BIO1-seminar-2012

Temelji biokemije- seminar

Seminarje vodi doc. dr. Gregor Gunčar in so na urniku vsak ponedeljek od 10:00 do 11:30.

Ocena seminarjev predstavlja ??% končne ocene in vsebuje vse točke, ki jih študent/ka lahko zbere pri seminarju in ostalih dejavnostih, ki niso del pisnega izpita.

Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/tbk/ username: tbk password: samozameDD

Seznam seminarjev

Ime in priimek	Naslov seminarja	Link	Rok za oddajo	Rok za recenzijo	Datum predstavitve	Recenzent 1	Recenzent 2	Recenzent 3
Ana Cirnski	TAL efektorji - proteini za urejanje genov	povezava	29.02.	02.03.	05.03.	Matej Prevc	Ana Grom	Erik Mršnik
Griša Prinčič	DNK nanoroboti	povezava	29.02.	02.03.	05.03.	Katja Leben	Jernej Pušnik	Maja Kostanjevec
Bojana Lazović	Vloga prionov pri preživetju in razvoju kvasovk	povezava	29.02.	02.03.	05.03.	Matic Urlep	Špela Tomaž	Sandra Zupančič
Vesna Radić	Odziv imunskega sistema z IFN-λ	povezava	07.03.	09.03.	12.03.	Ana Grom	Katarina Tolar	Ana Cirnski
Julija Mazej	Pretvorba HDL v LDL preko CETP molekule	povezava	07.03.	09.03.	12.03.	Aleksander Benčič	Mirana Krim Godler	Bojana Lazović
Matej Prevc	Moj naslov	povezava	07.03.	09.03.	12.03.	Jan Taškar	Zala Gluhić	Špela Tomaž
Erik Kristian Janežič	Študije golih krtovskih podgan	povezava	14.03.	16.03.	19.03.	Griša Prinčič	Rok Razpotnik	Matic Urlep
Ana Grom	Visokotehnološko zaznavanje rakavih celic dojk	povezava	14.03.	16.03.	19.03.	Matic Kovačič	Jan Taškar	Katja Leben
Robert Berger	Svetlobno stikalo za bolečino	povezava	14.03.	16.03.	19.03.	Sara Bitenc	Rok Babič	Ajda Rojc
Filip Mihalič	Kako lizocimi v solzah uničijo nevarne bakterije	povezava	14.03.	16.03.	19.03.	Matej Vrhovnik	Dejan Marjanovič	Vesna Radić
Samo Zakotnik	Telomeri in nesmrtnost celic	povezava	19.03.	22.03.	26.03.	Ana Kunšek	Tomaž Rozmarič	Ana Grom
Špela Tomaž	Specifično gibanje motornega proteina Dineina	povezava	19.03.	22.03.	26.03.	Erik Kristian Janežič	Matej Prevc	Rok Babič
Katarina Tolar	Razvoj plastidov in Paulinella	povezava	19.03.	22.03.	26.03.	Alenka Mikuž	Sara Bitenc	Monika Biasizzo
Zala Gluhić	Rubisco aktivaza	povezava	19.03.	22.03.	26.03.	Luka Krmpotić	Aleksander Benčič	Nastja Pirman
Veronika Furlan	Moj naslov	povezava	21.03.	26.03.	02.04.	Špela Tomaž	Katja Leben	Sara Bitenc
Nastja Pirman	Aktinidni kelatorji	http://www.sciencedaily.com/releases/2012/03/120306181212.htm povezava	21.03.	26.03.	02.04.	Jernej Pušnik	Sandra Zupančič	Estera Merljak
Barbara Dušak	Funkcionalne posledice spremenjenih podenot v RNA polimerazah	povezava	21.03.	26.03.	02.04.	Rok Babič	Bojana Lazović	Rok Razpotnik
Rok Razpotnik	Botulinum toksin v kompleksu z NTNHA	[1]	23.03.	28.03.	02.04.	Ajda Rojc	Veronika Furlan	Luka Krmpotić
Erik Mršnik	Sintetični protein Oct4 amplificira gene matičnih celic	povezava	04.04.	11.04.	16.04.	Ana Cirnski	Julija Mazej	Filip Mihalič
Matic Kovačič	Kronični stres vodi do poškodb DNA	povezava	04.04.	11.04.	16.04.	Bojana Lazović	Samo Zakotnik	Aleksander Benčič
Matej Vrhovnik	Nove spojine, ki preprečujejo širjenje in izboljšajo zdravljenje raka	povezava	04.04.	11.04.	16.04.	Mirana Krim Godler	Luka Krmpotić	Erik Kristian Janežič
Andreja Kukovec	Epigenetska blokada kognitivnih funkcij pri Alzheimerjevi demenci	http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120229155534.htm	04.04.	11.04.	16.04.	Monika Biasizzo	Ellen Malovrh	Bojan Juloski
Rok Babič	Moj naslov	povezava	11.04.	16.04.	23.04.	Tomaž Rozmarič	Matej Vrhovnik	Ellen Malovrh
Sara Bitenc	Okužba s Toxoplasmo gondii in povečana količina dopamina	povezava	11.04.	16.04.	23.04.	Sandra Zupančič	Matic Urlep	Matic Kovačič
Jan Taškar	Pridobivanje elektrike s stratosferskimi bakterijami	povezava	11.04.	16.04.	23.04.	Jakob Gašper Lavrenčič	Alenka Mikuž	Tomaž Rozmarič
Bojan Juloski	Moj naslov	povezava	11.04.	16.04.	23.04.	Erik Mršnik	Robert Berger	Katarina Tolar
Monika Biasizzo	Vloga signalne poti TOR pri regeneraciji tkiv	povezava	19.04.	26.04.	07.05.	Ellen Malovrh	Ajda Rojc	Alenka Mikuž
Katja Leben	Staranje celic	povezava	19.04.	26.04.	07.05.	Maja Kostanjevec	Matic Kovačič	Janez Meden
Maja Kostanjevec	Antioksidanti - spojine, ki lahko poškodujejo DNK	povezava	19.04.	26.04.	07.05.	Barbara Dušak	Jakob Gašper Lavrenčič	Matej Vrhovnik
Matic Urlep	Odpornost bakterij na sulfonamidne antibiotike	povezava	19.04.	26.04.	07.05.	Katarina Tolar	Vesna Radić	Mirjana Malnar
Tomaž Rozmarič	Inženiring hiper-katalitičnega encima	http://www.sciencedaily.com/releases/2012/04/120417152732.htm	07.05.	11.05.	14.05.	Veronika Furlan	Ana Kunšek	Andreja Kukovec
Mirjana Malnar	Zastoji v procesu translacije	povezava	26.04.	07.05.	14.05.	Janez Meden	Erik Kristian Janežič	Veronika Furlan
Luka Krmpotić	Vpliv 4 genov na spomin pri odraslih	povezava	26.04.	07.05.	14.05.	Vesna Radić	Monika Biasizzo	Ana Kunšek
Ellen Malovrh	Dolgoživi jedrni proteini in njihov vpliv na celično staranje	povezava	26.04.	07.05.	14.05.	Julija Mazej	Janez Meden	Mirana Krim Godler
Aleksander Benčič	S1P1 receptorji in njihov vpliv na multiplo sklerozo ter ostale bolezni	povezava	07.05.	14.05.	21.05.	Zala Gluhić	Griša Prinčič	Julija Mazej
Jakob Gašper Lavrenčič	Bio-sončne celice	[2]	07.05.	14.05.	21.05.	Dejan Marjanovič	Estera Merljak	Jernej Pušnik
Dejan Marjanovič	Moj naslov	http://www.sciencedaily.com/releases/2012/02/120216094728.htm	07.05.	14.05.	21.05.	Rok Razpotnik	Erik Mršnik	Samo Zakotnik
Esra Böğürcü	Triple-negative breast cancer	http://www.sciencedaily.com/releases/2012/04/120404133755.htm	07.05.	14.05.	21.05.	Samo Zakotnik	Nastja Pirman	Matej Prevc
Ana Kunšek	Proteini za zaznavanje bolečine	povezava	14.05.	21.05.	28.05.	Estera Merljak	Mirjana Malnar	Jan Taškar
Sandra Zupančič	Možnosti uporabe matičnih krvnih celic pri okužbi z virusom HIV	povezava	14.05.	21.05.	28.05.	Filip Mihalič	Maja Kostanjevec	Zala Gluhić
Ajda Rojc	Nematociste - najhitrejši mehanizem v naravi	povezava	14.05.	21.05.	28.05.	Mirjana Malnar	Barbara Dušak	Jakob Gašper Lavrenčič
Jernej Pušnik	Zaznavanje proteinov z zlatimi nanodelci	povezava	14.05.	21.05.	28.05.	Nastja Pirman	Andreja Kukovec	Griša Prinčič
Estera Merljak	Nanotablete	povezava	21.05.	28.05.	04.06.	Andreja Kukovec	Bojan Juloski	Barbara Dušak
Alenka Mikuž	Pretvorba belega v rjavo mačšobno tkivo	[3]	21.05.	28.05.	04.06.	Bojan Juloski	Ana Cirnski	Robert Berger
Janez Meden	Struktura ključnega proteina pri parkinsovi bolezni	[4]	21.05.	28.05.	04.06.	Robert Berger	Filip Mihalič	Dejan Marjanovič

Naloga

• samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu ScienceDaily, ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2011. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka morate za seminar uporabiti še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
• naslov izbrane teme in link do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
• Povzetek seminarja opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
• Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
• Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi; važno je, da je obseg od 1800 do 2000 besed), vsebovati mora najmanj eno sliko. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
• Seminar oddajte do roka za oddajo vsakemu od recenzentov (docentu ga pošljite po e-pošti v formatu .doc ali .docx).
• Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
• Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 18 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
• Predstavitvi sledi razprava- 4 minute. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo vsak vsaj dve vprašanji.
• En dan pred predstavitvijo oddajte končno verzijo doc. Gunčarju po e-mailu, v subject napišite TBK2012 in pripnite datoteko, ki ima ime v obliki TBK2012-Ime-Priimek.docx. Na dan predstavitve morate docentu oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
• Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

Ocenjevanje seminarjev

Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [recenzentsko poročilo] na spletu.

Mnenje o predstavitvi

Vsak posameznik mora oceniti seminar, tako da odda svoje mnenje najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja ne sme oddati.

Urejanje spletnih strani na wikiju

Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji (tule v angleščini in tu v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.

Faktor vpliva

Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v COBISS-u. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

Citiranje virov

Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. Pravila, ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.
Citiranje knjig:
Priimek, I. Naslov. Kraj: Založba, letnica.
Priimek, I. Naslov: podnaslov. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.

Boyer, R. Temelji biokemije. Ljubljana: Študentska založba, 2005.
Glick BR in Pasternak JJ. Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo et al. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme in vivo, in vitro ipd.).

Citiranje člankov:
Priimek, I. Naslov. Naslov revije, letnica, letnik, številka, strani.
Lartigue C. et al. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 2007, letn. 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.
Lartigue C. et al. (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis:
C. Lartigue et al. Science 317, 632 (2007)

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).

Citiranje spletnih virov:
Priimek, I. Naslov dokumenta. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov
strangeguitars. On the brink of artificial life. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.