Beta sodček

Beta sodček je vrsta terciarne strukture beljakovin, ki vsebuje antiparalelno razvrščene beta ploskve. Beta sodček predstavlja prostorsko organizacijo zvitja proteinov in je značilna za purine in druge beljakovine, ki se nahajajo v celični membrani. Najdemo jih tudi v beljakovinah, ki vežejo hidrofobne ligande.

Vloga v purinih

Beta sodčki s šestnajstimi oziroma osenajstimi trakovi so značilni za porine (porini). Naloga beta sodčkov je, da služijo kot transportno sredstvo za ione in ostale majhne molekule, ki ne morejo potovati preko celične membrane z difuzijo. Take strukture se pojavljajo v zunanjih membranah v gramnegativnih bakterijah, kloroplastih in v mitohondrijih.

Razporejenost ploskev

V beta sodčkih so ploskve razporejene antiparalelno, kar pomeni, da je N-konec začetne beta ploskve povezan s C-koncem naslednje beta ploskve. Običajno so hidrofobne aminokislinske stranske skupine obrnjene navznoter, hidrofilne pa navzven.

Razvrščanje

Beta sodčke lahko razvrščamo glede na dva parametra in sicer na: število beta ploskev (n) in glede na razporeditvijo trakov v beta ploskvah (S). Ta dva parametra vplivata na kote beta trakov glede na osnovno os samega beta sodčka.

Viri

http://sl.wikipedia.org/wiki/Beta_sod%C4%8Dek

http://en.wikipedia.org/wiki/Beta_barrel

http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/cgi-bin/pdbsum/GetPage.pl?pdbcode=n/a&template=doc_p_barrels.html

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15519319