Nukleaza S1: Difference between revisions
No edit summary |
No edit summary |
||
| Line 7: | Line 7: | ||
- Selektivno cepi enoverižno DNA in RNA, s petkrat večjo aktivnostjo na DNA <sup>[[nukleaza S1#Viri|[1]]]</sup><br /> | - Selektivno cepi enoverižno DNA in RNA, s petkrat večjo aktivnostjo na DNA <sup>[[nukleaza S1#Viri|[1]]]</sup><br /> | ||
- Odceplja enoverižne konce dvoverižni DNA (dsDNA) in tako tvori tope konce (to se rabi npr. pri sintezi cDNA iz mRNA<br /> | - Odceplja enoverižne konce dvoverižni DNA (dsDNA) in tako tvori tope konce (to se rabi npr. pri sintezi cDNA iz mRNA<br /> | ||
- Mapiranje transkriptov (identificira 5' in 3' konce gena<br /> | - Mapiranje transkriptov (identificira 5' in 3' konce gena)<br /> | ||
- Linearizira dodatno zvite plazmide<br /> | - Linearizira dodatno zvite plazmide<br /> | ||
- Specifično cepi antikodone tRNA<br /> | - Specifično cepi antikodone tRNA<br /> | ||
- Redko cepi tudi dsDNA (dvojna), če so prisotne zareze<br /> | - Redko cepi tudi dsDNA (dvojna), če so prisotne zareze<br /> | ||
Optimalni [[pH]] njenega delovanja je med 4 | Optimalni [[pH]] njenega delovanja je med 4,0 – 4,6, aktivira pa se ob prisotnosti Zn<sup>2+</sup> ionov <sup>[[nukleaza S1#Viri|[2]]]</sup> (nukleazo S1 izolirano iz ''Neurospore crassa'' aktivirajo tudi Ca<sup>2+</sup> ioni, v nekaterih primerih so aktivatorji lahko tudi Co<sup>2+</sup> ioni).<br /> | ||
[[Inhibitorji]], ki zavirajo njeno aktivnost so: kovinski kelatorji – EDTA in citrati ter visoke koncentracije [[NaDS]] (SDS). Inhibira pa se lahko tudi v nizkih koncentracijah spojin, ki vsebujejo fosfate. Encim se deaktivira pri 10 minutnem segrevanju na 70°C, v prisotnosti EDTA (ta nase veže proste kovinske ione).<br /> | [[Inhibitorji]], ki zavirajo njeno aktivnost so: kovinski kelatorji – EDTA in citrati ter visoke koncentracije [[NaDS]] (SDS). Inhibira pa se lahko tudi v nizkih koncentracijah spojin, ki vsebujejo fosfate. Encim se deaktivira pri 10 minutnem segrevanju na 70°C, v prisotnosti EDTA (ta nase veže proste kovinske ione).<br /> | ||
Nukleazo S1 večinoma pridobivajo iz plesni ''[[Aspergillus Oryzae]]''.<br /> | Nukleazo S1 večinoma pridobivajo iz plesni ''[[Aspergillus Oryzae]]''.<br /> | ||
| Line 29: | Line 29: | ||
* [http://www.sigmaaldrich.com/etc/medialib/docs/Sigma/Datasheet/4/n5661dat.Par.0001.File.tmp/n5661dat.pdf Nuclease S1 from Aspergillus oryzae, Product Information, Sigma Aldrich Inc] | * [http://www.sigmaaldrich.com/etc/medialib/docs/Sigma/Datasheet/4/n5661dat.Par.0001.File.tmp/n5661dat.pdf Nuclease S1 from Aspergillus oryzae, Product Information, Sigma Aldrich Inc] | ||
* [http://www.uniprot.org/uniprot/P24021 Nuclease S1 EC=3.1.30.1, The Universal Protein Resource (UniProt)] | * [http://www.uniprot.org/uniprot/P24021 Nuclease S1 EC=3.1.30.1, The Universal Protein Resource (UniProt)] | ||
[[Category:LEX]] | |||
Revision as of 19:50, 3 January 2013
Encim nukleaza S1 je endonukleaza, ki katalizira cepitev fosfodiestrskih vezi med nukleinskimi kislinami (skica cepitve).
Pogosto se uporablja v laboratoriju pri molekularni biologiji. Njena molska masa je ~31 kDa. Ob določanju aminokslinskega zaporedja nukleaze S1 je bilo potrjeno, da je monomer, torej iz ene polipeptidne verige. Ta je dolga 267 aminokislinskih ostankov z N-glikoziliranim Asn na mestih 92 in 228.
Funkcije nukleaze S1
- Selektivno cepi enoverižno DNA in RNA, s petkrat večjo aktivnostjo na DNA [1]
- Odceplja enoverižne konce dvoverižni DNA (dsDNA) in tako tvori tope konce (to se rabi npr. pri sintezi cDNA iz mRNA
- Mapiranje transkriptov (identificira 5' in 3' konce gena)
- Linearizira dodatno zvite plazmide
- Specifično cepi antikodone tRNA
- Redko cepi tudi dsDNA (dvojna), če so prisotne zareze
Optimalni pH njenega delovanja je med 4,0 – 4,6, aktivira pa se ob prisotnosti Zn2+ ionov [2] (nukleazo S1 izolirano iz Neurospore crassa aktivirajo tudi Ca2+ ioni, v nekaterih primerih so aktivatorji lahko tudi Co2+ ioni).
Inhibitorji, ki zavirajo njeno aktivnost so: kovinski kelatorji – EDTA in citrati ter visoke koncentracije NaDS (SDS). Inhibira pa se lahko tudi v nizkih koncentracijah spojin, ki vsebujejo fosfate. Encim se deaktivira pri 10 minutnem segrevanju na 70°C, v prisotnosti EDTA (ta nase veže proste kovinske ione).
Nukleazo S1 večinoma pridobivajo iz plesni Aspergillus Oryzae.
EC številka: 3.1.30.1
Alternativni imeni
- Deoksiribonukleaza S1
- Endonukleaza S1
Viri
- [1] R C Wiegand, G N Godson and C M Radding: Specificity of the S1 nuclease from Aspergillus oryzae; The Journal of Biological Chemistry, 250, 8848-8855 / November, 1975.
- [2] Jose A.Esteban, Margarita Salas and Luis Blanco: Activation of S1 nuclease at neutral pH; Nucleic Acids Research, Volume 20, Number 18: 4932 / September, 1992.
