Epigenetska regulacija celičnega cikla
1.CELIČNI CIKEL
Celica se razmnožuje z izvajanjem urejenega zaporedja dogodkov pri čemer podvoji svojo vsebino in se nato deli v dve celici. Ta cikel podvajanja in delitve, imenovan celični cikel[[1]], je bistven mehanizem s pomočjo katerega se razmnožujejo vsa živa bitja. Pri evkariontskih celicah je celični cikel razdeljen na 4 faze. Pod mikroskopom je najbolj zanimiva M faza v kateri pride do mitoze in citokineze. Čas med eno in drugo M fazo se imenuje interfaza. Sestavljajo jo S faza, G1 faza ter G2 faza. Med S fazo celica podvoji svojo jedrno DNA , kar je bistveno za celično delitev.
2.EPIGENETSKO DEDOVANJE MED CELIČNIM CIKLOM
V zadnjih letih je prišlo do velikega napredka na področju identifikacije ključnih kandidatov za epigenetske označevalce in mehanizmov, ki zagotavljajo njihovo dedovanje in reverzibilnost. Sedaj je jasno, da pri replikacijskih vilicah[[2]] delujejo kompleksni mehanizmi, ki zagotavljajo epigenetsko dedovanje:
- metilacije DNA
- DNA in kromatin vezajočih faktorjev
- modifikacij histonov ter drugih faktorjev, ki prispevajo k visoki organiziranosti struktur.
Poleg tega so ugotovili, da niso vsi markerji neposredno vključeni v procese replikacijskih vilic, saj je kromatin podvržen tudi procesom, ki niso povezani z procesom replikacije . Določene variante histonov (npr.CENP-A) se dedujejo na način neodvisen od replikacije, kar kaže na pomebnost ostalih faz celičnega cikla (ne zgolj S faze).
V vsakem ceilčnem ciklu je celovitost genetske in epigentske informacije testirana med procesom podvajanja DNA. Ta proces predstavlja tudi možnost za spremebe epigenetskih stanj med diferenciacijo in razvojem. V ta namen so se razvili precizni mehanizmi, ki zagotavljajo stabilnost med prenosom genetske in epigentske informacije v replikacijskih vilicah ter omogočajo možnost želenih zamenjav med razvojem.
2.1Dedovanje metilacije DNA med podvajanjem
Replikacija DNA poteka asimetrično , z neprekinjeno sintezo na vodilni verigi ter prekinjeno na zastajajoči verigi. Sinteza je katalizirana s pomočjo DNA polimeraze na vsaki verigi.DNA polimerazi pri tem pomaga še proliferacijski celični jedrni antigen (proliferating cell nuclear antigen- PCNA), ki je naložen na obe verigi. Na ta način PCNA služi kot pomembna povezava med verigama in zvijanje verig v prostoru zagotavlja sklopitev replikacijskega mehanzma na obeh verigah. Poleg vloge v DNA sintezi, naj bi PCNA tudi povezoval DNA sintezo in dedovanje epigenetskih markerjev ter interagiral s faktorji, ki sodelujejo pri modificiranju in sestavljanju kromatina. Poleg PCNA so še drugi faktorji, ki prispevajo k povezavi med dedovanjem genetske in epigentske informacije:
- MCM kompleks:
mini kromosom vzdrževalni kompleks, je domnevno replikativna helikaza, ki interagira z histon-šaperon anti-silencing funkcijo 1, kar naj bi koordiniralo tok histonov med starševskimi in hčerinskimi verigami.
2.2Dedovanje histonov in njihovih modifikacij 2.3Povezava dedovanja DNA in histonskih markerjev 2.4Dedovanje histonskih variacij izven S faze
3.KLJUČNI EPIGENETSKI MEHANIZMI V BAKTERIJSKIH CELICAH
DNA metilacija je najbolj znacilen epigenetski postopek v celicah, tako pri evkariontih kakor tudi pri prokariontih. Pri obeh vrstah celice najdemo metilno skupino na citozinu (5. atom ogljika), ter na adeninu (na 4. atomu dušika). Pri bakterijskih celicah pa je prisotna še metilizacija citozina in sicer na 4. atomu dušika. N6-metil-adenin je prisoten, ko regulatorni proteini lahko reagirajo z DNA, saj znižuje termodinamsko stabilnost in spremeni ukrivljenost DNA .
3.1DNA adenin metiltransferaza pri γ-proteobakterijah
DAM encim ima 2 domeni, donorska skupina preko metionina prinaša metilno skupino, druga domena pa se veže na DNA. Encim se veže na nemetilirane in polmetilirane GATC-sekvence. DAM regulira celicni cikel pri posameznih vrstah bakterij, kot je naprimer Vibrio cholera, medtem ko je pri nekaterih drugih vrstah (npr. E.coli) prisoten ni pa nujen za preživetje. Ob odsotnosti DAM se številni geni narobe izražajo. Da pa se metilirajo le želeni deli bakterijske DNA poskrbita proteina Lrp in OxyR, ki se vežeta na ista mesta kot DAM in tako inhibirata metilacijo ob prehodu skozi replikacijske vilice.
3.2CcrM metilaza pri α-bakterijah Prvic je bil identificiran pri C.crescentus. Metilira GANTC zaporedje in ima pomembno vlogo pri celicni replikaciji. V celici se nahaja se le pred celicno delitvijo, kar sovpada s koncem podvajanja kromosoma. Zaporedje GANTC se skozi replikacijske vilice le napol metilira in ostane tako do celicne delitve.
3.3DnaA transkripcija v E.coli in v C.crescentus DnaA je replikacijski faktor z dvema vlogama, in sicer začne replikacijo DNA in je transkripcijski faktor. Promotorska regija DnaA vsebuje pri E.coli 6 GATC mest, pri C.crescendus pa 2 GANTC mesti. Pri obeh je izražanje gena za DnaA bolj intenzivno, če so promotorska mesta polno metilirana. Vzrok za to se ni povsem pojasnen, sklepa pa se, da je zato odgovoren YccV protein pri E.coli, ki preprečuje transkripcijo DnaA z direktno vezavo na delno metilirano DnaA promotorsko regijo. Pri C.crescentus je možen DnaA repressor GcrA protein.
N6-adenin metilacija je pomemben epigenetski dejavnik, ki regulira celični cikel bakterijske celice. Igra ključno vlogo pri kromosomski replikaciji. DnaA, CtrA in CcrM so regulatorji pri transkripciji okoli 200 genov ki so pomembni za celični cikel. V prihodnosti je potrebno raziskati, zakaj je CcrM potreben za preživetje γ -proteobakterije, prav tako je potrebno raziskati metilacijo GANTC sekvenci pri alfa-proteobakteriji.
