Molekularne osnove ved o življenju

Obvezni predmet prvostopenjskega študija Kemija na Fakulteti za kemijo in kemijsko tehnologijo Univerze v Ljubljani.
Nosilec predmeta: izr. prof. dr. Marko Dolinar, Katedra za biokemijo FKKT
Šifra predmeta: KE105. Podoben predmet z enakim imenom, a s poudarjenimi inženirskimi vsebinami in drugačno zasnovo seminarjev je tudi na predmetniku študija Kemijskega inženirstva (IN104).
Celoten opis predmeta je na strani FKKT.

[3.10.] V zimskem semestru so govorilne ure ob četrtkih ob 15. uri, lahko pa se 
najavite na konzultacije v času, ko sem prisoten - okvirni razpored zasedenosti 
je na mojem koledarju. 

Zasnova predmeta

5 ECTS, 45 h predavanj, 15 h seminarjev, 15 h laboratorijskih vaj

Študijska literatura

Izbrana poglavja iz učbenika Temelji biokemije (R. Boyer, Študentska založba) in dodatna gradiva (a voljo v spletni učilnici).
Sprotno učenje bo lažje v Spletni učilnici FKKT, kjer potekajo tudi razprave, najdete pa tudi sprotne informacije in nekaj kvizov iz MOVŽ.

Ocenjevanje

Poročila z vaj 10 %, sodelovanje pri seminarju 10 %, kolokvij 15 %, izpit 65 %.

Pogoj za prijavo na izpit so opravljene vaje in oddana poročila z vaj.

Teoretični del izpita bo mogoče opraviti z dvema delnima izpitoma. Prvi bo v drugi polovici novembra (Kiemijsko inženirstvo: v začetku decembra), drugi pa v drugem tednu januarja. Kolokvijski del (torej preverjanje znanja iz vaj) bo mogoče opraviti ločeno, v posebnem terminu, sicer pa bo vključen v drugi delni izpit in končne izpite. Če želite opraviti izpit po delih, je treba pri vsakem od dveh delnih izpitov doseči vsaj 55 % točk iz teorije. Kdor ne opravi izpita v dveh delih, bo izpit opravljal v zimskem izpitnem roku v enem delu. Na voljo bosta dva termina, razpisana kot dva ločena izpitna roka. Naslednja možnost opravljanja izpita bo v junijskem roku (1 termin) in zadnja v jesenskem roku (1 termin). Skupaj bodo na voljo samo štirje izpitni roki.

Izpitne ocene bom zaključeval po naslednjem ključu: - če iz teorije ne boste dosegli meje 50 %: 0-9: ocena 1; 10-19: ocena 2; 20-29: ocena 3; 30-39: ocena 4; 40-49: ocena 5; - če boste zbrali iz teorije vsaj 50 % točk: seštevek točk po formuli (poročila z vaj / seminar / kolokvij / izpit) 50-59: ocena 6; 60-68: ocena 7; 69-77: ocena 8; 78-86: ocena 9; >86: ocena 10. V sistem E-študent bom vpisoval vse ocene, tudi negativne, ki jih dobite na končnih izpitih (ne pa tudi tistih, ki bi jih dobili s seštevkom delnih izpitov).

1. primer ocenjevanja (povprečen študent): ocena za poročila z vaj 7 od 10 možnih točk, ocena za seminarje 7 od 10 točk, izpit: kolokvijski del 67 % (10 od 15 točk), teoretični del 69 % (45 od 65 točk), skupaj 7 + 7 + 10 + 45 = 69 točk, ocena 7. V indeks se vpiše enotna ocena predmeta, to je dobro (7). Isti študent bi s samo za dobre 3 odstotne točke boljšim teoretičnim znanjem (72,3 % ali 47 točk od 65) zbral skupaj 71 točk, kar bi zadoščalo za oceno 8.

2. primer (zelo dober študent): ocena za poročila 9 (od 10), seminarji 9 (od 10), kolokvijski del izpita 87 % (13 od 15), teoretični del 91 % (59 od 65), skupaj 90 %, ocena 10.

3. primer (podpovprečen študent): poročila z vaj 6 (od 10), seminarji 5 (od 10), kolokvij 60 % (9 od 15), teorija 50 % (37,5 od 65), skupaj 57,5 %, ocena 6.

4. primer (nezadostno znanje): poročila z vaj 3 (od 10), seminarji 1 (od 10), kolokvij 50 % (7,5 od 15), teorija 45 % (29 od 65), skupaj 40,5 %, ocena 5.

Ocenjevanje leksikografskih gesel

Za objavljen prispevek, ki ustreza formalnim kriterijem glede dolžine, oznake (LEX), virov in vsaj ene povezave dobi študent od 1 do 5 točk. Za 5 točk mora biti prispevek strokovno brez napak, trditve morajo biti utemeljene z ustreznimi viri, viri morajo biti verodostojni (po možnosti ne komercialni), opisi morajo biti relevantni s stališča naravoslovja (to pomeni, da ni poudarek na npr. prehranjevanju, življenjskih navadah ipd.), da so pri geslih, ki so že drugje obsežneje razložena, izbrane tiste lastnosti molekul, ki so ključne za njihovo aktivnost v celicah oz. organizmih. Viri morajo biti ustrezno citirani. Za vsako odstopanje od tega ideala odbijem nekaj točk(e).

Ocenjevanje razprav na forumu

Sodelovanje v razpravah lahko prinese vsakič največ 2 točki, vendar skupaj upoštevam za oceno največ 5 točk. To pomeni, da študentom ni treba sodelovati na vseh razpravah oz. da je lahko njihov prispevek tudi manj pomemben, pa vseeno dobijo polno vsoto točk. Za 2 točki je treba napisati odgovor, ki je utemeljen, strokoven, ni samo ponovitev tistega, kar smo omenili pri predavanjih, je napisan samostojno (ni zgolj fragmentarno prepisan ali prekopiran s spleta ali iz knjige) in po možnosti izviren. Seveda tak odgovor tudi ne sme vsebovati strokovnih napak. Takih je bilo v št. letu 2009/10 ~5 % vseh odgovorov. Če prispevek ne izpolnjuje vseh omenjenih kriterijev, ga ocenim z manj kot polnim številom točk.

Izpitni roki

Delna izpita bosta:
- za študente Kemijskega inženirstva 6.12.2010 ob xx. uri in 17.1.2011 ob yy. uri
- za študente Kemije 25.11.2010 ob zz. uri in 17.1.2011 ob qq. uri

Zaključni izpiti (če izpita ne opravite z delnima izpitoma) bodo za vse študente:
- 28. 1. 2011 ob aa. uri
- 14. 2. 2011 ob bb. uri
- 1. 7. 2011 ob cc. uri
- 24. 8. 2011 ob dd. uri

Študenti se morajo za vsakega od izpitnih rokov prijaviti na e-študentu najmanj 5 delovnih dni pred izpitom. Odjava je možna še 3 dni pred izpitom, izjemoma pa po e-pošti ali osebno do začetka izpita. Med izpitom odjava ni možna.

V zimskem izpitnem obdobju sta razpisana dva roka. Prijava na prvi rok ne pomeni, da se ne smete prijaviti tudi na drugega.

Zaključni izpiti imajo po 35 vprašanj, na posebnih polah pa še vprašanja z vaj (7-10). Odgovore na vprašanja z vaj popravljajo asistenti, zato morate na izpit vpisati ime asistenta. Na izpitih je časa za pisanje skupaj 90 minut (priporočamo, da 20 min. namenite za vaje, ostalo za teorijo). Negativnih točk ni. Če je obkroženih več kot je pravilnih odgovorov, je za to vprašanje ocena 0.

Ogled izpitov je mogoč po objavi rezultatov po predhodni najavi po e-pošti.

Vsebina

Predmet je razdeljen na tri sklope. Študijski viri so učbenik in dodatna gradiva (skripta v pripravi). Strani v učbeniku so pri vsaki temi navedene v oklepaju. Nekatere vsebine so v učbeniku razložene nekoliko bolj podrobno kot jih bo treba znati na izpitu.

Življenje
1. Življenje in vede o življenju.
2. Značilnosti celic: prokarionti in evkarionti. Celična komunikacija. [B13-21 + skripta]
3. Organi in fiziologija večceličnih organizmov (rastline, živali). [skripta]
4. Evolucija in filogenija. [skripta]
5. Organizmi in okolje. [skripta]
Biološke makromolekule
6. Aminokisline, peptidi in proteini. [B70-79]
7. 3D zgradba proteinov in njihova biološka vloga. [B80-91,B98-120]
8. Encimi: reakcije, kinetika, inhibicija, koencimi. [B126-145, B156-169]
9. Ogljikovi hidrati: zgradba in biološka vloga. [B180-201]
10. Lipidi, biološke membrane in transport. [B208-237]
11. DNA in RNA: zgradba in vloga. [B244-260,B306-322]
Molekularne osnove celičnih procesov
12. Ohranjanje in prenos biološke informacije. [B272-297,B306-332]
13. Rekombinantna DNA in biotehnologija. [B338-358]
14. Celični ciklus in celična smrt. Oksidativni stres. Rak. [skripta]
15. Osnove bioenergetike in celičnega metabolizma. [B366-387]
16. Molekularni motorji. [skripta]
17. Protitelesa in imunski odgovor. [skripta]
18. Biokemija čutil. [skripta]

Razpored tem po tednih

(vsak teden ima 4 kontaktne ure predavanj in seminarjev)

I. Življenje in vede o življenju. Značilnosti celic. Komuniciranje med celicami. Organi in fiziologija večceličarjev.

II. Fiziologija človeka. Evolucija. Filogenija.

III. Aminokisline in peptidi. Proteini. 3D zgradba proteinov. Encimi.

IV. Uravnavanje encimskih procesov. Kinetika encimskih reakcij. Ogljikovi hidrati.

V. Lipidi in biološke membrane.

VI. Nukleinske kisline. Zgradba kromosomov in zunajkromosomskih nukleinskih kislin.

VII. Podvojevanje DNA. Rekombinacija in popravljanje mutacij. Mutagena sredstva. Prepisovanje DNA.

VIII. [1. delni izpit] Zorenje RNA. Genetski kod in tRNA. Prevajanje RNA. Zorenje in usmerjanje proteinov.

IX. Razgradnja proteinov v organizmu. Uravnavanje izražanja genov. Primeri uravnavanja izražanja. Tehnike rekombinantne DNA.

X. Molekularna biotehnologija. Celični cikel. Mehanizmi celične smrti.

XI. Oksidativni stres in antioksidanti. Rak in pristopi k zdravljenju raka.

XII. Osnove bioenergetike in celičnega metabolizma. Fotosinteza in kroženje snovi v naravi. Ekologija.

XIII. Simbioza. Pesticidi. Bioremediacija. Molekularni motorji. Imunski sistem in imunski odgovor.

XIV. Zgradba in biosinteza protiteles. Imunološke tehnike. [2. delni izpit]

XV. Biokemija čutil.

Spletna učilnica

Nekatere študijske aktivnosti bodo potekale v učilnici FKKT z vmesnikom Moodle. Naš predmet ima svojo vstopno stran na naslovu http://ucilnica.fkkt.uni-lj.si/course/view.php?id=13, za delo v spletni učilnici pa se boste morali najprej registrirati.