Transkripcijski faktorji

Transkripcijski faktor je beljakovina, ki je potrebna za pričetek transkripcije (prepisovanja), vendar ni del polimeraznega kompleksa. Veže razpoznavni element DNK. Preko protein-protein interakcij sodeluje z drugimi transkripcijskimi faktorji, s transkripcijo povezanimi faktorji (TAFi) ali z RNK-polimerazo. Ločimo dva splošna tipa transkripcijskih faktorjev:

bazalne transkripcijske faktorje ter
faktorje, ki kontrolirajo izražanje posameznih genov in so zato odgovorni za uravnavanje genske ekspresije.

Transkripcijski faktorji so potrebni za pričetek prepisovanja z določenega promotorja ali niza promotorjev. Sestavljeni so iz več funkcionalnih domen.

Najbolje preučevani transkripcijski faktorji so transkripcijski aktivatorji. Le-ti se vežejo na regulatorna DNK-zaporedja in stimulirajo prepisovanje. Na splošno naj bi bili ti faktorji sestavljeni iz dveh domen; ena regija proteina se specifično veže na DNK, druga pa aktivira transkripcijo z interakcijo ostalih komponent transkripcijske mašinerije. Osnovna funkcija DNK vezavne domene je »zasidranje« transkripcijskih faktorjev na pravilno mesto DNK; aktivacijska domena nato neodvisno stimulira transkripcijo s povezovanjem ostalih proteinov. Mnogo DNK vezavnih domen teh proteinov je sorodnih. Domene, imenovane cinkov prst, vsebujejo ponovitve cisteinskih in histidinskih ostankov, ki vežejo cinkove ione in se pri tem zvijejo v »zankasto« strukturo (»prst«), ki veže DNK. Te domene so odkrili pri TFIIIA in Sp1. Te aktivacijske domene naj bi uravnavale transkripcijo tako, da interagirajo z bazalnimi transkripcijskimi faktorji (npr. TFIIB ali TFIID). Tako naj bi omogočili združitev transkripcijskega kompleksa na promotor 1