TBK2014 Povzetki seminarjev
10.3.
Črt Kovač: Naslov v slovenščini
To je povzetek. Nam ut gravida tellus, in ultricies ipsum. Integer blandit feugiat nunc, vel vehicula tortor viverra sit amet. Suspendisse non bibendum dui, in iaculis nibh. Sed sed tempus nunc, at adipiscing metus. Pellentesque vel imperdiet odio. Mauris aliquet urna erat, a tempor purus pellentesque ut. Pellentesque id velit varius, porta leo eu, sollicitudin magna. Vestibulum facilisis eleifend quam ut bibendum. Maecenas aliquet vulputate nisl, vel pulvinar purus iaculis eget. Praesent porttitor turpis velit, ut dignissim sapien commodo in. Aenean et consequat nisi. Aenean dictum, quam nec elementum accumsan, purus massa rutrum sem, ac hendrerit enim orci non felis.
Jernej Vidmar: Boljša slikovna obdelava z nanozamrzovanjem
Rentgenska fluorescenčna metoda je zelo priročna za določevanje elementov v našem biološkem vzorcu. Za odkrivanje elementov je zelo pomembna fluorescenca, ki jo povzročijo rentgenski žarki na elementih. Z uporabo posebnih zbiralnih leč lahko mikroskopi dosežejo ločljivost do 20 nanometrov. Z elektronskim mikroskopom je nemogoče opazovati živ vzorec, zato je potrebno za mikroskopiranje uporabiti rentgenski mikroskop, ki pa nima tako dobre ločljivosti kot elektronski. Opazovani preparat ni priporočljivo dodatno hidratirati, saj pri obstreljevanju z rentgenskimi žarki povzročimo hirolizo vode in razgradnjo pomembnih organskih molekul, prav tako pa ni priporočljiva dehiracija, saj se skupaj z vodo iz celice izločijo difuzivni ioni, kar pomeni smrt za celico, pri obeh primerih pa po koncu mikroskopiranja dobimo nenatančne slike vzorca. Ameriškim znanstvenikom je uspelo narediti bionanosondo, ki z obstreljevanjem zamrznjenega preparata z rentgenskimi žarki prikaže tridimenzionalno sliko fluoresciranih elementov v vzorcu. Vzorec postavimo v vakuumsko komoro, kjer ga obstreljujejo z rentgenskimi žarki. Fluorescenčni signali se zibrajo na detektorju, ki se glede na izvirni žarek nahaja pod pravim kotom. S preprosto analizo lahko ugotovimo za katere elemente gre, saj vsak oddaja barvo različnih valovnih dolžin. Metoda je in bo zelo uporabna pri načrtovanju in odkrivanju novih zdravil.
Bine Tršavec: Stikalo, ki pove, da je čas za spanje
Znanstveniki so v drugi polovici prejšnjega stoletja začeli raziskovati spanec. Odkrili so, da je zanj odgovorna skupina nevronov v možganih, in da poznamo dva mehanizma, ki ga uravnavata. To sta cirkadiadni in homeostatični ritem. Cirkadiadni ritem je odgovoren za to, da postanemo zaspani vsakih 24 ur, kar je posledica zunanjih sprememb zaradi vrtenja Zemlje okoli svoje osi(dan in noč), medtem ko homeostatični ritem skrbi, da postanemo zaspani zaradi naporov in si s spancem povrnemo moči. Na oba mehanizma naj bi vplivala ista skupina nevronov, saj ni mogoče povsem ločiti enega mehanizma od drugega. Raziskave, ki so potekale na vinskih mušicah, so pokazale, da lahko motnje spanca nastanejo zaradi mutacij, nastalih na crossveinless-c (cv-c) alelu. Mutacije namreč povzročijo napako v sintezi Rho-GAP proteina, ki je, kot kaže, zelo pomemben za pravilno regulacijo spanca. S številnimi eksperimenti so dokazali vpliv alela na predel možganov mušic, imenovan Fan shaped body (FB) in njegov pomen pri spancu. Pomembna ugotovitev je bila tudi, da se ob povečani utrujenosti poveča električna vzdražnost membran nevronov v dorzalnem delu FB, kar je pokazalo njihov pomen in potrdilo hipotezo. S tem so znansteniki stopili korak bližje odkritju, ki bi lahko rešilo težave povezane s spancem.
Ernest Šprager: Doslej najuspešnejše utišanje genov v jetrih z RNA interferenco po zaslugi novih nanodelcev
Z procesom RNA interference, ki velja za eno najpomembnejših odkritij na medicinskem področju zadnjih let, lahko utišamo poljuben gen v genomu. RNA interferenca je zato uporabna za preučevanje funkcije posameznih genov in nam tudi ponuja potencialno nove načine zdravljenja bolezni, ki so posledica nepravilnega genskega izražanja. Ocenjujejo, da je več kot 4000 jetrnih bolezni posledica genetskih napak, zato je zdravljenje z RNA interferenco na tem področju veliko. Seveda je varna in selektivna dostava siRNA molekul v jetrne celice glavni izziv preden lahko pride do široke uporabe zdravljenja z RNA interferenco. Na podlagi strukture lipoproteinov so raziskovalci razvili lipopeptidne nanodelce, sestavljene iz sintetičnih lipopeptidov, fospolipidov, holesterolnih molekul, PEG-lipidov in siRNA. V članku so predstavljeni oblika, sinteza in biološko vrednotenje lipopeptidnih molekul, ki tvorijo takšne nanodelce. Sintetične lipopeptidne molekule so bile tvorjene z reakcijo lizina, njegovih dipeptidnih ali polipeptidnih derivatov z različno dolgimi aldehidi, akrilati in eposkidi. Raziskovalci so nato z različno zasnovanimi analizami med drugim merili tudi sposobnost utišanja faktorja VII, ki skrbi za strjevanje krvi. Od vseh sintetiziranih lipopetidov se je najbolje odrezal cKK-E12. Ugotovljeno je bilo, da bi takšen lipopeptidni nanodelec pripeljal siRNA proti določenem genu samo do jetrnih celic, s čimer bi bili stranski efekti minimizirani.
17.3.
Andrej Žulič: Prva umetna celica z delujočimi organeli
Prvič v zgodovini je znanstvenikom na nizozemski univerzu Radboud v Nijmegenu uspelo ustvariti umetno celico z delujočimi organeli, ki lahko v večih korakih, kemičnih reakcijah, reagent preko raznih vmesnih stopenj privedejo do končnega produkta, rezorufina, ki je fluorescenten in se ga zato na koncu reakcije lažje opazi. Te organele so ustvarili tako, da so majhne polimerosome narejene iz PS-b-PIAT polprepustnega polimera napolnili z encimi in jih potem vnesli v miniskulno kapljico vode, ki je vsebovala še proste encime in substrate, in to kapljico še enkrat obdali s lipidnim slojem – celično steno narejeno iz PB-b-PEO hidrofobnega polimera. Zaradi fluorescence produkta so lahko preverili, da se predvidene reakcije resnično dogajajo po korakih v polimerosomnih nanoreaktorjih ali organelih. Produkti posameznih organelov lahko prestopijo steno organela v celično plazmo od koder najdejo pot v druge celične organele, kjer se izvršujejo posledični koraki te kaskadne reakcije. Obstaja več načinov kako zgraditi strukture podobne celicam. Poleg opisanega, ki kombinira več pristopov, se lahko umetne celice gradi iz majhnih kapljic tekočine podobne citoplazmi, iz polimerov ali maščobnih kislin. Naslednjih korak je nedvomno narediti umetno celico, ki lahko sama proizvaja svojo energijo. S preučevanjem tega področja lahko biokemiki vedno bolje razumemo kaj se dogaja na celičnem nivoju in kako to uporabiti v nadaljnih raziskavah.
Urška Černe: Boj imunskega sistema proti malariji
Malarijo povzroča infekcija z parazitom, vrste Plasmodium falciparum, ki se prenese na človeka z pikom okuženega komarja mrzličarja. Ko piči človeka, se trosi prenesejo v njegovo kri in se začnejo množiti v jetrih. Nastanejo merozoiti, ki vstopajo v rdeča krvna telesca (eritrocite), kjer se nadalje delijo, dokler eritrocit ne poči. P. falciparum je specifični gostitelj, kar predstavlja težavo pri izvedbi človeške infekcije na laboratorijskih živalih kot so miši. Za premagovanje tega izziva so raziskovalci razvili miš z človeškimi eritrociti in jim dodali človeške imunske celice (miš RICH). Imunski sistem ima pri obvladovanju okužbe ključno vlogo. Študije na miših z uporabo človeških sevov Plasmodium so pokazale, da imunske celice (naravne celice ubijalke = celice NK, T celice in celice B) prispevajo k antiparazitski imunosti, pri čemer so bistvenega pomena celice NK. Te reagirajo z okuženimi eritrociti in jih tudi eliminirajo. Okuženi eritrociti postanejo sploščeni, kar kaže na uhajanje celične vsebine in izgubo volumna celice. Celični receptor LFA-1 je vključen v interakcijo celic NK z okuženimi eritrociti in njihov pomor. Pojasnitev molekularne narave vseh teh interakcij je bistveno za razumevanje mehanizma odzivanja naravnih celic ubijalk na infekcijo s P. falciparum.
Jerneja Kocutar: Odziv celic na stresne situacije
Kadar so celice izpostavljene stresnim pogojem, ki ogrozajo njihovo prezivetje se v njih aktivira stresni odziv, da bi čimprej spet vzpostavile homeostazo. Tak odziv je univerzalen in ga lahko najdemo v vseh organizmih in v vseh vrstah celic. Celice proizvajajo stresne proteine, ki izpolnjujejo razlicne naloge npr. preprečujejo tvorbo agregatov in neaktivnih intermediatov, odstranjujejo že poškodovane proteine, varujejo celične strukture, reorganizirajo celično oskrbo z energijo...Preden pa celica začne tvoriti proteine se aktivirajo transkripcijski receptrorji, od katerih je najpomembnejši HSF1. Aktivni HSF1 je trimer in ima dolčcene skupine fosolizirane. Regulacija stresnega odziva je odvisna od več celičnih procesov in organelov, najpomembnejši pa so procesi v jedru. Za uravnavanje stresnega odziva imamo 55 pozitivnih in 14 negativnih modulatorjev, ki so locirani v jedru, citoplazmi ali organelih. Pozitivni stresni odziv podaljšujejo in preprečujejo agregacijo proteinov, negativni pa odziv zavirajo. Vsi modulatorji so zelo tesno povezani med seboj, saj opazimo veliko več povezav kot med nakljičnim proteini. Kot najpomembnejši modulator je bila spoznana acetiltransferaza EP300, ki z acetiliranjem lizinov uravnava delovanje HSF1. V prihodnosti bi stresni odziv lahko uporabili tudi za zdravljenje bolezni pri katerih je problem obsežno propadanje celic. S tarčno aktivacijo stresnega odziva bi lahko reducirali poškodbe na celicah.
