BIO2 Seminar 2011

From Wiki FKKT
Jump to navigationJump to search

Biokemijski seminar

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsako sredo in petek po eni uri predavanj iz Biokemije.

Ocena seminarjev predstavlja 30% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

Seznam seminarjev

Ime in priimek Naslov seminarja Rok za oddajo Rok za recenzijo Datum predstavitve Recenzent1 Recenzent2
Ula Štok Tipping the mind 17.10.11 19.10.11 21.10.11 Maja Remškar Mirjam Kmetič
Maša Mirković The twisted way of things 17.10.11 19.10.11 21.10.11 Eva Knapič Marko Radojković
Sara Draščič On the spur of a whim 17.10.11 19.10.11 21.10.11 Matevž Merljak Monika Škrjanc
Katra Koman Protein of the 20th century 18.10.11 23.10.11 26.10.11 Ines Kerin Veronika Jarc
Ana Dolinar The juice of life 21.10.11 25.10.11 28.10.11 Tjaša Goričan Andreja Bratovš
Urška Rauter A green glow 21.10.11 25.10.11 28.10.11 Maša Mohar Sandi Botonjić
Taja Karner Throb 21.10.11 26.10.11 02.11.11 Karmen Hrovat Tamara Marić
Rok Štemberger Forbidden fruit 21.10.11 28.10.11 04.11.11 Špela Pohleven Maja Grdadolnik
Maša Mohar The tenuous nature of sex 21.10.11 28.10.11 04.11.11 Andreja Bratovš Ines Kerin
Veronika Jarc Our hollow architecture 21.10.11 28.10.11 04.11.11 Sabina Mavretič Matevž Ambrožič
Mirjam Kmetič Mint condition 26.10.11 02.11.11 09.11.11 Sandi Botonjić Tina Gregorič
Janez Meden The Japanese Horseshoe Crab and Deafness 28.10.11 01.12.11 20.1.12 Veronika Jarc Ana Dolinar
Tjaša Flis Life's tremors 28.10.11 04.11.11 11.11.11 Ana Dolinar Špela Pohleven
Sandi Botonjić Nature's junkie 28.10.11 04.11.11 11.11.11 Maša Mirković Alenka Mikuž
Kaja Javoršek A grey matter 02.11.11 09.11.11 16.11.11 Dominik Kert Tjaša Flis
Rok Vene A mind astray 04.11.11 11.11.11 18.11.11 Tamara Marić Maja Remškar
Ines Šterbal LTP1 04.11.11 11.11.11 18.11.11 Ula Štok Rok Vene
Matja Zalar Do it yourself 04.11.11 11.11.11 18.11.11 Monika Škrjanc Matevž Merljak
Matevž Ambrožič Of fidgets and food 09.11.11 16.11.11 23.11.11 Kaja Javoršek Petra Malavašič
Matevž Merljak Protein wars 12.12.11 19.12.11 20.1.12 Teja Banič Urška Navodnik
Mitja Crček When your day draws to an end 11.11.11 18.11.11 25.11.11 Marko Radojković Andrej Vrankar
Dominik Kert FOXP2, govoreči protein 11.11.11 18.11.11 25.11.11 Alja Zottel Kaja Javoršek
Petra Malavašič Going unnoticed 16.11.11 23.11.11 30.11.11 Maja Grdadolnik Mitja Crček
Eva Knapič Life's first breath 18.11.11 25.11.11 02.12.11 Mirjam Kmetič Andrej Vrankar
Marko Radojković Paint my thoughts 18.11.11 25.11.11 02.12.11 Sara Draščič Urška Rode
Tjaša Goričan Nerve regrowth: nipped by a no-go 18.11.11 25.11.11 02.12.11 Ana Remžgar Ines Šterbal
Tina Gregorič Grelin - hormon lakote 23.11.11 30.11.11 07.12.11 Janez Meden Urška Rauter
Tamara Marić The dark side of RNA 25.11.11 02.12.11 09.12.11 Dominik Kert Rok Štemberger
Ana Remžgar I'll have you for supper 25.11.11 02.12.11 09.12.11 Jana Verbančič Eva Knapič
Maja Remškar Questioning Colour 25.11.11 02.12.11 09.12.11 Katra Koman Karmen Belšak
Andreja Bratovš The power behind pain 30.11.11 07.12.11 14.12.11 Matevž Ambrožič Teja Banič
Urška Navodnik Darwin's dessert 02.12.11 09.12.11 16.12.11 Taja Karner Karmen Hrovat
Jernej Mustar Silent pain 02.12.11 09.12.11 16.12.11 Petra Malavašič Jana Verbančič
Ines Kerin A queen's dinner 02.12.11 09.12.11 16.12.11 Tjaša Flis Iza Ogris
Alja Zottel Sleepless nights 07.12.11 14.12.11 21.12.11 Ines Šterbal Katra Koman
Alenka Mikuž ZP3 in njegova vloga pri oploditvi jajčeca 09.12.11 16.12.11 23.12.11 Urška Rode Janez Meden
Maja Grdadolnik Otopetrin1 in regulacija kalcija pri sintezi statokonijev 09.12.11 16.12.11 23.12.11 Karmen Belšak Ana Potočnik
Jana Verbančič A balanced mind 09.12.11 16.12.11 23.12.11 Alenka Mikuž Ana Remžgar
Karmen Hrovat The thread of life 14.12.11 21.12.11 04.01.12 Iza Ogris Taja Karner
Andrej Vrankar The things we forget 16.12.11 23.12.11 06.01.12 Jernej Mustar Maša Mohar
Teja Banič Cool news 16.12.11 23.12.11 06.01.12 Sara Draščič Jernej Mustar
Špela Pohleven The making of crooked 16.12.11 23.12.11 06.01.12 Mitja Crček Maša Mirković
Sabina Mavretič A short story 21.12.11 04.01.12 11.01.12 Rok Vene Alja Zottel
Karmen Belšak Another dark horse 23.12.11 06.01.12 13.01.12 Urška Rauter Tina Gregorič
Iza Ogris Fat, wonderful fat. 23.12.11 06.01.12 13.01.12 Ana Potočnik Matja Zalar
Monika Škrjanc The greenest of us all[1] 23.12.11 06.01.12 13.01.12 Rok Štemberger Tjaša Goričan
Ana Potočnik Skin-deep[2] 04.01.12 11.01.12 18.01.12 Matja Zalar Ula Štok
Urška Rode Smart sweat 06.01.12 13.01.12 20.01.12 Urška Navodnik Sabina Mavretič
Ime in priimek Naslov seminarja 06.01.12 13.01.12 20.01.12

Gradivo za seminarje

Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/ username: bio2 password: samozame

Naloga

Vaša naloga za seminar je:
Samostojno pripraviti seminar o enem od proteinov opisanih v ProteinSpotlight Poiskati morate vsaj še tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo!

V okviru seminarske naloge morate opraviti še naslednje naloge, katerih rešitve predložite na dodatni strani seminarske naloge, ki se ne šteje v kvoto obsega seminarja:

  • sekvenca proteina in UniProt oznaka proteina
  • slika strukture proteina (če je le-ta znana), ki jo naredite sami s programom Pymol. Če struktura še ni znana, vključite sliko proteina, ki je vašemu najbolj podoben po sekvenci in katerega struktura je znana
  • poiskati morate, na katerem kromosomu se v človeškem genu nahaja ta protein in narisati shematsko sliko gena (eksonov in intronov) tega proteina. Če protein ni človeškega izvora, poiščite protein, ki je vašemu najbolj podoben in vse navedeno opišite za ta protein.

Za pripravo seminarja velja naslednje:

  • Povzetek seminarja opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
  • Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
  • Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-9 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed), vsebovati mora najmanj tri slike. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko.
  • Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli vsakemu od recenzentov in docentu (docentu ga pošljite po e-pošti).
  • Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela.
  • Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20-30 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
  • Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.
  • Na dan predstavitve morate docentu oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
  • Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku!

Ocenjevanje seminarjev

Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo recenzentsko poročilo na spletu.

Mnenje o predstavitvi

Vsak posameznik mora oceniti seminar, tako da odda svoje mnenje najkasneje v šestih dneh po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja ne sme oddati.

Urejanje spletnih strani na wikiju

Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji (tule v angleščini in tu v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.

Citiranje virov

Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. Pravila, ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.
Citiranje knjig:
Priimek, I. Naslov. Kraj: Založba, letnica.
Priimek, I. Naslov: podnaslov. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.

Boyer, R. Temelji biokemije. Ljubljana: Študentska založba, 2005.
Glick BR in Pasternak JJ. Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo et al. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme in vivo, in vitro ipd.).

Citiranje člankov:
Priimek, I. Naslov. Naslov revije, letnica, letnik, številka, strani.
Lartigue C. et al. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.
Lartigue C. et al. (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis:
C. Lartigue et al. Science 317, 632 (2007)

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).


Citiranje spletnih virov:
Priimek, I. Naslov dokumenta. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov
strangeguitars. On the brink of artificial life. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.