BIO2 Seminar 2018

Biokemijski seminar

doc. dr. Gregor Gunčar, K2.022

Seznam seminarjev

ime in priimek	poglavje	naslov seminarja	recenzent 1	recenzent 2	datum oddaje	datum recenzije	datum predstavitve
Eva Gartner	12	Wnt signalizacija in njena vloga pri srčni fibrozi	Anamarija Agnič	Anastasija Nechevska	15/10/2018	16/10/2018	17/10/2018
Aljaž Bratina	12	Pomen različnih signalnih poti pri staranju	Lara Drinovec	Liza Ulčakar	15/10/2018	16/10/2018	17/10/2018
Karmen Mlinar	12	Signalizacija in odzivi na abiotski stres v rastlinah	Luka Gnidovec	Maja Škof	15/10/2018	16/10/2018	17/10/2018
Tina Zavodnik	12	Mehanična transdukcija in proteini Piezo	Jernej Imperl	Ajda Godec	19/10/2018	22/10/2018	24/10/2018
Meta Kodrič	12	Svetlobne signalne poti za uravnavanje fotomorfogeneze	Laura Gašperšič	Neža Blaznik	19/10/2018	22/10/2018	24/10/2018
Neža Žerjav	12	Vloga kaspaz pri celični smrti	Nika Boštic	Urša Štrancar	19/10/2018	22/10/2018	24/10/2018
Doroteja Armič	14-15	Bifunkcionalen encim PFK-2/FBPaza-2 in njegova vloga v metabolizmu glukoze	Eva Gartner	Anamarija Agnič	02/11/2018	05/11/2018	07/11/2018
Lara Drinovec	14-15	AMPK in avtofagija pri glukoznem/glikogenem metabolizmu	Aljaž Bratina	Barbara Jaklič	02/11/2018	05/11/2018	07/11/2018
Martina Lokar	14-15	Biotinilacija proteinov	Karmen Mlinar	Luka Gnidovec	02/11/2018	05/11/2018	07/11/2018
Marko Pavleković	16	Vloga sukcinata kot ligand z G proteini vezanega receptorja GPR91	Tina Zavodnik	Jernej Imperl	09/11/2018	12/11/2018	14/11/2018
Valeriya Musina	16	Vpliv intermediatov Krebsovega cikla na celične procese	Meta Kodrič	Laura Gašperšič	09/11/2018	12/11/2018	14/11/2018
Tina Kolenc Milavec	16	Intermediati Krebsovega cikla kot signalne molekule pri vnetnem in protivnetnem odgovoru	Neža Žerjav	Nika Boštic	09/11/2018	12/11/2018	14/11/2018
Andrej Špenko	17	Regulacija oksidacije maščobnih kislin v skeletnih mišicah	Doroteja Armič	Eva Gartner	16/11/2018	19/11/2018	21/11/2018
Tadej Medved	17	Vpliv oksidacije maščobnih kislin na usodo celic	Sanja Stanković	Aljaž Bratina	16/11/2018	19/11/2018	21/11/2018
Klementina Polanec	17	Sirtuini kot regulatorji oksidacije maščobnih kislin	Martina Lokar	Karmen Mlinar	16/11/2018	19/11/2018	21/11/2018
Rebeka Dajčman	17	Ketonska telesa kot signalni metaboliti	Marko Pavleković	Tina Zavodnik	16/11/2018	19/11/2018	21/11/2018
Sumeja Kudelić	18	Transsulfuracijska pot kot obrambni mehanizem celic pri oksidativnem stresu	Valeriya Musina	Meta Kodrič	23/11/2018	26/11/2018	28/11/2018
Matija Ruparčič	18	Ureaze in njihova vloga v živih bitjih	Tina Kolenc Milavec	Neža Žerjav	23/11/2018	26/11/2018	28/11/2018
Maks Kumek	18	Vloga metabolizma arginina v celični regulaciji in erekcija	Andrej Špenko	Doroteja Armič	23/11/2018	26/11/2018	28/11/2018
Anže Šumah	19	Delovanje proteina termogenina in njegov pomen pri termogenezi	Tadej Medved	Sanja Stanković	30/11/2018	03/12/2018	05/12/2018
Barbara Jaklič	19	Vloga proton-črpajočega rodopsina pri fotofosforilaciji in drugih procesih odvisnih od protonske gonilne sile	Klementina Polanec	Martina Lokar	30/11/2018	03/12/2018	05/12/2018
Gašper Anton Komatar	19	Telesna aktivnost poveča učinkovitost mitohondrijskega sistema in zviša raven telesne energije	Rebeka Dajčman	Marko Pavleković	30/11/2018	03/12/2018	05/12/2018
Praznik Liza	19	Dinamična struktura mitohondrija za opravljanje raznolikih funkcij	Sumeja Kudelić	Valeriya Musina	30/11/2018	03/12/2018	05/12/2018
Lara Hrvatin	20	Mehanizmi koncentriranja ogljika	Matija Ruparčič	Tina Kolenc Milavec	07/12/2018	10/12/2018	12/12/2018
Sonja Gabrijelčič	20	Biosinteza bakterijske celuloze	Maks Kumek	Andrej Špenko	07/12/2018	10/12/2018	12/12/2018
Anastasija Nechevska	20	Biosynthesis of bacterial peptidoglycan and inhibition by β-lactam antibiotics	Anže Šumah	Tadej Medved	07/12/2018	10/12/2018	12/12/2018
Liza Ulčakar	21	Vloga interakcij med lipidnimi kapljicami in organeli v celici	Barbara Jaklič	Klementina Polanec	14/12/2018	17/12/2018	19/12/2018
Maja Škof	21	Sinteza sfingolipidov	Gašper Anton Komatar	Rebeka Dajčman	14/12/2018	17/12/2018	19/12/2018
Ajda Godec	21	Biosinteza levkotriena B4	Praznik Liza	Sumeja Kudelić	14/12/2018	17/12/2018	19/12/2018
Neža Blaznik	22	Vloga folatov pri metilaciji in sintezi nukleotidov	Lara Hrvatin	Matija Ruparčič	04/01/2019	07/01/2019	09/01/2019
Urša Štrancar	22	Metabolizem serina in glicina pri raku	Sonja Gabrijelčič	Maks Kumek	04/01/2019	07/01/2019	09/01/2019
Anamarija Agnič	22	Metabolne spremembe bakterij iz rodu rhizobia v koreninskih mešičkih stročnic	Anastasija Nechevska	Anže Šumah	04/01/2019	07/01/2019	09/01/2019
Sanja Stanković	23	moj naslov	Liza Ulčakar	Lara Drinovec	04/01/2019	07/01/2019	09/01/2019
Luka Gnidovec	23	Negenomski odzivi steroidnih hormonov	Maja Škof	Gašper Anton Komatar	11/01/2019	14/01/2019	16/01/2019
Jernej Imperl	23	moj naslov	Ajda Godec	Praznik Liza	11/01/2019	14/01/2019	16/01/2019
Laura Gašperšič	23	moj naslov	Neža Blaznik	Lara Hrvatin	11/01/2019	14/01/2019	16/01/2019
Nika Boštic	23	moj naslov	Urša Štrancar	Sonja Gabrijelčič	11/01/2019	14/01/2019	16/01/2019

• številka v okencu za temo pomeni poglavje v Lehningerju, v katerega naj izbrana tema spada

Sporočite mi morebitne napake ali če vas nisem razporedil.

Gradivo za predavanja

Gradivo za predavanja in seminarje najdete na http://bio.ijs.si/~zajec/bio2/ username: bio2 password: samozame

Naloga

Vaša naloga za seminar je:
Samostojno pripraviti seminar o seminarski temi, ki vam je bila dodeljena. Za osnovo morate vzeti pregledni članek iz revije, ki ima faktor vpliva nad 5 (npr. TIBS. Poiskati morate še vsaj tri znanstvene članke, ki se nanašajo na opisano temo in jih uporabiti kot podlago za seminarsko nalogo! Članki so dostopni tukaj.

Za pripravo seminarja velja naslednje:

• Povzetek seminarja opišete na wikiju v 200 besedah (+- dvajset besed) - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
• Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
• Seminar pripravite v obliki seminarske naloge na ~5-12 straneh A4 (pisava 12, enojni razmak, 2,5 cm robovi). Zelo pomembno je, da je obseg od 2700 do 3000 besed , a ne več kot 3500 besed. Seminarska naloga mora vsebovati najmanj tri slike. Eno sliko morate narisati sami in to pod sliko posebej označiti. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko.
• Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo tega obrazca.
• Vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni tukaj.
• Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke (v elektronski obliki) in podajo oceno pisnega dela. Popravljen seminar oddajte z uporabo tega obrazca.
• Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 20 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni.
• Predstavitvi sledi razprava. Recenzenti podajo oceno predstavitve in postavijo najmanj dve vprašanji.Vsi ostali morajo postaviti še dve dodatni vprašanji v toku celega seminarskega obdobja. Vprašanja, ki ste jih postavili vpišite na tukaj.
• Na dan predstavitve morate docentu še pred predstavitvijo oddati končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu, elektronsko verzijo seminarja in predstavitev pa oddati na strežnik na dan predstavitve do polnoči.
• Seminarska naloga in povzetek morajo biti v slovenskem jeziku, razen za študente, katerih materni jezik ni slovenščina. Ti lahko oddajo seminar v angleškem jeziku.

Imena datotek

Prosim vas, da vse datoteke, ki mi jih pošiljate poimenujete po naslednjem receptu:

• 312_BIO_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor.docx
• 312_BIO_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
• 312_BIO_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. 312_BIO_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
• 312_BIO_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr 312_BIO_Guncar_Gregor.pptx
• 312_BIO_Priimek_ime_poprava.doc(x) za popravljeno končno verzijo seminarja, če so popravki manjši

Ocenjevanje seminarjev

Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo recenzentsko poročilo na spletu. Recenzentsko poročilo morate oddati najkasneje do 21:00, en dan pred predstavitvijo seminarja.

Mnenje o predstavitvi

Vsak posameznik odda svoje mnenje o predstavitvi takoj po predstavitvi z online glasovanjem.

Urejanje spletnih strani na wikiju

Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji (tule v angleščini in tu v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.

Citiranje virov

Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se držite ene same. V seminarskih nalogah in diplomskih nalogah FKKT uprabljajte shemo citiranja, ki je pobarvana zeleno. Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati. Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. Pravila, ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.
Citiranje knjig:
Priimek, I. Naslov. Kraj: Založba, letnica.
Priimek, I. Naslov: podnaslov. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.

Boyer, R. Temelji biokemije. Ljubljana: Študentska založba, 2005.
Glick BR in Pasternak JJ. Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo et al. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme in vivo, in vitro ipd.).

Citiranje člankov:
Priimek, I. Naslov. Naslov revije, letnica, letnik, številka, strani.
Lartigue, C., Glass, J. I., Alperovich, N., Pieper, R., Parmar, P. P., Hutchison III, C. A., Smith, H. O. in Venter, J. C. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 2007, 317, str. 632-638.

Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.
Lartigue C. et al. (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 632-638.

Revija Science uporablja skrajšani zapis:
C. Lartigue et al. Science 317, 632 (2007)

V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne). Navesti morate tudi vse avtorje dela, razen v primeru, ko jih je 10 ali več. Takrat navedite le prvih devet, za ostale pa uporabite okrajšavo in sod. (in sodelavci). Pred zadnjim avtorjem naj bo vedno besedica "in".

Citiranje spletnih virov:
Priimek, I. Naslov dokumenta. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov
strangeguitars. On the brink of artificial life. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.