani.
Lartigue C. et al. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.
Lartigue C. et al. (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis:
C. Lartigue et al. Science 317, 632 (2007)

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

Citiranje spletnih virov:
Priimek, I. Naslov dokumenta. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov
strangeguitars. On the brink of artificial life. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.