Seminarji-Modul2: Difference between revisions

From Wiki FKKT
Jump to navigationJump to search
 
(35 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 1: Line 1:
== Splošno ==
== Splošno ==


V študijskem letu 2018/19 bomo izvedli 2. modul (''Struktura in funkcija bioloških molekul'') predmeta ''[https://www.uni-lj.si/mma/urnikbmb1819/2018083115505071/ Izbrani procesi iz biokemije in molekularne biologije]'' v obliki predavanj in seminarjev. Vsak študent mora v okviru tega modula pripraviti in predstaviti dva seminarja. Pri vsakem učitelju lahko pripravi največ en seminar, pri katerem in katerega izmed razpisanih, pa si izbere vsak sam. Pri izr. prof. Dolinarju bosta na vsakem od treh terminov po dve predstavitivi seminarjev. Članki, ki so osnova za pripravo seminarjev v tem delu modula, so navedeni spodaj.
V študijskem letu 2021/22 bomo izvedli 2. modul (''Struktura in funkcija bioloških molekul in dizajniranih bioloških sistemov'') predmeta ''Izbrana poglavja iz biokemije in molekularne biologije'' v obliki predavanj in seminarjev na spletu. Vsak študent mora v okviru tega modula pripraviti in predstaviti dva seminarja. Pri vsakem učitelju lahko pripravi največ en seminar, pri katerem in katerega izmed razpisanih, pa si izbere vsak sam v okviru ponujenih možnosti. Pri izr. prof. Dolinarju je na voljo 6 seminarjev, predstavljenih v spodnji tabeli.


Teme pri prof. Dolinarju so letos povsem nove. Na prvem predavanju (26.2.) bo predstavljen pregled proteinskega inženirstva v biomedicini, na drugem (28.2.) rekombinantna in biotehnološka zdravila, na tretjem (5.3.) pa dizajnerska protitelesa in njihova uporaba. Tako bodo okvirno razporejene tudi teme seminarjev.
Teme pri izr. prof. Dolinarju bodo: Proteinsko inženirstvo v biomedicini (10.2.), Rekombinantna in biotehnološka zdravila (15.2.) ter Dizajnerska protitelesa in njihova uporaba (17.2.). Tako bodo razporejene tudi teme seminarjev.


== Seznam seminarjev ==
== Seznam seminarjev ==
Line 13: Line 13:
!referent
!referent
|-
|-
|26. 02. 2019/
|15. 02. 2022/
|Fonfria et al.: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6071219/ Engineering Botulinum toxins to improve and expand targeting and SNARE cleavage activity]. Toxins (julij 2018)...
| Munhoz Costa et al., [https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jctb.6933 Engineered asparaginase from ''Erwinia chrysanthemi'' enhances asparagine hydrolase activity and diminishes enzyme immunoreactivity - a new promise to treat acute lymphoblastic leukemia]. J. Chem. Technol. Biotechnol. 2021 .... Andreja
| ---
|-
|-
|26. 02. 2019/
|Al-Qaisi et al.: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6010430/ Transient AID expression for in situ mutagenesis with improved cellular fitness]. Scientific Reports (junij 2018)...
| Patrik
|-
|-
|28. 02. 2019/
|15. 02. 2022/
|Lundy et al.: [https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acsnano.8b03785 Inducing a transient increase in blood brain barrier permeability for improved liposomal drug therapy of glioblastoma multiforme]. ACS Nano (december 2018)...
|Prats-Ejarque et al., [https://www.mdpi.com/1422-0067/23/1/95/htm Structure-based design of an RNase chimera for antimicrobial therapy]. Int. J. Mol. Sci. 2022 .... Iza
| ---
|-
|-
|28. 02. 2019/
|Lee et al.: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30352759 Development of an inflammatory tissue-selective chimeric TNF receptor]. Cytokine (januar 2019)...
| ---
|-
|-
|28. 02. 2019/
|17. 02. 2022/
|Poecheim et al.: [https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0939641117314248 Development of stable liquid formulations for oligonucleotides]. Eur. J. Pharm. Biopharm. (avgust 2018)...
|Sinegubova et al., [https://www.mdpi.com/1999-4923/14/1/96/htm Purification Process of a Recombinant Human Follicle Stimulating Hormone Biosimilar (Primapur®) to Yield a Pharmaceutical Product with High Batch-to-Batch Consistency]. Pharmaceutics 2022 .... Rok
| ---
|-
|-
|05. 03. 2019/
|Sampei et al.: [https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0209509 Antibody engineering to generate SKY59, a long-acting anti-C5 recycling antibody]. PLoS One (december 2018)...
| ---
|-
|-
|05. 03. 2019/
|17. 02. 2022/
|Patel et al.: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6319964/ In vivo delivery of synthetic human DNA-encoded monoclonal antibodies protect against Ebolavirus infection in a mouse model]. Cell Reports (november 2018) ...    
|Wang et al., [https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/adma.202106669 Spatiotemporally controllable distribution of combination therapeutics in solid tumors by dually modified bacteria]. Adv. Materials 2021 .... Petra
| Sandra
|-
|-
|22. 02. 2022/
|Svilenov et al., [https://www.nature.com/articles/s41467-021-27103-z Mechanistic principles of an ultra-long bovine CDR reveal strategies for antibody design]. Nat. Commun. 2021
|-
|-
|22. 02. 2022/
|Rofo et al., [https://translationalneurodegeneration.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40035-021-00258-x Novel multivalent design of a monoclonal antibody improves binding strength to soluble aggregates of amyloid beta]. Transl. Neurodeg. 2021 .... Janez
|-
|-
|22. 02. 2022/
|Wang et al., [https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/bit.27953  The interplay of protein engineering and glycoengineering to fine-tune antibody glycosylation and its impact on effector functions]. Biotechnol. Bioeng. 2021 .... Nika   
|-
|-
|-
|}
|}
Line 53: Line 53:
- pripraviti vprašanja za razpravo<br>
- pripraviti vprašanja za razpravo<br>
- sodelovati v razpravi<br>
- sodelovati v razpravi<br>
- referent mora prebrati tudi morebitno dodatno gradivo k članku in seveda literaturo, s katero si bo razjasnil tematiko dela in uporabljene metode<br>


'''Vsak od referentov mora pripraviti naslednje:'''<br>
'''Vsak od referentov mora pripraviti naslednje:'''<br>
Line 62: Line 63:
- predhodno opravljeno delo (ali stanje stvari na tem področju) <br>
- predhodno opravljeno delo (ali stanje stvari na tem področju) <br>
- konkreten delovni načrt za izvedbo raziskave <br>
- konkreten delovni načrt za izvedbo raziskave <br>
- rezultate in metode (metodo smiselno vključite v rezultate) <br>
- rezultate in metode (metode smiselno vključite v predstavitev rezultatov) <br>
- kritično mnenje o članku (kaj je bilo dobro zastavljeno, izvedeno, predstavljeno, razloženo... in kaj ne) <br>
- kritično mnenje o članku (kaj je bilo dobro zastavljeno, izvedeno, predstavljeno, razloženo... in kaj ne) <br>
- uvod v razpravo <br>
- uvod v razpravo <br>


'''Razprava o vsakem članku naj bi trajala okrog 20 minut in mora biti poglobljena in argumentirana.''' Zato je res nujno, da članke berete sproti in temeljito!
'''Razprava o vsakem članku naj bi trajala okrog 20 minut in mora biti poglobljena in argumentirana.''' Zato je res nujno, da članke berete sproti in temeljito!

Latest revision as of 10:03, 14 February 2022

Splošno

V študijskem letu 2021/22 bomo izvedli 2. modul (Struktura in funkcija bioloških molekul in dizajniranih bioloških sistemov) predmeta Izbrana poglavja iz biokemije in molekularne biologije v obliki predavanj in seminarjev na spletu. Vsak študent mora v okviru tega modula pripraviti in predstaviti dva seminarja. Pri vsakem učitelju lahko pripravi največ en seminar, pri katerem in katerega izmed razpisanih, pa si izbere vsak sam v okviru ponujenih možnosti. Pri izr. prof. Dolinarju je na voljo 6 seminarjev, predstavljenih v spodnji tabeli.

Teme pri izr. prof. Dolinarju bodo: Proteinsko inženirstvo v biomedicini (10.2.), Rekombinantna in biotehnološka zdravila (15.2.) ter Dizajnerska protitelesa in njihova uporaba (17.2.). Tako bodo razporejene tudi teme seminarjev.

Seznam seminarjev

datum članek za seminar referent
15. 02. 2022/ Munhoz Costa et al., Engineered asparaginase from Erwinia chrysanthemi enhances asparagine hydrolase activity and diminishes enzyme immunoreactivity - a new promise to treat acute lymphoblastic leukemia. J. Chem. Technol. Biotechnol. 2021 .... Andreja
15. 02. 2022/ Prats-Ejarque et al., Structure-based design of an RNase chimera for antimicrobial therapy. Int. J. Mol. Sci. 2022 .... Iza
17. 02. 2022/ Sinegubova et al., Purification Process of a Recombinant Human Follicle Stimulating Hormone Biosimilar (Primapur®) to Yield a Pharmaceutical Product with High Batch-to-Batch Consistency. Pharmaceutics 2022 .... Rok
17. 02. 2022/ Wang et al., Spatiotemporally controllable distribution of combination therapeutics in solid tumors by dually modified bacteria. Adv. Materials 2021 .... Petra
22. 02. 2022/ Svilenov et al., Mechanistic principles of an ultra-long bovine CDR reveal strategies for antibody design. Nat. Commun. 2021
22. 02. 2022/ Rofo et al., Novel multivalent design of a monoclonal antibody improves binding strength to soluble aggregates of amyloid beta. Transl. Neurodeg. 2021 .... Janez
22. 02. 2022/ Wang et al., The interplay of protein engineering and glycoengineering to fine-tune antibody glycosylation and its impact on effector functions. Biotechnol. Bioeng. 2021 .... Nika

Izberite si enega od seminarjev in mi izbiro sporočite po e-pošti na naslov marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si. Prednost ima, kdor se prej javi.

Navodila za pripravo

Seminarji predstavljajo pomemben del modula in jih bomo tako tudi ocenjevali. Samo 50 % ocene modula bodo predstavljali odgovori na izpitna vprašanja, 50 % ocene pa je ocena seminarja. Ta polovica ocene se oblikuje iz 60 % za predstavitev in povzetek ter 40 % za sodelovanje pri razpravah o seminarjih.

Vsak doktorski študent, ki je vpisal 2. modul, mora:
- prebrati vsakega od člankov, ki jih bomo obravnavali na seminarjih, do datuma predstavitve
- pripraviti vprašanja za razpravo
- sodelovati v razpravi
- referent mora prebrati tudi morebitno dodatno gradivo k članku in seveda literaturo, s katero si bo razjasnil tematiko dela in uporabljene metode

Vsak od referentov mora pripraviti naslednje:
- povzetek seminarja s 1200-1600 besedami - lahko vključuje tudi slike, ni pa nujno (sklicujete se lahko na številke slik v originalnem članku); povzetek oddajte najkasneje en dan pred predstavitvijo v elektronski obliki in ga pošljite tudi vsem vpisanim študentom kot pomoč pri pripravi na izpit
- predstavitev v programu PowerPoint v obsegu in na način, ki bo omogočil natančen vpogled v snov, predstavljeno v članku in bo služil kot osnova za razpravo

Predstavitve naj bi bile dolge okrog 30 minut. V tem času boste morali razložiti:
- ozadje/problem, ki ga članek obravnava, pri čemer poskušajte izluščiti ne samo namen dela, pač pa tudi delovno hipotezo
- predhodno opravljeno delo (ali stanje stvari na tem področju)
- konkreten delovni načrt za izvedbo raziskave
- rezultate in metode (metode smiselno vključite v predstavitev rezultatov)
- kritično mnenje o članku (kaj je bilo dobro zastavljeno, izvedeno, predstavljeno, razloženo... in kaj ne)
- uvod v razpravo

Razprava o vsakem članku naj bi trajala okrog 20 minut in mora biti poglobljena in argumentirana. Zato je res nujno, da članke berete sproti in temeljito!