Nukleaza S1: Difference between revisions
No edit summary |
No edit summary |
||
| (18 intermediate revisions by the same user not shown) | |||
| Line 1: | Line 1: | ||
[ | [[Encim]] nukleaza S1 je [[endonukleaza]], ki katalizira cepitev fosfodiestrskih vezi med [[nukleinske kisline|nukleinskimi kislinami]] [http://www.sigmaaldrich.com/prodimages/n/nucleases1_reaction_l.jpg (skica cepitve)]. | ||
Pogosto se uporablja v laboratoriju pri molekularni biologiji. | |||
Njena molska masa je ~31 kDa. Ob določanju aminokslinskega zaporedja nukleaze S1 je bilo potrjeno, da je [[monomer]], torej iz ene polipeptidne verige. Ta je dolga 267 aminokislinskih ostankov z N-glikoziliranim [[Asn]] na mestih 92 in 228. | |||
== | == Funkcije nukleaze S1 == | ||
- Selektivno cepi enoverižno DNA in RNA, s petkrat večjo aktivnostjo na DNA <sup>[[nukleaza S1#Viri|[1]]]</sup><br /> | |||
- Odceplja enoverižne konce dvoverižni DNA (dsDNA) in tako tvori tope konce (to se rabi npr. pri sintezi cDNA iz mRNA<br /> | |||
- Mapiranje transkriptov (identificira 5' in 3' konce gena)<br /> | |||
- Linearizira dodatno zvite plazmide<br /> | |||
- Specifično cepi antikodone tRNA<br /> | |||
- Redko cepi tudi dsDNA (dvojna), če so prisotne zareze<br /> | |||
Optimalni pH njenega delovanja je med 4,0 – 4,6, aktivira pa se ob prisotnosti Zn<sup>2+</sup> ionov <sup>[[nukleaza S1#Viri|[2]]]</sup> (nukleazo S1 izolirano iz ''Neurospore crassa'' aktivirajo tudi Ca<sup>2+</sup> ioni, v nekaterih primerih so aktivatorji lahko tudi Co<sup>2+</sup> ioni).<br /> | |||
[[Inhibitorji]], ki zavirajo njeno aktivnost, so: kovinski kelatorji – EDTA in citrati ter visoke koncentracije [[natrijev dodecil sulfat|NaDS]] (SDS). Inhibira pa se lahko tudi v nizkih koncentracijah spojin, ki vsebujejo fosfate. Encim se deaktivira pri 10 minutnem segrevanju na 70°C, v prisotnosti EDTA (ta nase veže proste kovinske ione).<br /> | |||
Nukleazo S1 večinoma pridobivajo iz plesni ''[[Aspergillus Oryzae]]''.<br /> | |||
[[EC številka]]: 3.1.30.1 | |||
== Alternativni imeni == | |||
- Deoksiribonukleaza S1<br /> | |||
- Endonukleaza S1<br /> | |||
== Viri == | |||
* <sup>[1]</sup> [http://www.jbc.org/content/250/22/8848.full.pdf+html R C Wiegand, G N Godson and C M Radding: Specificity of the S1 nuclease from Aspergillus oryzae; The Journal of Biological Chemistry, 250, 8848-8855 / November, 1975.] | |||
* <sup>[2]</sup> [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC334256/ Jose A.Esteban, Margarita Salas and Luis Blanco: Activation of S1 nuclease at neutral pH; Nucleic Acids Research, Volume 20, Number 18: 4932 / September, 1992.] | |||
* [http://www. | == Zunanje povezave == | ||
* [http://www.molecularstation.com/dna/s1-mapping/ S1 Mapping, Recent News, Molecular Station] | |||
* [http://www.sigmaaldrich.com/etc/medialib/docs/Sigma/Datasheet/4/n5661dat.Par.0001.File.tmp/n5661dat.pdf Nuclease S1 from Aspergillus oryzae, Product Information, Sigma Aldrich Inc] | |||
* [http://www.uniprot.org/uniprot/P24021 Nuclease S1 EC=3.1.30.1, The Universal Protein Resource (UniProt)] | |||
[[Category:LEX]] | [[Category:LEX]] | ||
Latest revision as of 20:14, 3 January 2013
Encim nukleaza S1 je endonukleaza, ki katalizira cepitev fosfodiestrskih vezi med nukleinskimi kislinami (skica cepitve).
Pogosto se uporablja v laboratoriju pri molekularni biologiji. Njena molska masa je ~31 kDa. Ob določanju aminokslinskega zaporedja nukleaze S1 je bilo potrjeno, da je monomer, torej iz ene polipeptidne verige. Ta je dolga 267 aminokislinskih ostankov z N-glikoziliranim Asn na mestih 92 in 228.
Funkcije nukleaze S1
- Selektivno cepi enoverižno DNA in RNA, s petkrat večjo aktivnostjo na DNA [1]
- Odceplja enoverižne konce dvoverižni DNA (dsDNA) in tako tvori tope konce (to se rabi npr. pri sintezi cDNA iz mRNA
- Mapiranje transkriptov (identificira 5' in 3' konce gena)
- Linearizira dodatno zvite plazmide
- Specifično cepi antikodone tRNA
- Redko cepi tudi dsDNA (dvojna), če so prisotne zareze
Optimalni pH njenega delovanja je med 4,0 – 4,6, aktivira pa se ob prisotnosti Zn2+ ionov [2] (nukleazo S1 izolirano iz Neurospore crassa aktivirajo tudi Ca2+ ioni, v nekaterih primerih so aktivatorji lahko tudi Co2+ ioni).
Inhibitorji, ki zavirajo njeno aktivnost, so: kovinski kelatorji – EDTA in citrati ter visoke koncentracije NaDS (SDS). Inhibira pa se lahko tudi v nizkih koncentracijah spojin, ki vsebujejo fosfate. Encim se deaktivira pri 10 minutnem segrevanju na 70°C, v prisotnosti EDTA (ta nase veže proste kovinske ione).
Nukleazo S1 večinoma pridobivajo iz plesni Aspergillus Oryzae.
EC številka: 3.1.30.1
Alternativni imeni
- Deoksiribonukleaza S1
- Endonukleaza S1
Viri
- [1] R C Wiegand, G N Godson and C M Radding: Specificity of the S1 nuclease from Aspergillus oryzae; The Journal of Biological Chemistry, 250, 8848-8855 / November, 1975.
- [2] Jose A.Esteban, Margarita Salas and Luis Blanco: Activation of S1 nuclease at neutral pH; Nucleic Acids Research, Volume 20, Number 18: 4932 / September, 1992.
