Deoksiribonukleaze: Difference between revisions
No edit summary |
No edit summary |
||
| (22 intermediate revisions by the same user not shown) | |||
| Line 1: | Line 1: | ||
== Deoksiribonukleaze == | == Deoksiribonukleaze == | ||
[http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/e9/DNase1.jpg Deoksiribonukleaze] ( | [http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/e/e9/DNase1.jpg Deoksiribonukleaze] (encimi iz družine nukleaz) katalizirajo hidrolizo [http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/36/PhosphodiesterBondDiagram.png/180px-PhosphodiesterBondDiagram.png fosfodiesterskih vezi] v DNA. Njihova naloga je kataliza razgradnje poškodovanih, postaranih ali odvečnih nukleinskih kislin pri celičnih procesih. | ||
Deoksiribonukleaze se razlikujejo po delovanju na substrat, kemijskem mehanizmu in biološki funkciji. | |||
Nekatere DNaze zelo indiskriminirano cepijo | Nekatere DNaze zelo indiskriminirano cepijo določeno sekvenco DNA. Drugi, kot restrikcijski encimi, so specifični za določeno področje. Eni cepijo samo dvojne ali enojne vijačnice, drugi so aktivni na oboje. | ||
DNaze, ki katalizirajo cepljenje končnih nukleotidov | DNaze, ki katalizirajo cepljenje končnih nukleotidov imenujemo eksodeoksiribonukleaze (tip eksonukleaz). Te razdelimo še na 3’-eksodeoksiribonukleaze in 5’-eksodeoksiribonukleaze, odvisno na katero stran verige delujejo. | ||
DNaze, ki cepijo notranje fosfodiesterske vezi so endodeoksiribonukleaze (tip endonukleaz). | DNaze, ki cepijo notranje fosfodiesterske vezi so endodeoksiribonukleaze (tip endonukleaz). Ločijo se tudi tako, da cepijo estersko vez, ki je lahko vezana na fosfatno skupino s strani 5'-hidroksilne skupine ali na fosfatno skupino s strani 3'-hidroksilne skupine. | ||
Endodeoksiribonukleaze delimo še na Deoksiribonukleaze I, Deoksiribonukleaze II, Deoksiribonukleaze IV, UvrABC (multiencimski kompleks v E.coli v mehanizmu popravljanja DNA), restrikcijske endonukleze in MNaze. | |||
Endodeoksiribonukleaze | |||
[http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/image/dna-protein/all/small_N1dnk.gif Deoksiribonukleaze I] | [http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/image/dna-protein/all/small_N1dnk.gif Deoksiribonukleaze I] | ||
DNaza I reže DNA predvsem pri fosfodiesterskih vezeh zraven pirimidinskega nukleotida. Pusti 5’-fosfatni konec polinukleotida s prosto hidroksidno skupino na 3’- poziciji. Deluje na enojno in dvojno vijačnico | DNaza I reže DNA predvsem pri fosfodiesterskih vezeh zraven pirimidinskega nukleotida. Pusti 5’-fosfatni konec polinukleotida s prosto hidroksidno skupino na 3’- poziciji. Deluje na enojno in dvojno vijačnico ter kromatin. | ||
DNaza I se veže na protein aktin. V taki obliki je | DNaza I se veže na protein aktin. V taki obliki je encimsko neaktivna. Domnevajo, da je [http://www.molecularstructure.org/entry.php?pdb=1ATN DNaza-aktin kompleks] način shranjevanja DNaze, da se genetska informacija ne poškoduje. | ||
| Line 26: | Line 24: | ||
Hidrolizira vezi v nativni in denaturirani DNA. Produkti so 3’- fosfati. Aktivna je predvsem v kislem pH-ju. | Hidrolizira vezi v nativni in denaturirani DNA. Produkti so 3’- fosfati. Aktivna je predvsem v kislem pH-ju. | ||
Imamo različne vrste : DNaze II alfa (DNaze II) in DNaze II beta (DLAD) | Imamo različne vrste: DNaze II alfa (DNaze II) in DNaze II beta (DLAD). | ||
Restrikcijske endonukleaze | [http://filebox.vt.edu/users/chagedor/biol_4684/Methods/restrict4.gif Restrikcijske endonukleaze] | ||
Prepoznajo specifična zaporedja baz v | Prepoznajo specifična zaporedja baz v DNA, katalizirajo hidrolizo obeh verig na vezavnem mestu ali v njegovi bližini. | ||
Delijo se na Tip I, Tip II in Tip III. | Delijo se na Tip I, Tip II in Tip III. | ||
| Line 49: | Line 47: | ||
http://www.molecularstructure.org/ | http://www.molecularstructure.org/ | ||
[[Category:LEX]] | |||
Latest revision as of 13:51, 5 January 2010
Deoksiribonukleaze
Deoksiribonukleaze (encimi iz družine nukleaz) katalizirajo hidrolizo fosfodiesterskih vezi v DNA. Njihova naloga je kataliza razgradnje poškodovanih, postaranih ali odvečnih nukleinskih kislin pri celičnih procesih.
Deoksiribonukleaze se razlikujejo po delovanju na substrat, kemijskem mehanizmu in biološki funkciji.
Nekatere DNaze zelo indiskriminirano cepijo določeno sekvenco DNA. Drugi, kot restrikcijski encimi, so specifični za določeno področje. Eni cepijo samo dvojne ali enojne vijačnice, drugi so aktivni na oboje.
DNaze, ki katalizirajo cepljenje končnih nukleotidov imenujemo eksodeoksiribonukleaze (tip eksonukleaz). Te razdelimo še na 3’-eksodeoksiribonukleaze in 5’-eksodeoksiribonukleaze, odvisno na katero stran verige delujejo.
DNaze, ki cepijo notranje fosfodiesterske vezi so endodeoksiribonukleaze (tip endonukleaz). Ločijo se tudi tako, da cepijo estersko vez, ki je lahko vezana na fosfatno skupino s strani 5'-hidroksilne skupine ali na fosfatno skupino s strani 3'-hidroksilne skupine.
Endodeoksiribonukleaze delimo še na Deoksiribonukleaze I, Deoksiribonukleaze II, Deoksiribonukleaze IV, UvrABC (multiencimski kompleks v E.coli v mehanizmu popravljanja DNA), restrikcijske endonukleze in MNaze.
DNaza I reže DNA predvsem pri fosfodiesterskih vezeh zraven pirimidinskega nukleotida. Pusti 5’-fosfatni konec polinukleotida s prosto hidroksidno skupino na 3’- poziciji. Deluje na enojno in dvojno vijačnico ter kromatin. DNaza I se veže na protein aktin. V taki obliki je encimsko neaktivna. Domnevajo, da je DNaza-aktin kompleks način shranjevanja DNaze, da se genetska informacija ne poškoduje.
Deoksiribonukleaza II
Hidrolizira vezi v nativni in denaturirani DNA. Produkti so 3’- fosfati. Aktivna je predvsem v kislem pH-ju. Imamo različne vrste: DNaze II alfa (DNaze II) in DNaze II beta (DLAD).
Prepoznajo specifična zaporedja baz v DNA, katalizirajo hidrolizo obeh verig na vezavnem mestu ali v njegovi bližini. Delijo se na Tip I, Tip II in Tip III.
Encim DNaze je tudi uporaben pri zdravljenju cistične fibroze. Katalizira hidrolitičen razcep velikih molekul DNA v manjše nukleotidne fragmente in s tem zmanjšuje viskoznost sluzi, v kateri je raztopljena DNA.
Viri:
Temelji Biokemije – Rodney Boyer
http://gibk26.bse.kyutech.ac.jp/jouhou/image/dna-protein/all/all.html
