Popravljanje mutacij in rekombinacijski procesi

V študijskem letu 2015/16 bodo seminarji obsegali dve med seboj povezani temi: Popravljanje okvar in mutacij ter mehanizme rekombinacije genetskega materiala. Tema je razdeljena na 18 poglavij, pri čemer zadnja poglavja zajemajo posebne primere in mehanizme popravljanja, ki niso vezani na DNA, pač pa na proces translacije pri poškodovani RNA, zadnji dve temi pa sta dodani kasneje in bosta predstavljeni v angleščini kot individualna seminarja. Kot izhodišče za pripravo si najprej preberite ustrezna poglavja v učbeniku, kjer so ta navedena na spodnjem seznamu. Naslove lahko v okviru danih izhodišč prilagodite, ne smete pa se odmakniti od osnovne teme seminarja.

Vsako temo obdelajo praviloma dva ali trije študenti. Predlagate lahko tudi dodatne teme ali spremembe naslovov, če se vam to zdi smiselno. Vsaka skupina pripravi povzetek seminarja z vsaj 1000 besedami in ne več kot 1500 besedami in ga objavi na tem wikiju. Povzetek ne vsebuje slikovnega gradiva, lahko pa vključuje povezave do slik in videov na spletu. Navedite do 5 ključnih virov (ti ne štejejo v vsoto 1000 besed), ki ste jih uporabili. Osredotočite se na osnovno temo, ki ste si jo izbrali in vključite čim manj splošnega uvoda. Pripravite tudi predstavitev, dolgo pribl. 15 min. Razširjenega seminarja ni treba pripraviti v pisni obliki; napišete samo povzetek na wikiju in predstavite seminar v predavalnici.

Vsaka skupina mora objaviti povzetek seminarja na wikiju najkasneje en dan pred predstavitvijo (do polnoči), torej najkasneje v nedeljo ali v torek za ponedeljkove oziroma sredine seminarje. Predstavitve seminarjev 1-4 bodo 23. maja, 5-8 25. maja, 9-12 30. maja, 13-16 1. junija 2016, 17-18 pa sta kratka seminarja in bosta na vrsti 6. junija. Za vsak seminar imate na voljo 14-18 minut časa, da ga predstavite, sledi pa razprava (~5 min.). Vsak član skupine mora predstaviti en del seminarja, pri čemer mora biti delo enakomerno razdeljeno med vse. V povzetku navedite, kdo je napisal kateri del (na wiki strani uporabite zavihek 'discussion').

Vsebina seminarjev je izpitna snov, razen seminarjev št. 4 ter 13-18.

Poglavja za seminarje so:

1. Direktno popravljanje mutacij (Principles of Molecular Biology: 9.7)
2. Popravljanje z izcepom baze (9.8)
3. Popravljanje z izcepom nukleotida (9.9)
4. Xeroderma pigmentosum
5. Popravljanje neujemanja (9.10)
6. SOS-popravljanje (9.11)
7. Popravljanje kolapsa replikacijskih vilic (10.1)
8. Mitozna rekombinacija (10.2)
9. Nehomologno povezovanje koncev (10.4)
10. Mejozna rekombinacija (10.5)
11. Razreševanje Hollidayevega križišča (Lewin's Essential Genes: 15.6)
12. Popravljanje DNA v kontekstu kromatina (Lewin's Essential Genes: 16.9)
13. Menjava spola pri kvasovki (Lewin's Essential Genes: 15.9)
14. Vloga p53 pri ohranjanju genoma (Lewin's Essential Genes: str. 400)
15. Trans-translacija (translacija pri poškodovani mRNA)
16. Od RNA neodvisna elongacija (Science 347, 75 (2015))
17. Mehanizmi izjemne odpornosti proti radioaktivnemu sevanju pri prokariontih
18. Kompleksne preureditve kromosomov

---

Vpišite se v oklepaj za naslovom seminarja:

1. Direktno popravljanje mutacij (Matej Hvalec)
2. Popravljanje z izcepom baze (BER) (Urša Čerček, Urša Kopač, Ema Gašperšič)
3. Popravljanje z izcepom nukleotida (Petra Hruševar, Gašper Žun, Uroš Zavrtanik)
4. Xeroderma pigmentosum (Maja Zupanc, Elvira Boršič)
5. Popravljanje neujemanja Popravljanje neujemanja (Kristjan Stibilj, Rok Miklavčič, Sara Tekavec)
6. SOS-popravljanje (Tadej Satler, Gašper Virant)
7. Popravljanje kolapsa replikacijskih vilic (Klara Lenart, Tilen Tršelič)
8. Mitozna rekombinacija (Peter Pečan, Valentina Levak, Janja Krapež)
9. Nehomologno povezovanje koncev (Klara Kuret, Blaž Lebar, Neža Koritnik)
10. Mejozna rekombinacija (Eva Rajh, Katja Čop)
11. Razreševanje Hollidayevega križišča (Nejc Kejžar, Lovro Kotnik)
12. Popravljanje DNA v kontekstu kromatina (Špela Malenšek, Tjaša Lukšič)
13. Menjava spola pri kvasovki
14. Vloga p53 pri ohranjanju genoma (Miha Koprivnikar Krajnc, Katja Brezovar)
15. Trans-translacija (Lara Jerman, Aleksandra Uzar, Simon Aleksič)
16. Od RNA neodvisna elongacija
17. [1] (Fran Krstanović)
18. "Mechanisms of origin, phenotypic effects and diagnostic implications of complex chromosome rearrangements" (Javier Fraguas)

Naslov teme povežite z novo wiki-stranjo, na katero napišite povzetek. Na koncu besedila (pod viri) v novo vrstico dodajte oznaki: [[Category:SEM]] [[Category:BMB]]

Primer, kako so bili urejeni seminarji v prejšnjih letih, si lahko ogledate na strani Reprogramiranje celic.