Seminarji-Modul2: Difference between revisions

From Wiki FKKT
Jump to navigationJump to search
No edit summary
 
(48 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 1: Line 1:
== Splošno ==
== Splošno ==


V študijskem letu 2017/18 bomo zaradi manjšega števila vpisanih študentov izvedli 2. modul (''Struktura in funkcija bioloških molekul'') predmeta ''[https://www.uni-lj.si/mma/Ibrani%20procesi/2016091510513645/ Izbrani procesi iz biokemije in molekularne biologije]'' v obliki seminarjev in konzultacij. Vsak od treh predavateljev bo posredoval 3-5 preglednih člankov, ki pokrivajo njegovo področje, kot študijsko gradivo. Izpitna vprašanja bodo večinoma iz te snovi, v manjšem deležu pa iz seminarjev. Vsak študent mora pripraviti en seminar pri vsakem od treh učiteljev. Razpisanih bo torej 3 x 5 seminarjev, ki bodo temeljili na raziskovalnih člankih. Pri izr. prof. Dolinarju bodo predstavitve vseh seminarjev 27. februarja 2018.
V študijskem letu 2021/22 bomo izvedli 2. modul (''Struktura in funkcija bioloških molekul in dizajniranih bioloških sistemov'') predmeta ''Izbrana poglavja iz biokemije in molekularne biologije'' v obliki predavanj in seminarjev na spletu. Vsak študent mora v okviru tega modula pripraviti in predstaviti dva seminarja. Pri vsakem učitelju lahko pripravi največ en seminar, pri katerem in katerega izmed razpisanih, pa si izbere vsak sam v okviru ponujenih možnosti. Pri izr. prof. Dolinarju je na voljo 6 seminarjev, predstavljenih v spodnji tabeli.


Članki, ki so osnova za pripravo seminarjev v delu modula, ki ga pokriva dr. Dolinar, so navedeni spodaj.
Teme pri izr. prof. Dolinarju bodo: Proteinsko inženirstvo v biomedicini (10.2.), Rekombinantna in biotehnološka zdravila (15.2.) ter Dizajnerska protitelesa in njihova uporaba (17.2.). Tako bodo razporejene tudi teme seminarjev.


== Seznam seminarjev ==
== Seznam seminarjev ==
Line 13: Line 13:
!referent
!referent
|-
|-
|27. 02. 2018/
|15. 02. 2022/
|Gulati et al.: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28928065 Molecular cloning and biophysical characterization of CXCL3 chemokine]. Int. J. Biol. Macromol. (februar 2018)...
| Munhoz Costa et al., [https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jctb.6933 Engineered asparaginase from ''Erwinia chrysanthemi'' enhances asparagine hydrolase activity and diminishes enzyme immunoreactivity - a new promise to treat acute lymphoblastic leukemia]. J. Chem. Technol. Biotechnol. 2021 .... Andreja
| Estera
|-
|-
|27. 02. 2018/
|Sengupta & Udgaonkar: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28736314 Expression and purification of single cysteine-containing mutant variants of the mouse prion protein by oxidative refolding]. Protein Expr. Purif. (december 2017).
| Patrik
|-
|-
|27. 02. 2018/
|15. 02. 2022/
|Taktak-BenAmar et al.: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5293700/ Expression, purification and functionality of bioactive recombinant human vascular endothelial growth factor VEGF165 in E. coli]. AMB Express (februar 2018)...
|Prats-Ejarque et al., [https://www.mdpi.com/1422-0067/23/1/95/htm Structure-based design of an RNase chimera for antimicrobial therapy]. Int. J. Mol. Sci. 2022 .... Iza
| referent 3
|-
|-
|27. 02. 2018/
|Karray et al.: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29129630 Antibacterial, antifungal and anticoagulant activities of chicken PLA2group V expressed in Pichia pastoris]. Int. J. Biol. Macromol. (november 2017)...
| Adrijan
|-
|-
|27. 02. 2018/
|17. 02. 2022/
|Tran et al.: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28843001 Cell-free production of a therapeutic protein: Expression, purification, and characterization of recombinant streptokinase using a CHO lysate]. Biotechnol. Bioeng. (januar 2018)...
|Sinegubova et al., [https://www.mdpi.com/1999-4923/14/1/96/htm Purification Process of a Recombinant Human Follicle Stimulating Hormone Biosimilar (Primapur®) to Yield a Pharmaceutical Product with High Batch-to-Batch Consistency]. Pharmaceutics 2022 .... Rok
| referent 5
|-
|-
|17. 02. 2022/
|Wang et al., [https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/adma.202106669 Spatiotemporally controllable distribution of combination therapeutics in solid tumors by dually modified bacteria]. Adv. Materials 2021 .... Petra
|-
|-
|22. 02. 2022/
|Svilenov et al., [https://www.nature.com/articles/s41467-021-27103-z Mechanistic principles of an ultra-long bovine CDR reveal strategies for antibody design]. Nat. Commun. 2021
|-
|-
|22. 02. 2022/
|Rofo et al., [https://translationalneurodegeneration.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40035-021-00258-x Novel multivalent design of a monoclonal antibody improves binding strength to soluble aggregates of amyloid beta]. Transl. Neurodeg. 2021 .... Janez
|-
|-
|22. 02. 2022/
|Wang et al., [https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/bit.27953  The interplay of protein engineering and glycoengineering to fine-tune antibody glycosylation and its impact on effector functions]. Biotechnol. Bioeng. 2021 .... Nika   
|-
|-
|---/
|---   
| ---
|-
|-
|---/
|---
| ---
|--
|}
|}


Vsak naj si izbere enega od seminarjev in mi izbiro sporoči po e-pošti na naslov marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si. Prednost ima, kdor se prej javi.
Izberite si enega od seminarjev in mi izbiro sporočite po e-pošti na naslov marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si. Prednost ima, kdor se prej javi.


== Navodila za pripravo ==
== Navodila za pripravo ==
Line 53: Line 53:
- pripraviti vprašanja za razpravo<br>
- pripraviti vprašanja za razpravo<br>
- sodelovati v razpravi<br>
- sodelovati v razpravi<br>
- referent mora prebrati tudi morebitno dodatno gradivo k članku in seveda literaturo, s katero si bo razjasnil tematiko dela in uporabljene metode<br>


'''Vsak od referentov mora pripraviti naslednje:'''<br>
'''Vsak od referentov mora pripraviti naslednje:'''<br>
- povzetek seminarja s 1200-1600 besedami - lahko vključuje tudi slike, ni pa nujno (sklicujete se lahko na številke slik v originalnem članku); povzetek oddajte najkasneje na dan predstavitve v elektronski obliki in ga pošljite tudi vsem vpisanim študentom kot pomoč pri pripravi na izpit<br>
- povzetek seminarja s 1200-1600 besedami - lahko vključuje tudi slike, ni pa nujno (sklicujete se lahko na številke slik v originalnem članku); povzetek oddajte najkasneje en dan pred predstavitvijo v elektronski obliki in ga pošljite tudi vsem vpisanim študentom kot pomoč pri pripravi na izpit<br>
- predstavitev v programu PowerPoint v obsegu in na način, ki bo omogočil natančen vpogled v snov, predstavljeno v članku in bo služil kot osnova za razpravo <br>
- predstavitev v programu PowerPoint v obsegu in na način, ki bo omogočil natančen vpogled v snov, predstavljeno v članku in bo služil kot osnova za razpravo <br>


Line 62: Line 63:
- predhodno opravljeno delo (ali stanje stvari na tem področju) <br>
- predhodno opravljeno delo (ali stanje stvari na tem področju) <br>
- konkreten delovni načrt za izvedbo raziskave <br>
- konkreten delovni načrt za izvedbo raziskave <br>
- rezultate in metode (metodo smiselno vključite v rezultate) <br>
- rezultate in metode (metode smiselno vključite v predstavitev rezultatov) <br>
- kritično mnenje o članku (kaj je bilo dobro zastavljeno, izvedeno, predstavljeno, razloženo... in kaj ne) <br>
- kritično mnenje o članku (kaj je bilo dobro zastavljeno, izvedeno, predstavljeno, razloženo... in kaj ne) <br>
- uvod v razpravo <br>
- uvod v razpravo <br>


'''Razprava o vsakem članku naj bi trajala vsaj 20 minut in mora biti poglobljena in argumentirana.''' Zato je res nujno, da članke berete sproti in temeljito!
'''Razprava o vsakem članku naj bi trajala okrog 20 minut in mora biti poglobljena in argumentirana.''' Zato je res nujno, da članke berete sproti in temeljito!
 
== Študijska literatura ==
Letos bo izpit vključeval vprašanja iz preglednih člankov s spodnjega seznama (velja samo za snov, ki jo pokriva izr. prof. Dolinar):
# Kaur et al., 2018: Strategies for optimization of heterologous protein expression in E. coli: Roadblocks and reinforcements ([https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0141813017323826 povezava])
# Kosobokova et al., 2016: Overview of fusion tags for recombinant proteins ([https://link.springer.com/article/10.1134/S0006297916030019 povezava])
# Juturu & Wu, 2018: Heterologous Protein expression in Pichia pastoris: Latest research progress and applications ([http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cbic.201700460/full povezava]) - samo poglavja 1-7, 10 in 11
# Pelosse et al., 2017: MultiBac: from protein complex structures to synthetic viral nanosystems ([https://bmcbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12915-017-0447-6 povezava])
# Gupta & Shukla, 2017: Sophisticated cloning, fermentation, and purification technologies for an enhanced therapeutic protein production: A review ([https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fphar.2017.00419/full povezava])

Latest revision as of 10:03, 14 February 2022

Splošno

V študijskem letu 2021/22 bomo izvedli 2. modul (Struktura in funkcija bioloških molekul in dizajniranih bioloških sistemov) predmeta Izbrana poglavja iz biokemije in molekularne biologije v obliki predavanj in seminarjev na spletu. Vsak študent mora v okviru tega modula pripraviti in predstaviti dva seminarja. Pri vsakem učitelju lahko pripravi največ en seminar, pri katerem in katerega izmed razpisanih, pa si izbere vsak sam v okviru ponujenih možnosti. Pri izr. prof. Dolinarju je na voljo 6 seminarjev, predstavljenih v spodnji tabeli.

Teme pri izr. prof. Dolinarju bodo: Proteinsko inženirstvo v biomedicini (10.2.), Rekombinantna in biotehnološka zdravila (15.2.) ter Dizajnerska protitelesa in njihova uporaba (17.2.). Tako bodo razporejene tudi teme seminarjev.

Seznam seminarjev

datum članek za seminar referent
15. 02. 2022/ Munhoz Costa et al., Engineered asparaginase from Erwinia chrysanthemi enhances asparagine hydrolase activity and diminishes enzyme immunoreactivity - a new promise to treat acute lymphoblastic leukemia. J. Chem. Technol. Biotechnol. 2021 .... Andreja
15. 02. 2022/ Prats-Ejarque et al., Structure-based design of an RNase chimera for antimicrobial therapy. Int. J. Mol. Sci. 2022 .... Iza
17. 02. 2022/ Sinegubova et al., Purification Process of a Recombinant Human Follicle Stimulating Hormone Biosimilar (Primapur®) to Yield a Pharmaceutical Product with High Batch-to-Batch Consistency. Pharmaceutics 2022 .... Rok
17. 02. 2022/ Wang et al., Spatiotemporally controllable distribution of combination therapeutics in solid tumors by dually modified bacteria. Adv. Materials 2021 .... Petra
22. 02. 2022/ Svilenov et al., Mechanistic principles of an ultra-long bovine CDR reveal strategies for antibody design. Nat. Commun. 2021
22. 02. 2022/ Rofo et al., Novel multivalent design of a monoclonal antibody improves binding strength to soluble aggregates of amyloid beta. Transl. Neurodeg. 2021 .... Janez
22. 02. 2022/ Wang et al., The interplay of protein engineering and glycoengineering to fine-tune antibody glycosylation and its impact on effector functions. Biotechnol. Bioeng. 2021 .... Nika

Izberite si enega od seminarjev in mi izbiro sporočite po e-pošti na naslov marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si. Prednost ima, kdor se prej javi.

Navodila za pripravo

Seminarji predstavljajo pomemben del modula in jih bomo tako tudi ocenjevali. Samo 50 % ocene modula bodo predstavljali odgovori na izpitna vprašanja, 50 % ocene pa je ocena seminarja. Ta polovica ocene se oblikuje iz 60 % za predstavitev in povzetek ter 40 % za sodelovanje pri razpravah o seminarjih.

Vsak doktorski študent, ki je vpisal 2. modul, mora:
- prebrati vsakega od člankov, ki jih bomo obravnavali na seminarjih, do datuma predstavitve
- pripraviti vprašanja za razpravo
- sodelovati v razpravi
- referent mora prebrati tudi morebitno dodatno gradivo k članku in seveda literaturo, s katero si bo razjasnil tematiko dela in uporabljene metode

Vsak od referentov mora pripraviti naslednje:
- povzetek seminarja s 1200-1600 besedami - lahko vključuje tudi slike, ni pa nujno (sklicujete se lahko na številke slik v originalnem članku); povzetek oddajte najkasneje en dan pred predstavitvijo v elektronski obliki in ga pošljite tudi vsem vpisanim študentom kot pomoč pri pripravi na izpit
- predstavitev v programu PowerPoint v obsegu in na način, ki bo omogočil natančen vpogled v snov, predstavljeno v članku in bo služil kot osnova za razpravo

Predstavitve naj bi bile dolge okrog 30 minut. V tem času boste morali razložiti:
- ozadje/problem, ki ga članek obravnava, pri čemer poskušajte izluščiti ne samo namen dela, pač pa tudi delovno hipotezo
- predhodno opravljeno delo (ali stanje stvari na tem področju)
- konkreten delovni načrt za izvedbo raziskave
- rezultate in metode (metode smiselno vključite v predstavitev rezultatov)
- kritično mnenje o članku (kaj je bilo dobro zastavljeno, izvedeno, predstavljeno, razloženo... in kaj ne)
- uvod v razpravo

Razprava o vsakem članku naj bi trajala okrog 20 minut in mora biti poglobljena in argumentirana. Zato je res nujno, da članke berete sproti in temeljito!