Tehnologija DNA

NOVO

Seminarji iz Tehnologije DNA (tDNA) se začnejo 5. oktobra, predavanja pa 2. novembra 2015 ob 15h.
Razlog za kasnejši začetek predavanj je izvajanje predavanj prof. Djinovićeve v oktobru tudi v terminih tDNA.
Oktobrska predavanja iz tDNA bodo razvrščena v novembrske termine predmeta Določanje 3D strukture proteinov. 

Odgovori na vprašanja

Tu bodo odgovori na morebitna vprašanja, ki so zanimiva za več študentov.

Podatki o predmetu

Izvedba predmeta	Predavanja: 45 ur, zimski semester 1. letnika magistrskega študija biokemije, laboratorijske vaje 15 h, seminarske vaje 15 h.
Predavatelj	izr. prof. dr. Marko Dolinar
Urnik 2015/16	Ponedeljek 8:00-9:00 - seminar, sreda 8:00 do 11:00 - predavanja. Zaradi izvajanja predavanj prof. Djinovićeve v bloku (pon.-sreda) v oktobru, se bodo predavanja iz Tehnologije DNA začela šele v novembru in bodo potekala tudi v terminih predavanj pri predmetu Določanje 3D strukture proteinov - razpored je razviden v spletni učilnici predmeta. Prvo predavanje iz tDNA bo 2.11. ob 15h (3 ure), drugo 3.11. ob 10h (2 uri), tretje 4.11. ob 8h (3 ure). Enak urnik bo v 2. tednu novembra, v 3. tednu bosta predavanji samo v ponedeljek ob 15h (2 uri) in sredo (3 ure), od vključno 25. novembra naprej pa samo še ob sredah zjutraj (po 3 ure).
Govorilne ure	V času semestra vsak četrtek od 15h do 16h in/ali po predhodnem dogovoru po telefonu (01) 479-8551; pisarna K2.021 (1. lamela, 2. nadstropje, na koncu hodnika na levi strani).
Izpitni roki 2015/16	zimsko izpitno obdobje: 15. februar 2016 poletno izpitno obdobje: 1. julij 2016 jesensko izpitno obdobje: 23. avgust 2016 Na izpitni rok se prijavite samo, če ste prepričani, da ste se snov dobro naučili in ste jo sposobni tudi kritično uporabiti na primerih. Prijavnic študentom, ki ne bodo prišli na izpit, ne vračam, odjave pred izpitom pa upoštevam - ne glede na razlog za odpoved - do trenutka, ko začnem deliti izpitne pole, tudi po e-pošti.
Študijska literatura	Bernard R. Glick, Jack J. Pasternak: Molecular Biotechnology, Principles and applications of recombinant DNA, 3rd edition, ASM Press, Washington, 2003 [ISBN 1-55581-269-4] Par izvodov 2. izdaje je bilo naročenih za knjižnico (FKKT/CTK). Cena pri založbi je bila 57 USD. V knjigi je biotehnološki del razložen bolj obširno, kot je potrebno za ta predmet - del knjige je učbenik pri izpbirnem predmetu Molekularna biotehnologija. Študirate še lahko po 2. izdaji; tudi strani zgoraj, v opisu tem, se nanašajo na 2. izdajo, ki je na voljo v CTK in na Veterinarski fakulteti (piše v Cobissu). Pomožni učbenik: Sandy Primrose, Richard Twyman, Bob Old: Principles of Gene Manipulation, 6th edition, Blackwell Science, Oxford, 2001 (cena pri založbi je 29.50 GBP; moj osebni izvod si lahko sposodite za kakšen dan, če želite). Povezava zgoraj vas pripelje na domačo stran učbenika, kjer je tudi nekaj slikovnega gradiva in vprašanj za ponavljanje snovi (v glavnem so lahka). Ker idealnega učbenika ni, bo nekaj poglavij povzetih po drugih virih - te bom navedel na predavanjih in po možnosti sproti dopolnjeval na tej strani.
Cilji	Pričakujem, da boste po opravljenem izpitu znali razložiti postopke za analizo DNA (in RNA), posebne primere kloniranja in izražanja genov ter priprave rekombinantnih organizmov, da boste (z nekaj občutka za živi svet) zagovarjali svoje mnenje o etičnih in strokovnih vidikih genske tehnologije. Po opravljenem izpitu bi morali biti sposobni razumeti metodološki del dobro napisanega strokovnega članka s področja molekularne biologije, ki vključuje gensko-tehnološke pristope. Prav tako mislim, da bi študenti morali znati sami sestaviti zaporedje reakcij, ki so potrebne za določen poskus.
Potek predavanj	Teme po datumih bodo navedene v spletni učilnici. Predavanja bodo po urniku, 3 podaljšane šolske ure s krajšo pavzo. V izpitnih obdobjih bodo skupaj trije pisni izpitni roki. Sledil bo kratek ustni zagovor za vse študente, ki bodo uspešno opravili pisni del.
Ocenjevanje Seminarji	Ob vsakem izpitnem vprašanju bo navedeno število točk, ki jih dobite za povsem pravilen odgovor, tako da se lahko bolj posvetite vprašanjem, ki prinašajo več točk. Tudi kriterij za ocenjevanje je znan vnaprej in je povsem aritmetičen in neodvisen od raznih statističnih razrezov. Sestavni del izpita je tudi eno vprašanje (včasih dve) iz snovi vaj. Odgovori na vprašanja z vaj predstavljajo 20 % končne ocene, na teoretična vprašanja pa 60 % končne ocene. Preostalih 20 % končne ocene boste dobili za seminar. Kolokvij in izpit boste pisali sočasno in prestavljata celoto, torej ne morete popravljati ocene ločeno iz teorije in z vaj. Na ustni del izpita lahko pride samo, kdor zbere pri pisnem izpitu (teorija + vaje) vsaj 55 % vseh možnih točk (ocena 6). Uspeh pri pisnem delu je osnova za končno oceno; na zagovoru lahko preverim manj tem, zato ta del šteje manj. Pričakujem pa, da bo zagovor v okviru znanja na pisnem delu - v tem primeru se ocena ne spremeni, če pa pri zagovoru pokažete boljše ali slabše znanje, kot je kazalo pri pisnem delu, lahko to oceno spremeni za eno, pri ZELO slabem ali ZELO dobrem znanju pa za dve oceni. Oceno z izpita je mogoče popraviti tako, kot to določa izpitni pravilnik. Ocene s komisijskega roka ni mogoče popravljati. Kriterij za ocene iz pisnega dela je: 56 % - 65 % za 6, 66 % - 74 % za 7, 75 % - 82 % za 8, 83 % - 90 % za 9, >90 % za 10. V VIS vpisujem tudi negativne ocene po kriteriju: 0 % - 11 % za 1, 12 % - 23 % za 2, 24 % - 34 % za 3, 35 % - 45 % za 4, 46 % - 55 % za 5. Seminarje izvajamo kot seminarske vaje, ki jih bo, tako kot laboratorijske, vodila asistentka Marina Klemenčič. Potekale bodo v prvi polovico semestra. Termini seminarjev so ob ponedeljkih zjutraj, edino prva dva tedna v novembru bodo ob ponedeljkih predavanja, seminarji pa ob torkih. O izvedbi seminarskih vaj vam bo vse razložila asistentka na prvem terminu.

Sklopi predavanj

1. Uvod. Primerjava DNA-tehnologije in sintezne biologije: metode in cilji.
2. Mutageneza in proteinsko inženirstvo.
3. Izražanje na površini. Dvohibridni sistemi.
4. GS bakterije v agronomiji in postopki za genetsko spreminjanje rastlin.
5. GS rastline, GS hrana.
6. Transgenske živali. Tehnologija izbijanja genov. Utišanje genov z RNAi.
7. Uporaba rekombinantnih mikroorganizmov in biomase v biotehnologiji (seminar).
8. Kloniranje živali.
9. Določanje nukleotidnih zaporedij celotnih genomov. Genomike / proteomika.
10. Tehnologija mikromrež.
11. Forenzične analize na osnovi nukleinskih kislin.
12. Analize DNA v sistematiki in ekologiji.
13. Analize DNA v diagnostiki.
14. Rekombinantna DNA v medicini. Gensko zdravljenje.

15. Zakonsko urejanje dela z rekombinantno DNA.
16. Patentiranje DNA in novih tehnologij, povezanih z DNA (seminar).
17. Novi pristopi v DNA-tehnologiji.

Sklopi (zgoraj) in poglavja v učbeniku (Molecular Biotechnology, 4. izdaja):

1. --
2. 8. Directed mutagenesis and protein engineering (str. 290-324)
3. ni v knjigi
4. v skrajšani obliki tri poglavja: 15. Plant growth-promoting bacteria (str. 599-649), 16. Microbial insecticides (str. 652-682) in 18. Genetic engineering of plants: Methodology (str. 725-756)
5. 19. Engineering plants to overcome biotic and abiotic stress (str. 759-800) in 20. Engineering plant quality and proteins (str. 803-830)
6. 21. Transgenic animals (str. 845-870)
7. 17. Large scale production of proteins from recombinant microorganisms (str. 685-720)
8. 21. poglavje - zadnje strani (str. 870-890)
9. 5. Bioinformatics, genomics and proteomics (str. 146-190)
10. ibid.
11. ni v knjigi
12. ni v knjigi
13. 9. Molecular diagnostics (str. 345-375)
14. 11. Nucleic acids as therapetic agents (str. 426-456)

Nekatera izpitna vprašanja

1. (2) Kakšna je velikost genoma riža v primerjavi s človekovim?
2. (3) Naštej 3 primere uporabe mestno-specifične mutageneze?
3. (6) V blatu ob jezeru Turkana so našli mumificirani trupli dveh osebkov, enega odraslega in enega otroka. Kako bi na osnovi njune DNA ugotovili, ali gre za starša z otrokom ali ne? Opišite postopek po fazah!
4. (4) Opišite princip delovanja dvohibridnega sistema kvasovk na osnovi proteina Gal4!
5. (3) Kaj vse lahko usmerjeno spreminjamo pri sončnicah za večji hektarski donos in kvaliteto semen?
6. (4) Kako bi lahko detektirali točkovno mutacijo v genu za laktalbumin s pomočjo 3 začetnih oligonukleotidov in fluorescenčnim označevanjem produktov?
7. (2) Po katerem principu poteka ločevanje nastalih produktov pri avtomatskih sekvenatorjih DNA?

Mogoče vam bodo prav prišla stara izpitna vprašanja iz Tehnologije rekombinantne DNA (stari program)- tule so.

==================

Koristne povezave

• Kako čemu rečemo po slovensko? Biokemijski terminološki slovar pod okriljem Slovenskega biokemijskega društva
• Katedra za biokemijo Fakultete za kemijo in kem. tehnologijo Univerze v Ljubljani
• Razlage nekaterih osnovnih pojmov, novice, strani za študente in predavatelje s področja molekularne biologije, biotehnologije, tehnologije rekombinantne DNA: Access Excellence - tudi slikovno gradivo.
• Slovar biotehnoloških izrazov (vsi slovarji so v angleščini).
• Slovar genetskih izrazov