TBK2016-seminar

Temelji biokemije- seminar

Seminarje vodi prof. dr. Brigita Lenarčič. Seminarji so obvezni.

Ocena seminarjev (6-10) predstavlja enako število odstotkov, ki se prišteje h končni pisni oceni izpita. Stran na strežniku s seminarskimi nalogami je zaščitena. Uporabniško ime je: tbk, password pa: samozame## "##" sta dve številki, ki ju izveste na predavanjih. Tudi za urejanje Wiki strani potrebujete geslo, ki se od zgornjega razlikuje. Postopek pridobitve Wiki uporabniškega imena in gesla je opisan tukaj.

Seznam seminarjev

Ime in priimek	Naslov seminarja	Povezava	Rok za oddajo	Rok za recenzijo	Datum predstavitve	Recenzent 1	Recenzent 2	Recenzent 3
Anna Scott	Moj naslov v slovenščini	http://www.bioscirep.org/content/36/1/e00291.long	12.12.	12.12.	12.12.	r1	r2	r3
Domen Vaupotič	Biokemija v boju proti otrokom	https://www.sciencedaily.com/releases/2015/10/151020091651.htm	01.03.	04.03.	07.03.	Eva Klemenčič	Ana Halužan Vasle	Veronika Razpotnik
Aljaž Božič	Bakterije prehajajo med celicami sočasno s procesom trogocitoze	https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160215143327.htm	01.03.	04.03.	07.03.	Tomaž Žigon	Tanja Peric	Luka Okorn
Lana Vogrinec	Uporaba nefotosintetskih bakterij za pridobivanje spojin iz sončne energije	https://www.sciencedaily.com/releases/2016/01/160104164221.htm	01.03.	04.03.	07.03.	Tina Ivančir	Iztok Štuhec	Maša Zorman
Polona Skrt	Aktivnost mitohondrija in staranje kožnih celic	https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160226080947.htm	01.03.	04.03.	07.03.	Ajda Cafun	Maksimiljan Adamek	Jošt Hočevar
Andrej Ivanovski	Genski spmenjeni komarji bi lahko pomagali borbi proti malariji	https://www.sciencedaily.com/releases/2015/12/151207113839.htm	08.03.	11.03.	14.03.	Domen Vaupotič	Eva Klemenčič	Ana Halužan Vasle
Dominik Rebek	Vloga RQC sistema pri agregaciji proteinov	https://www.sciencedaily.com/releases/2016/03/160303112912.htm	08.03.	11.03.	14.03.	Aljaž Božič	Tomaž Žigon	Tanja Peric
Kaja Ujčič	Imunski sistem kot spodbujevalec raka	http://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160218060937.htm	08.03.	11.03.	14.03.	Eva Klemenčič	Tina Ivančir	Iztok Štuhec
David Dolhar	Umetna mišična tkiva s sposobnostjo samoobnove le stvar prihodnosti?	https://www.sciencedaily.com/releases/2016/01/160128154827.htm	08.03.	11.03.	14.03.	Polona Skrt	Ajda Cafun	Maksimiljan Adamek
Vida Štrancar	Vloga konformacijske spremembe kinaze v procesu bakterijske kemotakse	https://www.sciencedaily.com/releases/2015/12/151208134129.htm	15.03.	18.03.	21.03.	Andrej Ivanovski	Domen Vaupotič	Lana Vogrinec
Lara Turk	naslov	link	15.03.	18.03.	21.03.	Dominik Rebek	Aljaž Božič	Tomaž Žigon
Janja Murn	Virus HSV uspešen v boju z imunskim sistemom	https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160204094928.htm	15.03.	18.03.	21.03.	Kaja Ujčič	Lana Vogrinec	Tina Ivančir
Zorana Andonović	naslov	link	15.03.	18.03.	21.03.	David Dolhar	Polona Skrt	Ajda Cafun
Ana Obaha	Vloga miRNA pri razvoju osteosarkoma in glioblastoma	https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160223132545.htm	29.03.	01.04.	04.04.	Vida Štrancar	Andrej Ivanovski	Domen Vaupotič
Nadja Škafar	Ionska črpalka za transport cezijevih ionov	https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160222090654.htm	29.03.	01.04.	04.04.	Lara Turk	Dominik Rebek	Aljaž Božič
Marijana Mijatović	naslov	link	29.03.	01.04.	04.04.	Janja Murn	Kaja Ujčič	Lana Vogrinec
Aljaž Puž	naslov	link	29.03.	01.04.	04.04.	Zorana Andonović	David Dolhar	Polona Skrt
Ana Erčulj	Endogeni retrovirusi - regulatorji pluripotence	https://www.sciencedaily.com/releases/2015/11/151123202505.htm	05.04.	08.04.	11.04.	Ana Obaha	Vida Štrancar	Andrej Ivanovski
Urban Ferčec	naslov	link	05.04.	08.04.	11.04.	Nadja Škafar	Lara Turk	Dominik Rebek
Karin Kokalj	Uporaba hiperpolariziranih diazirinov, kot molekulskih označevalcev	https://www.sciencedaily.com/releases/2016/03/160325151726.htm	05.04.	08.04.	11.04.	Marijana Mijatović	Janja Murn	Kaja Ujčič
Aljoša Savić	naslov	link	05.04.	08.04.	11.04.	Aljaž Puž	Zorana Andonović	David Dolhar
Ela Hudovernik	Nevroni pod žarometi proteina FlicR1	https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160224151217.htm	12.04.	15.04.	18.04.	Ana Erčulj	Ana Obaha	Vida Štrancar
David Titovšek	Odstranitev HIV-1 iz človeških celic s CRISPR/Cas9 sistemom	http://www.nature.com/articles/srep22555	12.04.	15.04.	18.04.	Urban Ferčec	Nadja Škafar	Lara Turk
Zala Živič	Svetlobno nadzorovan eksport proteinov iz celičnega jedra	https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160215123751.htm	12.04.	15.04.	18.04.	Karin Kokalj	Marijana Mijatović	Janja Murn
Neli Sedej	Označevanje RNK z uporabo CRISPR/Cas9	https://www.sciencedaily.com/releases/2016/03/160317150008.htm	12.04.	15.04.	18.04.	Aljoša Savić	Aljaž Puž	Zorana Andonović
Aljoša Marinko	Vloga proteina DART pri odstranitvi virusa HIV	https://www.sciencedaily.com/releases/2015/09/150928183114.htm	19.04.	22.04.	25.04.	Ela Hudovernik	Ana Erčulj	Ana Obaha
Melita Flander	naslov	link	19.04.	22.04.	25.04.	David Titovšek	Urban Ferčec	Nadja Škafar
Pia Lavriha	Interakcija proteina p53 in subtelomerov za zaščito DNA človeških telomerov	https://www.sciencedaily.com/releases/2016/01/160115100943.htm	19.04.	22.04.	25.04.	Zala Živič	Karin Kokalj	Marijana Mijatović
Katja Malenšek	Kako celica določi, kje se sinteza proteinov začne?	https://www.sciencedaily.com/releases/2016/01/160120142955.htm	19.04.	22.04.	25.04.	Neli Sedej	Aljoša Savić	Aljaž Puž
Kevin Heric	Proizvajanje enantioselektivnih biokatalizatorjev s pomočjo fotosinteze	http://microbialcellfactories.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12934-015-0233-5	03.05.	06.05.	09.05.	Aljoša Marinko	Ela Hudovernik	Domen Vaupotič
Jurij Nastran	Intramolekularna alosterična komunikacija v dopaminskem receptorju D2	https://www.sciencedaily.com/releases/2016/03/160317094742.htm	03.05.	06.05.	09.05.	Melita Flander	David Titovšek	Urban Ferčec
Ajda Lenardič	Kombinacija RNA-stikal in RNA-termometrov uravnava gibanje bakterij	https://http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2016/04/08/nar.gkw232	03.05.	06.05.	09.05.	Pia Lavriha	Zala Živič	Karin Kokalj
Katarina Petra van Midden	Učinkovitost molekule GS-5734 proti virusu ebola	http://www.nature.com/nature/journal/v531/n7594/full/nature17180.html	03.05.	06.05.	09.05.	Katja Malenšek	Neli Sedej	Aljoša Savić
Valentina Novak	Transgeneracijski vplivi motnje v metilaciji histonov	https://www.sciencedaily.com/releases/2015/10/151008142622.htm	10.05.	13.05.	16.05.	Kevin Heric	Aljoša Marinko	Ela Hudovernik
Veronika Razpotnik	Vpliv gena CACNA1C na psihološke anksiozne motnje in možnosti zdravljenja le-teh s spojinami iz družine aminopropil karbazolov	https://www.sciencedaily.com/releases/2016/04/160426144747.htm	10.05.	13.05.	16.05.	Jurij Nastran	Melita Flander	David Titovšek
Luka Okorn	Pretvorba prionov: iz dobrih v slabe	http://www.nature.com/articles/srep15253	10.05.	13.05.	16.05.	Ajda Lenardič	Pia Lavriha	Zala Živič
Maša Zorman	Zvijanje kromatina in inhibicija DNA replikacije s platinastim kompleksom 5-H-Y	http://www.nature.com/articles/srep24712	10.05.	13.05.	16.05.	Katarina Petra van Midden	Katja Malenšek	Neli Sedej
Jošt Hočevar	Regulacija krvnega sladkorja preko reprogramiranih želodčnih celic	https://www.sciencedaily.com/releases/2016/02/160218132245.htm	17.05.	20.05.	23.05.	Valentina Novak	Kevin Heric	Aljoša Marinko
Ana Halužan Vasle	In vivo: CRISPR/Cas9 izboljša mišično funkcijo	https://www.sciencedaily.com/releases/2016/01/160104080244.htm	17.05.	20.05.	23.05.	Veronika Razpotnik	Jurij Nastran	Melita Flander
Tanja Peric	Cinamtanin pospešuje celjenje ran	https://www.sciencedaily.com/releases/2016/04/160421085700.htm	17.05.	20.05.	23.05.	Luka Okorn	Ajda Lenardič	Pia Lavriha
Iztok Štuhec	Večvalentni prikaz minimalnih glikanskih epitopov C. difficile posnema antigenske lastnosti večjih glikanov	https://www.sciencedaily.com/releases/2016/05/160512102620.htm	17.05.	20.05.	23.05.	Maša Zorman	Katarina Petra van Midden	Katja Malenšek
Maksimiljan Adamek	naslov	https://www.sciencedaily.com/releases/2015/08/150825094915.htm	24.05.	27.05.	30.05.	Jošt Hočevar	Valentina Novak	Kevin Heric
Eva Klemenčič	naslov	link	24.05.	27.05.	30.05.	Ana Halužan Vasle	Veronika Razpotnik	Jurij Nastran
Tomaž Žigon	naslov	link	24.05.	27.05.	30.05.	Tanja Peric	Luka Okorn	Ajda Lenardič
Tina Ivančir	naslov	https://www.sciencedaily.com/releases/2016/01/160128133352.htm	24.05.	27.05.	30.05.	Iztok Štuhec	Maša Zorman	Katarina Petra van Midden
Ajda Cafun	naslov	link	31.05.	03.06.	06.06.	Maksimiljan Adamek	Jošt Hočevar	Valentina Novak

Naloga

• samostojno pripraviti seminar, katerega tema je novica iz področja biokemije na portalu ScienceDaily, ki je bila objavljena kasneje kot 1. avgusta 2015. Osnova za seminar naj bo znanstveni članek, ki je podlaga za to novico. Poleg tega članka za seminar uporabite še najmanj pet drugih virov, od teh vsaj še dva druga znanstvena članka, ki se navezujeta na to vsebino.
• članke na temo lahko iščete v PubMed povezavi tukaj
• naslov izbrane teme in povezavo do novice vpišite v tabelo seminarjev takoj ko ste si izbrali temo, najkasneje pa en teden pred rokom za oddajo
• Povzetek seminarja opišete na wikiju v približno 200 besedah - najkasneje do dne ko morate oddati seminar recenzentom.
• Povezavo do povzetka vnesete v tabelo seminarjev tekočega letnika.
• Seminar pripravite v obliki seminarske naloge (pisava Cambria, font 11, enojni razmak, 2,5 cm robovi; tekst naj obsega okoli 1000 besed), vsebuje naj 1-2 sliki. Slika mora imeti legendo in v besedilu mora biti na ustreznem mestu sklic na sliko. Vse uporabljene vire citirajte v tekstu, kot npr. (Nobel, 2010), na koncu pa navedite točen seznam literature, kot je opisano spodaj!
• Celotni seminar naj obsega 2 strani A4 formata (po možnosti dvostransko tiskanje).
• Seminar oddajte do datuma oddaje, ki je naveden v tabeli v elektronski obliki z uporabo tega obrazca.
• vsi seminarji so v elektronski obliki dostopni tukaj.
• Recenzenti do dneva določenega v tabeli določijo popravke in podajo oceno pisnega dela, v predpisanem formatu elektronskega obrazca na internetu.
• Ustna predstavitev sledi na dan, ki je vpisan v tabeli. Za predstavitev je na voljo 12 minut. Recenzenti morajo biti na predstavitvi prisotni. Prvi recenzent vodi predstavitve in razpravo ter skrbi za to, da vse poteka v zastavljenih časovnih okvirih.
• Predstavitvi sledi razprava do 8 minut. Sledijo vprašanja prisotnih, recenzenti postavijo vsak vsaj dve vprašanji in na koncu podajo oceno predstavitve.
• En dan pred predstavitvijo na strežnik oddajte tudi končno verzijo. Na dan predstavitve morate oddati tudi končno (popravljeno) in natisnjeno verzijo seminarja v enem izvodu.
• Seminarska naloga in povzetek na wikiju morajo biti v slovenskem jeziku!

Imena datotek

Prosim vas, da vse datoteke, ki jih pošiljate poimenujete po spodnjih pravilih. Ne uporabljajte ČŽŠčžš! Poslati morate naslednje datoteke:

• TBK_2016_Priimek_Ime.doc(x) za seminar, npr. TBK_2016_Guncar_Gregor.docx
• TBK_2016_Priimek_ime_final.doc(x) za končno verzijo seminarja
• TBK_2016_Priimek_Ime_rec_Priimek2.doc(x) za recenzijo, kjer je Priimek2 priimek recenzenta, npr. TBK_2016_Guncar_Gregor_rec_Scott.docx (če se pišete Scott in odajate recenzijo za seminar, ki ga je napisal Gunčar)
• TBK_2016_Priimek_Ime.ppt(x) za prezentacijo, npr TBK_2016_Guncar_Gregor.pptx
• TBK_2016_Priimek_Ime_clanek.pdf za datoteko PDF, ki vsebuje izvirni članek, npr. TBK_2016_Guncar_Gregor_clanek.pdf

Ocenjevanje seminarjev

Recenzenti ocenijo seminar tako, da izpolnijo [recenzentsko poročilo] na spletu.

Mnenje o predstavitvi

Vsak posameznik mora oceniti seminar tako, da odda svoje mnenje najkasneje v enem tednu po predstavitvi. Kdor na seminarju ni bil prisoten, mnenja ne sme oddati.

Urejanje spletnih strani na wikiju

Wiki so razvili zato, da lahko spletne vsebine ureja vsakdo. Ukazi so preprosti, dokler si ne zamislite česa prav posebnega. Vseeno pa je Word v primerjavi z wikijem pravo čudežno orodje... Če imate težave z oblikovanjem besedila, si preberite poglavje o urejanju wiki-strani na Wikipediji (tule v angleščini in tu v slovenščini). Pomaga tudi, če pogledate, kako je zapisana kakšna stran, ki se vam zdi v redu: kliknite na zavihek 'Uredite stran' in si poglejte, kako so vpisane povezave, kako nov odstavek in podobno. Na koncu seveda pod oknom za urejanje kliknite na 'Prekliči'.

Faktor vpliva

Faktor vpliva (angl. impact factor) neke revije pove, kolikokrat so bili v poprečju citirani članki v tej reviji v dveh letih skupaj pred objavo tega faktorja. Faktorje vpliva za posamezno revijo lahko najdete v COBISS-u. V polje "Naslov revije" vnesite ime revije za katero želite izvedeti faktor vpliva in pritisnite na gumb POIŠČI. V skrajnem desnem stolpcu se bodo izpisali faktorji vpliva za revije, ki ustrezajo vašim iskalnim kriterijem. Zadetkov za posamezno revijo je več zato, ker so navedeni faktorji vpliva za posamezno leto. Za leto 2011 faktorji vpliva še niso objavljeni, zato se orientirajte po faktorjih vpliva zadnjih par let. Če faktorja vpliva za vašo izbrano revijo ne najdete v bazi COBISS, potem izberite članek iz kakšne druge revije.

==Citiranje virov==Citiranje je možno po več shemah, važno je, da se v seminarju držite ene same.Temeljno načelo je, da je treba vir navesti na tak način, da ga je mogoče nedvoumno poiskati.Za citate v naravoslovju je najpogostejše citiranje po pravilniku ISO 690. Pravila, ki upoštevajo omenjeni standard, so pripravili pri ZTKS. Sicer pa ima vsaka revija lahko svoj način citiranja, ki ga je treba pri pisanju članka upoštevati.
Citiranje knjig:
Priimek, I. Naslov. Kraj: Založba, letnica.
Priimek, I. Naslov: podnaslov. Izdaja. Kraj: Založba, letnica. Zbirka, številka. ISBN.
Boyer, R. Temelji biokemije. Ljubljana: Študentska založba, 2005.
Glick BR in Pasternak JJ. Molecular biotechnology: principles and applications of recombinant DNA. 3. izdaja. Washington: ASM Press, 2003. ISBN 1-55581-269-4.
Če so avtorji trije, je beseda in med drugim in tretjim avtorjem. Če so avtorji več kot trije, napišemo samo prvega in dopišemo et al. (in drugi, po latinsko). Vse, kar je latinsko, pišemo poševno (npr. tudi imena rastlin in živali, pojme in vivo, in vitro ipd.). Citiranje člankov:
Priimek, I. Naslov. Naslov revije, letnica, letnik, številka, strani.
Lartigue C. et al. Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 2007, letn. 317, str. 632-638.Alternativni način citiranja (predvsem v družboslovju) je po pravilih APA, kjer članke citirajo takole:
Priimek, I. (letnica, številka). Naslov. Naslov revije, strani.
Lartigue C. et al. (2007, 317) Genome transplantation in bacteria: changing one species to another. Science, 632-638.Revija Science uporablja skrajšani zapis:
C. Lartigue et al. Science 317, 632 (2007)
V diplomah na FKKT je treba navesti vire tako, da izpišete tudi naslov citiranega dela in strani od-do (ne samo začetne).Citiranje spletnih virov:
Priimek, I. Naslov dokumenta. Izdaja. Kraj: Založnik, letnica. Datum zadnjega popravljanja. [Datum citiranja.] spletni naslov
strangeguitars. On the brink of artificial life. 6. 10. 2007. [citirano 13. 11. 2007] http://www.metafilter.com/65331/On-the-brink-of-artificial-life
Navedemo čim več podatkov; pogosto vseh iz pravila ne boste našli.