BIO1-seminar

Temelji biokemije- seminar

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 11:00 do 12:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/ username: tbk password: samozameDD

Seznam seminarjev

Ime in priimek	Naslov seminarja	Link	Rok za oddajo	Rok za recenzijo	Datum predstavitve	Recenzent 1	Recenzent 2	Recenzent 3
Rok Ferenc	Nov način zdravljenja Androgenic alopecia	http://www.sciencedaily.com/releases/2012/10/121026125127.htm	04.03.	07.03.	11.03.	Jure Fabjan	Marjeta Horvat	Tadej Rozman
Mojca Juteršek	Sekrecijski sistem tipa III pri Pseudomonas aeruginosa in vpliv metabolizma na njegovo izražanje	http://www.sciencedaily.com/releases/2013/01/130130083017.htm	04.03.	07.03.	11.03.	Boštjan Petrič	Maja Zupančič	Milena Jovanov
Tjaša Bensa	Sulforafan kot potencialni kandidat za zdravljenje levkemije	http://www.sciencedaily.com/releases/2012/12/121212205602.htm	04.03.	07.03.	11.03.	Peter Prezelj	Luka Kavčič	Nina Pirih
Petra Tavčar	Zdravljenje Huntingtonove bolezni s proteini s cinkovimi prsti	http://www.sciencedaily.com/releases/2012/10/121010131358.htm	04.03.	07.03.	11.03.	Ana Krišelj	Alja Zgonc	Urša Kapš
Tilen Komel			11.03.	14.03.	18.03.	Rok Ferenc	Jure Fabjan	Marjeta Horvat
Urška Kašnik	Propionibacterium acnes - bakterija, ki povzroča akne	http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130228080135.htm	11.03.	14.03.	18.03.	Mojca Juteršek	Boštjan Petrič	Maja Zupančič
David Pignar			11.03.	14.03.	18.03.	Tjaša Bensa	Peter Prezelj	Luka Kavčič
Maruša Prolič - Kalinšek	Živčni strupi in butirilholinesteraza	http://www.sciencedaily.com/releases/2013/01/130111101450.htm	11.03.	14.03.	18.03.	Petra Tavčar	Ana Krišelj	Alja Zgonc
Domen Klofutar	MICU1 kot regulator koncentracije Ca2+ v mitohondrijih	http://www.sciencedaily.com/releases/2012/11/121127130025.htm	18.03.	21.03.	25.03.	Tilen Komel	Rok Ferenc	Jure Fabjan
Jakob Rupert	Vplivi na vezavo Aβ-oligomerov na nepatogene prione PrPC in povezava z nastankom Alzheimerjeve bolezni	http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130205200241.htm	18.03.	21.03.	25.03.	Urška Kašnik	Mojca Juteršek	Boštjan Petrič
Helena Jakše	Resveratrol kot preventiva proti raku	http://www.sciencedaily.com/releases/2012/12/121205084419.htm	18.03.	21.03.	25.03.	David Pignar	Tjaša Bensa	Peter Prezelj
Lenka Tomešová	Key to Controlling Toxicity of Huntington's Disease Protein May Be Cell Contents	http://www.sciencedaily.com/releases/2012/06/120606092537.htm	18.03.	21.03.	25.03.	Maruša Prolič - Kalinšek	Petra Tavčar	Ana Krišelj
Simon Bolta	Vloga rjavega maščobnega tkiva pri termogenezi	http://www.sciencedaily.com/releases/2013/03/130313160754.htm	25.03.	28.03.	08.04.	Domen Klofutar	Tilen Komel	Rok Ferenc
Vita Vidmar	Posttranskripcijska regulacija cirkadianega ritma pri Synechococcus elongatus	http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130217134246.htm	25.03.	28.03.	08.04.	Jakob Rupert	Urška Kašnik	Mojca Juteršek
Sabina Štukelj	Struktura in pomen antifreeze proteinov	http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130218092501.htm	25.03.	28.03.	08.04.	Helena Jakše	David Pignar	Tjaša Bensa
Nika Strašek	Zdravljenje avtizma s suraminom	http://www.sciencedaily.com/releases/2013/03/130313182019.htm	25.03.	28.03.	08.04.	Lenka Tomešová	Maruša Prolič - Kalinšek	Petra Tavčar
Vid Jazbec	Interakcije seratoninskih in glutamatskih ter steratoninskih in dopaminskih receptorjev ter vpliv na psihoze	http://www.sciencedaily.com/releases/2013/03/130307145720.htm	08.04.	11.04.	15.04.	Simon Bolta	Domen Klofutar	Tilen Komel
Aneta Atanasova			08.04.	11.04.	15.04.	Vita Vidmar	Jakob Rupert	Urška Kašnik
Rok Ipšek	Delovanje alfa hidroksi kislin kot eksfoliantov	http://www.sciencedaily.com/releases/2012/08/120813155644.htm	08.04.	11.04.	15.04.	Sabina Štukelj	Helena Jakše	David Pignar
Helena Šneberger	Nova imunološka terapija zdravljenja alergije na jajca	http://www.sciencedaily.com/releases/2012/07/120718192044.htm	08.04.	11.04.	15.04.	Nika Strašek	Lenka Tomešová	Maruša Prolič - Kalinšek
Tim Božič	HMCV z vezavo glikoproteina UL141 na smrtne receptorje TRAIL spodnese imunski odziv	http://www.sciencedaily.com/releases/2013/03/130313123504.htm	15.04.	18.04.	22.04.	Vid Jazbec	Simon Bolta	Domen Klofutar
Sara Košenina	Zdravljenje Alzheimerjeve bolezni z grelinom	http://www.sciencedaily.com/releases/2013/04/130402182457.htm	15.04.	18.04.	22.04.	Aneta Atanasova	Vita Vidmar	Jakob Rupert
Eva Krivec			15.04.	18.04.	22.04.	Rok Ipšek	Sabina Štukelj	Helena Jakše
Jan Rozman	Ciljanje kronično levkemičnih celic z monoklonskim protitelesom specifičnim za CD44	http://www.sciencedaily.com/releases/2013/03/130325160234.htm	15.04.	18.04.	22.04.	Helena Šneberger	Nika Strašek	Lenka Tomešová
Eva Vidak	Antigenska subverzija - nov mehanizem s katerim se virus Ebole izogne imunskemu odzivu gostitelja	http://www.sciencedaily.com/releases/2012/12/121213172300.htm	22.04.	25.04.	06.05.	Tim Božič	Vid Jazbec	Simon Bolta
Toni Nagode	Makromolekulski uničevalec RNA	http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130204094606.htm	22.04.	25.04.	06.05.	Sara Košenina	Aneta Atanasova	Vita Vidmar
Ema Guštin	Vloga regulacije kompleksov Vps34 pri avtofagiji	http://www.sciencedaily.com/releases/2013/01/130117132921.htm	22.04.	25.04.	06.05.	Eva Krivec	Rok Ipšek	Sabina Štukelj
Dominik Dekleva	Encimsko mapiranje proteinov v celici	http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130212210009.htm	22.04.	25.04.	06.05.	Jan Rozman	Helena Šneberger	Nika Strašek
Mojca Kostanjevec	Sintetični nanodelci funkcionalizirani z biomimetičnimi levkocitnimi membranami	http://www.sciencedaily.com/releases/2013/01/130131144114.htm	06.05.	09.05.	13.05.	Eva Vidak	Tim Božič	Vid Jazbec
Eva Oblak Zvonar	Vodikov sulfid, potencialno preventivno in terapevtsko sredstvo pri staranju in s starostjo povezanih boleznih	http://www.sciencedaily.com/releases/2013/01/130129121945.htm	06.05.	09.05.	13.05.	Toni Nagode	Sara Košenina	Aneta Atanasova
Barbara Sopčić			06.05.	09.05.	13.05.	Ema Guštin	Eva Krivec	Rok Ipšek
Tadej Rozman	Protein alfa-sinuklein se obnaša kot virus	http://www.sciencedaily.com/releases/2013/04/130425213758.htm	06.05.	09.05.	13.05.	Dominik Dekleva	Jan Rozman	Helena Šneberger
Milena Jovanov			13.05.	16.05.	20.05.	Mojca Kostanjevec	Eva Vidak	Tim Božič
Nina Pirih		http://www.sciencedaily.com/releases/2013/01/130128133820.htm	13.05.	16.05.	20.05.	Eva Oblak Zvonar	Toni Nagode	Sara Košenina
Urša Kapš	Smc5/Smc6/MAGE kompleks daje odpornost pred kofeinom in genotoksičnim stresom v Drosophila melanogaster	http://www.sciencedaily.com/releases/2013/04/130418100150.htm	13.05.	16.05.	20.05.	Barbara Sopčić	Ema Guštin	Eva Krivec
Marjeta Horvat	Spremenjeno izražanje genov kot posledica metode RYGB oz. obvoda želodca	http://www.sciencedaily.com/releases/2013/04/130411123845.htm	13.05.	16.05.	20.05.	Tadej Rozman	Dominik Dekleva	Jan Rozman
Maja Zupančič	Jedrni receptorji PPARβ/δ in PPARα, ki usmerjajo metabolične procese za regulacijo v mišjem srcu	http://www.sciencedaily.com/releases/2013/05/130508102648.htm	20.05.	23.05.	27.05.	Milena Jovanov	Mojca Kostanjevec	Eva Vidak
Luka Kavčič	Odsotnost proteina Sec24A zniža nivo holesterola v krvni plazmi preko zmanjšane sekrecije proteina PCSK9	http://www.sciencedaily.com/releases/2013/04/130410141535.htm	20.05.	23.05.	27.05.	Nina Pirih	Eva Oblak Zvonar	Toni Nagode
Alja Zgonc	p53 učinkovito zatira razvoj tumorja v popolni odsotnosti p21, Puma in Noxa	http://www.sciencedaily.com/releases/2013/05/130509123532.htm	20.05.	23.05.	27.05.	Urša Kapš	Barbara Sopčić	Ema Guštin
Jure Fabjan	Vpliv Dkk1 na nevrogenezo v starosti	http://www.sciencedaily.com/releases/2013/02/130207131511.htm	20.05.	23.05.	27.05.	Marjeta Horvat	Tadej Rozman	Dominik Dekleva
Boštjan Petrič		http://www.sciencedaily.com/releases/2013/05/130519145653.htm	27.05.	30.05.	03.06.	Maja Zupančič	Milena Jovanov	Mojca Kostanjevec
Peter Prezelj		http://www.sciencedaily.com/releases/2012/12/121206121728.htm	27.05.	30.05.	03.06.	Luka Kavčič	Nina Pirih	Eva Oblak Zvonar
Ana Krišelj		http://www.sciencedaily.com/releases/2013/04/130415172021.htm	27.05.	30.05.	03.06.	Alja Zgonc	Urša Kapš	Barbara Sopčić

Naloga

• samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu ScienceDaily, ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2012. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
• naslov izbrane teme in link do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
• Povzetek seminarja opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
• Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
• Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
• Seminar oddajte do roka za oddajo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
• Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
• Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 16 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
• Predstavitvi sledi razprava- 6 minut. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
• En dan pred predstavitvijo oddajte končno verzijo doc. Gunčarju po e-mailu, v subject napišite TBK2013 in pripnite datoteko, ki ima ime v obliki TBK2013-Ime-Priimek.docx. Na dan predstavitve morate docentu oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
• Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

Ocenjevanje seminarjev

Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [recenzentsko poročilo] na spletu.

Mnenje o predstavitvi

Vsak posameznik mora oceniti seminar, tako da odda svoje mnenje najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja ne sme oddati.

Urejanje spletnih strani na wikiju

Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji (tule v angleščini in tu v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.

Faktor vpliva

Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v COBISS-u. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

Citiranje virov

Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. Pravila, ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.
Citiranje knjig:
Priimek, I. Naslov. Kraj: Založba, letnica.
Priimek, I. Naslov: podnaslov. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.

Boyer, R. Temelji biokemije. Ljubljana: Študentska založba, 2005.
Glick BR in Pasternak JJ. Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo et al. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme in vivo, in vitro ipd.).

Citiranje člankov:
Priimek, I. Naslov. Naslov revije, letnica, letnik, številka, strani.
Lartigue C. et al. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.
Lartigue C. et al. (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis:
C. Lartigue et al. Science 317, 632 (2007)

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

Citiranje spletnih virov:
Priimek, I. Naslov dokumenta. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov
strangeguitars. On the brink of artificial life. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.