OTTER: Difference between revisions
(Created page with "OTTER (angl. ''Optimized Technique for swiTch Engineering and Ranking'') je projekt ekipe iz Singapurja, s katerim se je udeležila tekmovanja iGEM leta 2023. Cilj projekta je bil priprava orodja OTTER in visokozmogljive metode za karakterizacijo RNA-stikal SIGNAL (angl. ''Scalable Information Generation for Nucleic Acid Lineage Assessment Workflow''). Orodje OTTER ustvari zaporedje RNA-stikala in predvidi učinkovitost delovanja. S SIGNAL se eksperimentalno ovrednoti de...") |
No edit summary |
||
| Line 1: | Line 1: | ||
OTTER (angl. ''Optimized Technique for swiTch Engineering and Ranking'') je projekt ekipe iz Singapurja, s katerim se je udeležila tekmovanja iGEM leta 2023. | OTTER (angl. ''Optimized Technique for swiTch Engineering and Ranking'') je projekt ekipe iz Singapurja, s katerim se je udeležila tekmovanja iGEM leta 2023. | ||
Cilj projekta je bil priprava orodja OTTER in visokozmogljive metode za karakterizacijo RNA-stikal SIGNAL (angl. ''Scalable Information Generation for Nucleic Acid Lineage Assessment Workflow''). Orodje OTTER ustvari zaporedje RNA-stikala in predvidi učinkovitost delovanja. S SIGNAL se eksperimentalno ovrednoti delovanje RNA-stikal [1]. | Cilj projekta je bil priprava orodja OTTER in visokozmogljive metode za karakterizacijo RNA-stikal SIGNAL (angl. ''Scalable Information Generation for Nucleic Acid Lineage Assessment Workflow''). Orodje OTTER ustvari zaporedje RNA-stikala in predvidi učinkovitost delovanja. S SIGNAL se eksperimentalno ovrednoti delovanje RNA-stikal. Za ta projekt so se odločili zaradi pomanjkanja orodij za napovedovanje interakcij RNA-RNA, ustvarjanja RNA-stikal in pomanjkanja zbirk podatkov o RNA-RNA interakcijah s katerimi bi lahko pripravili modele za napovedovanje interakcij RNA-RNA [1]. | ||
== RNA-stikalo == | == RNA-stikalo == | ||
RNA-stikalo je del nekodirajočega dela mRNA, ki glede na prisotnost liganda uravnava ekspresijo gena. RNA-stikala tvorijo posebno sekundarno strukturo, ki je občutljiva na prisotnost liganda. Ob prisotnosti tega, se spremeni sekundarna struktura. RNA-stikala lahko uravnavajo iniciacijo, terminacijo in razpolovni čas transkripta. | |||
== Viri == | == Viri == | ||
[1] OTTER | NUS-Singapore. https://2023.igem.wiki/nus-singapore/ | [1] OTTER | NUS-Singapore. https://2023.igem.wiki/nus-singapore/ | ||
[2] C. M. Schmidt in C. D. Smolke: RNA Switches for Synthetic Biology. ''Cold Spring Harbor Perspectives in Biology''. **2019**, ''11'', a032532. | |||
Revision as of 15:50, 18 May 2024
OTTER (angl. Optimized Technique for swiTch Engineering and Ranking) je projekt ekipe iz Singapurja, s katerim se je udeležila tekmovanja iGEM leta 2023. Cilj projekta je bil priprava orodja OTTER in visokozmogljive metode za karakterizacijo RNA-stikal SIGNAL (angl. Scalable Information Generation for Nucleic Acid Lineage Assessment Workflow). Orodje OTTER ustvari zaporedje RNA-stikala in predvidi učinkovitost delovanja. S SIGNAL se eksperimentalno ovrednoti delovanje RNA-stikal. Za ta projekt so se odločili zaradi pomanjkanja orodij za napovedovanje interakcij RNA-RNA, ustvarjanja RNA-stikal in pomanjkanja zbirk podatkov o RNA-RNA interakcijah s katerimi bi lahko pripravili modele za napovedovanje interakcij RNA-RNA [1].
RNA-stikalo
RNA-stikalo je del nekodirajočega dela mRNA, ki glede na prisotnost liganda uravnava ekspresijo gena. RNA-stikala tvorijo posebno sekundarno strukturo, ki je občutljiva na prisotnost liganda. Ob prisotnosti tega, se spremeni sekundarna struktura. RNA-stikala lahko uravnavajo iniciacijo, terminacijo in razpolovni čas transkripta.
Viri
[1] OTTER | NUS-Singapore. https://2023.igem.wiki/nus-singapore/ [2] C. M. Schmidt in C. D. Smolke: RNA Switches for Synthetic Biology. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology. **2019**, 11, a032532.
