Ligaze
LIGAZE
Ligaza izhaja iz latinske besede ligāre, kar pomeni zavezujoč ali zlepiti skupaj. Ligaza je encim, ki lahko katalizira spajanje dveh velikih molekul z oblikovanjem nove kemijske vezi. Ligaze so encimi, ki katalizirajo biokemijske reakcije, pri katerih se za nastanek novih vezi uporabi energija ATP. Običajno spremljajo hidrolize majhno kemijsko skupino, odvisno od ene večjih molekul.
Na splošno ligaza spremlja naslednjo reakcijo:
Ab + C → A–C + b
Ali včasih
Ab + cD → A–D + b + c
(kjer majhne črke pomenijo majhno, odvisno od skupine)
NOMENKLATURA
Splošna imena encimov ligaz pogosto vključujejo besedo ligaza, kot so ligaza DNA (slika DNA ligaze), encim, ki se običajno uporablja v molekularnih bioloških laboratorijih, za združitev DNA fragmentev. Druga splošna imena za ligaze (vključno s sintetazami) uporabljajo za sintezo novih molekul.
Upoštevajmo, da prvotne biokemijske nomenklature razlikujejo sintetaze in sintaze. V skladu s prvotno definicijo, sintaze ne uporabljajo energije od nukleidnih trifosfatov ( kot npr. ATP, GTP, CTP, TTP, UTP), medtem ko sintetaze uporabljajo nukleidne trifosfate. Vendar Združena komisija v Biokemijski Nomenklaturi narekuje, da se lahko sintaza uporablja s katerim koli encimom, ki katalizira sintezo, ali pa ne uporablja nukleinske trifostate, medtem ko je za sintetaze uporabljen sinonim ligaza.
KLASIFIKACIJA
Vse znane encime lahko razvrstimo v 6 razredov. Ligaze imajo klasifikacijsko številko št.6, lahko pa jih razdelimo naprej še v podrazrede.
- EC 6,1 vključuje ligaze, ki se uporabljajo za tvorbo ogljiko- kisikovih vezi
- EC 6,2 vključuje ligaze, ki se uporabljajo za tvorbo žveplo- ogljikovih vezi
- EC 6,3 vključuje ligaze, ki se uporabljajo za tvorbo ogljiko- dušikovih vezi
- EC 6,4 vključuje ligaze, ki se uporabljajo za tvorbo ogljiko-ogljikovih vezi
- EC 6,5 vključuje ligaze, ki se uporabljajo za tvorbo fosfor-esterske vezi
- EC 6,6 vključuje ligaze, ki se uporabljajo za tvorbo dušiko- kovinskih vezi
Viri:
- http://en.wikipedia.org/wiki/Ligase#cite_note-0
- Temelji Biokemije, Rodney Boyer, Študentska založba
