Tehnologija DNA: Difference between revisions

From Wiki FKKT
Jump to navigationJump to search
No edit summary
 
(66 intermediate revisions by the same user not shown)
Line 2: Line 2:


===NOVO===
===NOVO===
 
  Prvo predavanje v tem študijskem letu bo v sredo, 2. oktobra ob 11. uri.
  [5.10.] Začetek predavanj bo 8.10.!
[5.10.] V zimskem semestru bodo govorilne ure ob četrtkih ob 15. uri, lahko pa se najavite na konzultacije v času,
ko sem prisoten - okvirni razpored zasedenosti je (oz. bo) na mojem [http://openwetware.org/wiki/User:Marko_Dolinar koledarju].
 
Mogoče vam bodo prav prišla stara izpitna vprašanja it Tehnologije rekombinantne DNA (stari program)-
[http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/TrDNA/TrDNA_izpiti06.pdf tule] so.
 
===Odgovori na vprašanja===
Tu bodo odgovori na morebitna vprašanja, ki so zanimiva za več študentov.


===Podatki o predmetu===
===Podatki o predmetu===
Line 17: Line 8:
|-
|-
|'''Izvedba predmeta'''
|'''Izvedba predmeta'''
|'''Predavanja:''' 45 ur, zimski semester 1. letnika magistrskega študija biokemije, laboratorijske vaje 5 h, seminarske vaje 25 h. [http://www.fkkt.uni-lj.si/attachments/3511/bk201-sl.pdf Splošen opis] predmeta je na uradni spletni strani FKKT.<br>
|'''Predavanja:''' 45 ur, zimski semester 1. letnika magistrskega študija biokemije, laboratorijske vaje 15 h, seminarji 15 h.<br>
|-
|-
|'''Predavatelj'''
|'''Izvajalci predmeta'''
|izr. prof. dr. [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si Marko Dolinar]
|izr. prof. dr. [mailto:marko.dolinar@fkkt.uni-lj.si Marko Dolinar] - predavanja; doc. dr. Vera Župunski [mailto:vera.zupunski@fkkt.uni-lj.si] - seminarji; doc. dr. [mailto:ajda.taler-vercic@fkkt.uni-lj.si Ajda Taler-Verčič] - vaje
|-
|-
|'''Urnik 2012/13'''
|'''Urnik predavanj 2024/25'''
|ponedeljek od 14h do 17h v predavalnici D30 na dekanatu<br>
|Sreda 11:00 do 14:00.<br>
|-
|-
|'''Govorilne ure'''
|'''Govorilne ure'''
|V času semestra vsak četrtek od 15h do 16h in/ali po predhodnem dogovoru po telefonu (01) 2419-480; oglasite se na Cesti v Mestni log 88a, 2. nadstropje.  
|V času semestra vsako sredo od 16h do 17h in/ali po predhodnem dogovoru po telefonu (01) 479-8551; pisarna 2021 (lamela 2A, na koncu levega hodnika).  
|-
|-
|'''Izpitni roki 2012/13'''
|'''Izpitni roki 2024/25'''
|
|
* zimsko izpitno obdobje: xx. januarja in yy. februarja 2013<br>
* zimsko izpitno obdobje: februar 2025<br>
* poletno izpitno obdobje: zz. julija<br>
* poletno izpitno obdobje: junij 2025<br>
* jesensko izpitno obdobje: konec avgusta<br>
* jesensko izpitno obdobje: avgust 2025<br>
Na izpitni rok se prijavite samo, če ste prepričani, da ste se snov dobro naučili in ste jo sposobni tudi kritično uporabiti na primerih. Prijavnic študentom, ki ne bodo prišli na izpit, ne vračam, odjave pred izpitom pa upoštevam - ne glede na razlog za odpoved - do trenutka, ko začnem deliti izpitne pole, tudi po e-pošti.<br>
Na izpitni rok se prijavite samo, če ste prepričani, da ste se snov dobro naučili in ste jo sposobni tudi kritično uporabiti na primerih. Študentov, ki so prijavljeni, pa ne pridejo na izpit, ne odjavljam, odjave pred izpitom pa upoštevam - ne glede na razlog za odpoved - do trenutka, ko začnem deliti izpitne pole, tudi po e-pošti.<br>
|-
|-
|'''Študijska literatura'''
|'''Študijska literatura'''
|Bernard R. Glick, Jack J. Pasternak: [http://estore.asm.org/viewItemDetails.asp?ItemID=309 Molecular Biotechnology], Principles and applications of recombinant DNA, 3rd edition, ASM Press, Washington, 2003 [ISBN 1-55581-269-4] <br>
|Bernard R. Glick, Jack J. Pasternak, Cheryl L. Paten: [http://www.asmscience.org/content/book/10.1128/9781555816124 Molecular Biotechnology], Principles and applications of recombinant DNA, 4th edition, ASM Press, Washington, 2010 [ISBN 9781555814984] <br>
<i>Par izvodov 2. izdaje je bilo naročenih za knjižnico (FKKT/CTK). Cena pri založbi je bila 57 USD. V knjigi je biotehnološki del razložen bolj obširno, kot je potrebno za ta predmet. </i><i>Študirate še lahko po 2. izdaji; tudi strani zgoraj, v opisu tem, se nanašajo na 2. izdajo, ki&nbsp; je na voljo v CTK (2 izvoda) in na Veterinarski fakulteti (piše v Cobissu). </i><br>
<i>Par izvodov 2. izdaje je v knjižnici FRI/FKKT. V tej izdaji knjige je biotehnološki del razložen bolj obširno, kot je potrebno za ta predmet. Ti deli knjige predstavljajo učbenik pri izbirnem predmetu [[Molekularna biotehnologija]]. </i><i>Študirate še lahko po 2. izdaji; tudi strani zgoraj, v opisu tem, se nanašajo na 2. izdajo, ki je na voljo v naši knjižnici. </i> Kasneje je knjižnica nabavila še nekaj izvodov kasnejših izdaj učbenika.<br>
Pomožni učbenik: Sandy Primrose, Richard Twyman, Bob Old: [http://www.blackwellpublishing.com/primrose/ Principles of Gene Manipulation], 6th edition, Blackwell Science, Oxford, 2001 (cena pri založbi je 29.50 GBP; moj osebni izvod si lahko sposodite za kakšen dan, če želite). Povezava zgoraj vas pripelje na domačo stran učbenika, kjer je tudi nekaj slikovnega gradiva in vprašanj za ponavljanje snovi (v glavnem so lahka).<br>
Pomožni učbenik: Sandy Primrose, Richard Twyman, Bob Old: [http://www.blackwellpublishing.com/primrose/ Principles of Gene Manipulation], 6th edition, Blackwell Science, Oxford, 2001. Povezava zgoraj vas pripelje na domačo stran učbenika, kjer je tudi nekaj slikovnega gradiva in vprašanj za ponavljanje snovi (v glavnem so lahka).<br>
Ker idealnega učbenika ni, bo nekaj poglavij povzetih po drugih virih - te bom navedel na predavanjih in po možnosti sproti dopolnjeval na tej
Ker idealnega učbenika ni, bo nekaj poglavij povzetih po drugih virih.
strani.
|-
|-
|'''Cilji'''
|'''Cilji'''
|Pričakujem, da boste po opravljenem izpitu znali razložiti postopke za analizo DNA (in RNA), posebne primere kloniranja in izražanja genov ter priprave rekombinantnih organizmov, da boste (z nekaj občutka za živi svet) zagovarjali svoje mnenje o etičnih in strokovnih vidikih genske tehnologije. Po opravljenem izpitu bi morali biti sposobni razumeti metodološki del dobro napisanega strokovnega članka s področja molekularne biologije, ki vključuje gensko-tehnološke pristope. Prav tako mislim, da bi študenti morali znati sami sestaviti zaporedje reakcij, ki so potrebne za določen poskus.  
|Pričakujem, da boste po opravljenem izpitu znali razložiti postopke za analizo DNA (in RNA), načine iskanja interakcijskih partnerjev, postopke za uvajanje mutacij, posebne primere kloniranja in izražanja genov ter priprave rekombinantnih/transgenskih organizmov, da boste (z nekaj občutka za živi svet) zagovarjali svoje mnenje o etičnih in strokovnih vidikih genske tehnologije. Po opravljenem izpitu bi morali biti sposobni razumeti metodološki del dobro napisanega strokovnega članka s področja molekularne biologije, ki vključuje genskotehnološke pristope. Prav tako mislim, da bi študenti morali znati sami sestaviti zaporedje reakcij, ki so potrebne za izvedbo nekega poskusa s področja DNA-tehnologije.  
|-
|-
|'''Potek predavanj'''
|'''Potek predavanj'''
|Teme po datumih bodo navedene v spletni učilnici. V prvem letu bodo verjetno teme nekoliko bolj ohlapno definirane. Predavanja bodo po urniku, 4 šolske ure s kratkimi pavzami. Po koncu predavanj bo pisni izpit s kratkim ustnim zagovorom za vse študente, ki so opravili pisni del.<br>
|Teme po datumih bodo navedene v spletni učilnici. Predavanja bodo po urniku, 3 šolske ure z dvema krajšima pavzama. V izpitnih obdobjih bodo skupaj trije pisni izpitni roki. Sledil bo kratek ustni zagovor za vse študente, ki bodo uspešno opravili pisni del.<br>
|-
|-
|'''Ocenjevanje<br><br><br><br><br>Seminarji<br><br><br>'''
|<br>'''Ocenjevanje<br><br><br><br><br><br><br>'''
|
|
Ob vsakem izpitnem vprašanju bo navedeno število točk, ki jih dobite za povsem pravilen odgovor, tako da se lahko bolj posvetite vprašanjem, ki prinašajo več točk. Tudi kriterij za ocenjevanje je znan vnaprej in je povsem aritmetičen in neodvisen od raznih statističnih razrezov.Na ustni del izpita lahko pride samo, kdor zbere pri pisnem izpitu vsaj 55 % vseh možnih točk (ocena 6). Uspeh pri pisnem delu je osnova za končno oceno; na zagovoru lahko preverim manj tem, zato ta del šteje manj. Pričakujem pa, da bo zagovor v okviru znanja na pisnem delu - v tem primeru se ocena ne spremeni, če pa pri zagovoru pokažete boljše ali slabše znanje, kot je kazalo pri pisnem delu, lahko to oceno spremeni za eno, pri ZELO slabem ali ZELO dobrem znanju pa za dve oceni.<br>Oceno z izpita je mogoče popraviti. Popravljanje je mogoče samo enkrat in samo na enem od razpisanih izpitnih rokov. V skladu s priporočilom
Ocena je sestavljena iz delnih ocen, in sicer za seminarje (15 % končne ocene), poročila z vaj (5 % končne ocene) in izpit (80 % končne ocene). Izpit je pisni iz teorije in vaj ter nato ustni samo iz teorije. Ocena izpita je torej sestavljena iz ocene kolokvijskega dela izpita (20 % ocene izpita) in preračunane ocene za teoretični del (80 % ocene izpita). Ocena za teoretični del je izračunana tako, da predstavlja ocena pisnega dela 3/4, ocena ustnega dela pa 1/4 ocene.
Rektorata UL (spomladi 2002) velja ocena, ki je višja. Ocene s komisijskega roka ni mogoče popravljati (sklep Študijske komisije FKKT iz leta 2007).<br>
Na pisnem delu izpita je ob vsakem izpitnem vprašanju navedeno število točk, ki jih dobite za povsem pravilen odgovor, tako da se lahko bolj posvetite vprašanjem, ki prinašajo več točk. Kriterij zaključevanja ocene je znan vnaprej in je povsem aritmetičen. Kolokvij in izpit boste pisali sočasno in prestavljata celoto, torej ne morete popravljati ocene ločeno iz teorije in z vaj.
Na ustni del izpita lahko pride samo, kdor zbere pri pisnem izpitu iz teorije vsaj 55 % vseh možnih točk, hkrati pa morate iz snovi vaj doseči najmanj 30 % točk. Uspeh pri pisnem delu je osnova za končno oceno; na zagovoru lahko preverim manj tem, zato ta del šteje manj (25 % ocene iz teorije). Oceno z izpita je mogoče popraviti tako, kot to določa izpitni pravilnik. Ocene s komisijskega roka ni mogoče popravljati.<br>  
<br>
<br>
<em>Kriterij za ocene iz pisnega dela je: 56 % - 65 % za 6, 66 % - 74 % za 7, 75 % - 82 % za 8, 83 % - 90 % za 9, >90 % za 10. <br>
<em>Kriterij za zaključevanje ocen je: 55 % - 65 % za 6, 66 % - 74 % za 7, 75 % - 82 % za 8, 83 % - 90 % za 9, vsaj 91 % za 10. <br>
V sistem e-študent vpisujem tudi negativne ocene po kriteriju: 0 % - 11 % za 1, 12 % - 23 % za 2, 24 % - 34 % za 3, 35 % - 45 % za 4, 46 % - 55 % za 5.</em><br>
V Studis je mogoče vpisovati samo eno negativno oceno (5), ne glede na dosežene točke.</em><br>
 
 
Seminarje izvajamo kot seminarske vaje. Letos bo te vaje vodil asistent Nejc Jelen in bodo predovidoma potekale predvsem v drugem delu semestra, ko boste že absolvirali nekaj teorije. Termini seminarjev bodo enaki kot so na urniku za predavanja. Seminarske teme bodo določene do 15.10.
<br>
<br>
|}
|}
<br>
<br>


===Predmetnik===
===Sklopi predavanj===
Tu je zaenkrat še predmetnih starega predmeta Tehnologija rekombinantne DNA. Vse teme, ki smo jih obdelali pri Molekulskem kloniranju (lani), odpadejo.<br>
oznake: MB...Glick & Pasternak: [http://www.amazon.com/Molecular-Biotechnology-Principles-Applications-Recombinant/dp/1555812694/ref=ed_oe_p/104-6946145-5875937?ie=UTF8 Molecular Biotechnology] (strani se nanašajo na starejšo 2. izdajo, ki je tudi v CTK), PGM...Primrose, Twyman & Old (pomožni učbenik; številke so strani, ki obsegajo določeno temo): [http://www.amazon.com/gp/product/0632059540/sr=1-4/qid=1154531443/ref=sr_1_4/104-1519085-8307111?ie=UTF8&s=books Principles of gene manipulation], 'Maniatis'...Sambrook&Russel: Molecular cloning. A laboratory manual.
<br>
<br>
Sklopi in osnovna literatura:<br>
1. Uvod. Primerjava DNA-tehnologije in sintezne biologije: metode in cilji.<br>
2. Mutageneza in proteinsko inženirstvo.<br>
3. Izražanje na površini. Dvohibridni sistemi.<br>
4. Metode za urejanje genoma.<br>
5. Priprava genetsko spremenjenih (GS) rastlin in GS hrana.<br>
6. Transgenske živali. Tehnologija izbijanja genov. Utišanje genov z RNAi.<br>
7. Uporaba rekombinantnih mikroorganizmov in biomase v biotehnologiji (seminar).<br>
8. Kloniranje živali.<br>
9. Določanje nukleotidnih zaporedij celotnih genomov. Genomike.<br>
10. Tehnologija mikromrež.<br>
11. Forenzične analize na osnovi nukleinskih kislin.<br>
12. Analize DNA v sistematiki in ekologiji.<br>
13. Analize DNA v diagnostiki.<br>
14. Rekombinantna DNA v medicini. Gensko zdravljenje.<br>
15. Zakonsko urejanje dela z rekombinantno DNA.<br>
16. Patentiranje DNA in novih tehnologij, povezanih z DNA (ni izpitna snov).<br>
 
<br>
<br>
<b>[http://openwetware.org/wiki/FCCT_Biochemistry_Lab:Courses:TrDNA:A1 A1]</b> Namen predmeta, potek predavanj; osnove tehnologije rekombinantne DNA, zgodovina [MB 3-12] (več kot malo tudi na [http://www.accessexcellence.org/AB/BC/ WWW]), zakonodaja (SI: [http://www2.gov.si/zak/Zak_vel.nsf/067cd1764ec38042c12565da002f2781/c12563a400338836c1256bf4002324e9?OpenDocument Zakon o ravnanju z GSO]; [http://www.biosafety.be/Menu/BiosEur.html predpisi EU]; [http://www2.gov.si/zak/Zak_vel.nsf/067cd1764ec38042c12565da002f2781/c12563a400338836c125668d0026ce05?OpenDocument konvencija] o člov. pravicah v zvezi z biomedicino in protokol o prepovedi kloniranja človeških bitij); <br>
<b>A2</b> Laboratorijski organizmi [MB 13-18]; varnost [http://www.biotechnology-gmo.gov.si/ Slovenski portal biološke varnosti]; ameriški standardi: [http://www4.od.nih.gov/oba/rac/guidelines/guidelines.html navodila NIH]<br><br>


<b>B1 </b>Elektroforezne metode (nekatere [http://arbl.cvmbs.colostate.edu/hbooks/genetics/biotech/gels/principles.html osnove]
Sklopi (zgoraj) in poglavja v učbeniku (Molecular Biotechnology, 4. izdaja):
na straneh Colorado State University). Encimi v tehnologiji rekombinantne DNA [MB 45-51 + 'Maniatis', PGM 26-42]<br>
# --
<b>B2 </b>Vektorji [MB 51-59; 68-74; PGM 43-84]. Reporterski geni [http://www.the-scientist.com/article/display/12529/ pregled] reporterskih sistemov v reviji The Scientist 7/2001).<br><br>
# 8. Directed mutagenesis and protein engineering (str. 290-324)
 
# ni v knjigi
<b>C1 </b>Sinteza cDNA, priprava knjižnic [MB 59-68; PGM 83-119]. Transformiranje celic [MB 74-75]. <br>
# ni v knjigi
<b>C2 </b>Sinteza DNA <i>in vitro</i>. Različne izvedbe PCR. [MB 79-108; PGM 19-25] <br><br>
# 16. Microbial insecticides (str. 652-682) in 18. Genetic engineering of plants: Methodology (str. 725-756) - oboje v skrajšani obliki -, ter 19. Engineering plants to overcome biotic and abiotic stress (str. 759-800) in 20. Engineering plant quality and proteins (str. 803-830)
 
# 21. Transgenic animals (str. 845-870)
<b>D1 </b>Hibridizacija, sonde – načini označevanja [MB 59-66 + označevanje sond]. Določanje nukleotidnega zaporedja [MB120-132].<br>
# 17. Large scale production of proteins from recombinant microorganisms (str. 685-720)
<b>D2 </b> DNA-mikromreže [http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_microarray sestavek] v Wikipediji, na [http://www.gene-chips.com/ gene-chips.com] in [http://www.the-scientist.com/article/display/15684/ pregled] (2005) v reviji The Scientist; [http://science-education.nih.gov/newsnapshots/TOC_Chips/toc_chips.html gradivo] za ameriške srednje šole.<br><br>
# 21. poglavje - zadnje strani (str. 870-890)
 
# 5. Bioinformatics, genomics and proteomics (str. 146-190)
<b>E1 </b> Ekspresijski sistemi - splošno ([http://www.embl-heidelberg.de/ExternalInfo/geerlof/draft_frames/frame_flowchart_ext.htm opisi nekaterih metod] na straneh EMBL - <i>deluje v programu Internet Explorer</i>).<br>
# ibid.
<b>E2 </b> Izražanje v prokariontih: vektorji, fuzije, optimizacija proizvodnje; usmerjena lokalizacija, topnost, stabilnost in renaturacija ([MB 109-143 + renaturacije: [http://www.embl-heidelberg.de/ExternalInfo/geerlof/draft_frames/flowchart/extraction_clarification/denaturation_refolding.html kratek pregled]; PGM 139-155).<br><br>
# ni v knjigi
 
# ni v knjigi
<b>F1 </b> Izražanje v kvasovkah in nitastih glivah [MB 145-154; PGM 156-173].<br>
# 9. Molecular diagnostics (str. 345-375)
<b>F2 </b> Izražanje v gojenih živalskih in človeških celicah [MB 154-169; PGM 174-220].<br><br>
# 11. Nucleic acids as therapetic agents (str. 426-456)
 
<b>G1 </b> Mutageneza – pristopi; proteinsko inženirstvo. [MB171-195; PGM 132-138] <br>
<b>G2 </b> Predstavitev na fagih ([MB122-124 + [http://www.imbf.ku.dk/Bill_Willats/PMB%20phage%20display1%20nw.pdf pregledni članek] W.G.T. Willats, Plant Mol. Biol., 2002). Dvohibridni sistem kvasovk - nekaj [http://proteome.wayne.edu/YTHnetworks.html podrobnosti]; princip dvohibridnega sistema [http://bio.ijs.si/TrDNA/Y2H_Jenks.ppt PPT] in uporaba pri iskanju proteinov, ki interagirajo [http://bio.ijs.si/TrDNA/Y2H_fishing_Jenks.ppt PPT] - avtor [http://www.celanphy.sci.kun.nl/jenks.htm Bruce Jenks], Univ. Nijmegen, Nizozemska.<br><br>
 
<b>H1 </b> Forenzična genetika / prstni odtis DNA (glej tudi [http://en.wikipedia.org/wiki/Genetic_fingerprinting poglavje] v Wikipediji, za začetek morda tudi [http://www.kemija.org/index.php?option=com_content&amp;task=view&amp;id=71&amp;Itemid=1 sestavek] na kemija.org). Predavala bo predvidoma [http://www.mladina.si/tednik/200030/clanek/i-drobnic/ prof. dr. Katja Drobnič] s Centra za kriminalistično-tehnične preiskave MNZ.<br>
<b>H2 </b> DNA-diagnostika [MB206-224]. Uporaba TrDNA v sistematiki in ekologiji (teorija in preprost [http://www.cdc.gov/ncidod/eid/vol3no3/pienz.htm primer]). Proizvodnja rekombinantnih reagentov [MB227-276].<br><br>
 
<b>I1 </b> Molekularna biotehnologija: uporaba rekombinantnih organizmov [MB 277-309], uporaba biomase [MB 311-345]. <br>
<b>I2 </b> Rekomb. bakterije v agronomiji [MB 347-397]. Rekombinantna DNA v rastlinskih sistemih [MB227-276, PGM 221-246]. <br><br>
 
<b>J1 </b> Uporaba rastlin v molekularni biotehnologiji (MB 445-477; kratek poljudni uvod tudi na [http://www.colostate.edu/programs/lifesciences/TransgenicCrops/how.html WWW]). Gensko spremenjena hrana (dileme: glej [http://www.connectotel.com/gmfood/ novice] nasprotnikov GSH na WWW).<br>
<b>J2 </b> Izvorne celice ([http://stemcells.nih.gov/info/scireport/2006report.htm uvod] in osnovni pojmi na strani NIH; [http://www.newscientist.com/hottopics/cloning/ izvorne celice] na Kimball's Biology Pages; poljudni članek Nejca Jelena o izvornih celicah in njihovi uporabi - na kemija.org: [http://www.kemija.org/index.php?option=com_content&amp;task=view&amp;id=90&amp;Itemid=37" 1. del], [http://www.kemija.org/index.php?option=com_content&amp;task=view&amp;id=89&amp;Itemid=37" 2. del]). Transgenske živali [MB 479-505, PGM 247-273].<br><br>
 
<b>K1 </b> Tehnologija izbijanja genov ([http://www.the-scientist.com/article/display/11976/ splošen uvod] na straneh revije The Scientist). Utišanje genov z RNAi (osnove v [http://www.nature.com/nrg/journal/v2/n2/animation/nrg0201_110a_swf_MEDIA1.html animaciji] revije Nature Reviews Genetics - <i>zahteva pripomoček FlashPlayer</i>; Nobelova nagrada za fiziologijo 2006 - [http://nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/2006/adv.html razlaga]. Kloniranje sesalcev [http://news.bmn.com/hmsbeagle/103/notes/feature3 splošno], [http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_animals_that_have_been_cloned seznam] doslej kloniranih sesalcev in [http://en.wikipedia.org/wiki/Cloning#Animals poglavje] o kloniranju živali na Wikipediji; [http://www.nature.com/news/2007/070219/full/445800a.html povzetek] v reviji Nature: 10 let po objavi članka o ovci Dolly). <br>
<b>K2 </b>Projekt Človekov genom [http://www.sciencemag.org/content/vol291/issue5507 posebna ševilka revije Science] ob objavi zaporedja človekovega genoma, [http://www.nature.com/nature/journal/v409/n6822/full/409814a0.html novica] v reviji Nature in povezave). Določanje zaporedij drugih genomov [http://en.wikipedia.org/wiki/Genome_project genomski projekti] na Wikipediji).<br><br>
 
<b>L1 </b> Genomika – proteomika ([http://www.nature.com/genomics/post-genomics/action.html o ~ómikah] v reviji Nature; [http://en.wikipedia.org/wiki/Proteomics proteomika] na Wikipediji). Farmakogenomika [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/About/primer/pharm.html sestavek]
na NCBI).<br>
<b>L2 </b> Tehnologija rekombinante DNA v medicini. Gensko zdravljenje [MB555-590]. Aptameri [http://en.wikipedia.org/wiki/Aptamer na Wikipediji]<br><br>
 
<b>M1 </b> Patentiranje, dileme, možnosti. (MB 591-620; [http://www.uil-sipo.si/uploads/media/uil_seznam-predpisov_03-2007.pdf slovenska] zakonodaja (v formatu PDF), [http://www.european-patent-office.org/legal/epc/index.html evropska] patentna konvencija).<br>
<b>M2 </b> Etika ter družbena sprejemljivost. [http://www.ornl.gov/hgmis/elsi/patents.html Patentiranje v genetiki] in [http://www.ornl.gov/hgmis/elsi/elsi.html Etični, sociološki in zakonodajni] vidiki na straneh programa Človekov genom; [http://www.accessexcellence.org/AB/IE/ Etična vprašanja] v biotehnologiji; UNESCO: [http://portal.unesco.org/en/ev.php-URL_ID=13177&amp;URL_DO=DO_TOPIC&amp;URL_SECTION=201.html Svetovna deklaracija] o človekovem genomu in človekovih pravicah).<br><br>
 
<b>N1-2 </b> Novi pristopi v tehnologiji DNA (nove tehnike, reagenti in pristopi pri kloniranju in čiščenju rekomb. proteinov; pregled novih sistemov na trgu)<br><br>
<b>O1 </b> ponovitve, poglabljanje, odprta vprašanja<br>
<b>O2 </b> zaključni pisni izpit in zagovor<br>
__
<p>*(<i>za prebiranje WWW strani se morate prijaviti v BioMedNet, je pa zastonj in vam omogoča dostop do še več drugih virov in informacij s področja molekularne biologije in biomedicine</i>).</p>
 
<p><u>'Maniatis':</u> <i>tako na kratko imenujemo laboratorijski priročnik, ki je bil pred leti številka 1 v laboratorijih, saj vsebuje osnovne razlage in veliko postopkov za delo. Pravi vir je: Sambrook, J., Fritsch, E.F., Maniatis, T., Molecular Cloning. A laboratory manual. 2nd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press 1989. Obstaja tudi 3. izdaja. Ne poskušajte si te knjige izposoditi v knjižnicah, ker jo povsod rabijo v laboratorijih. Tudi kupovati je nima smisla, razen če nameravate odpreti lasten laboratorij. Enako uporabna in (ne)dostopna je '</i><i><u>rdeča knjiga</u></i><i> ', uradno F.M. Ausubel et al.: Current Protocols in Molecular Biology, J. Wiley &amp; Sons - trenutno 5 debelih map protokolov in razlag. </i><font size="2"><b><i>Ker
boste res rabili samo nekaj strani, se pri študiju tehničnih postopkov lahko oprete na kopije slik s predavanj, ki vam jih bom dal.</i></b></font><br>
<br>
</p>


===Nekatera izpitna vprašanja===
===Nekatera izpitna vprašanja===
<br>
<br>
<i>1. (2) Kakšna je velikost genoma riža v primerjavi s človekovim?<br>
<i>1. (2) Kakšna je velikost genoma riža v primerjavi s človekovim?<br>
2. (3) Naštej 3 primere uporabe mestno-specifične mutageneze?<br>
2. (3) Naštej 3 primere uporabe mestnospecifične mutageneze!<br>
3. (6) V blatu ob jezeru Turkana so našli mumificirani trupli dveh osebkov, enega odraslega in enega otroka. Kako bi na osnovi njune DNA ugotovili, ali gre za starša z otrokom ali ne? Opišite postopek po fazah!<br>
3. (6) V blatu ob jezeru Turkana so našli mumificirani trupli dveh osebkov, enega odraslega in enega otroka. Kako bi na osnovi njune DNA ugotovili, ali gre za starša z otrokom ali ne? Opišite postopek po fazah!<br>
4. (4) Opišite princip delovanja dvohibridnega sistema kvasovk na osnovi proteina Gal4! <br>
4. (4) Opišite princip delovanja dvohibridnega sistema kvasovk na osnovi proteina Gal4! <br>
5. (3) Kaj vse lahko usmerjeno spreminjamo pri sončnicah za večji hektarski donos in kvaliteto semen?<br>
5. (3) Kaj vse lahko usmerjeno spreminjamo pri sončnicah za večji hektarski donos in kvaliteto semen?<br>
6. (4) Kako bi lahko detektirali točkovno mutacijo v genu za laktalbumin s pomočjo 3 začetnih oligonukleotidov in fluorescenčnim označevanjem produktov?<br>
6. (4) Kako bi lahko detektirali točkovno mutacijo v genu za laktalbumin z uporabo 3 začetnih oligonukleotidov in fluorescenčnim označevanjem produktov?<br>
7. (2) Po katerem principu poteka ločevanje nastalih produktov pri avtomatskih sekvenatorjih DNA?<br>
<br>
<br>
</i>
</i>
Mogoče vam bodo prav prišla stara izpitna vprašanja iz Tehnologije rekombinantne DNA (stari program)- [http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/TrDNA/TrDNA_izpiti06.pdf tule] so.
==================<br>
==================<br>


===Koristne povezave===
===Koristne povezave===
<ul>
<ul>
   <li>Kako čemu rečemo po slovensko? [http://bio.ijs.si/SBD/terminologija.html Terminološka komisija] pri [http://web.bf.uni-lj.si/bi/biokemija/SBD/sbd.htm Slovenskem biokemijskem društvu]</li>
   <li>Kako čemu rečemo po slovensko? [http://www.sbd.si/datoteke/dokumenti/SBD_BiokemijskiSlovar2012a.pdf Biokemijski terminološki slovar] pod okriljem [http://www.sbd.si/sl/index.html Slovenskega biokemijskega društva]</li>
   <li>[http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/ Katedra za biokemijo] Fakultete za kemijo in kem. tehnologijo Univerze v Ljubljani</li>
   <li>[http://web.fkkt.uni-lj.si/biokemija/ Katedra za biokemijo] Fakultete za kemijo in kem. tehnologijo Univerze v Ljubljani</li>
   <li>Razlage nekaterih osnovnih pojmov, novice, strani za študente in predavatelje s področja molekularne biologije, biotehnologije,
   <li>Razlage nekaterih osnovnih pojmov, novice, strani za študente in predavatelje s področja molekularne biologije, biotehnologije,
Line 141: Line 111:
   <li>Slovar [http://biotechterms.org/sourcebook/index.phtml biotehnoloških] izrazov (vsi slovarji so v angleščini).</li>
   <li>Slovar [http://biotechterms.org/sourcebook/index.phtml biotehnoloških] izrazov (vsi slovarji so v angleščini).</li>
   <li>Slovar [http://www.weihenstephan.de/%7Eschlind/genglos.html?list=1 genetskih izrazov]</li>
   <li>Slovar [http://www.weihenstephan.de/%7Eschlind/genglos.html?list=1 genetskih izrazov]</li>
  <li>Slovar [http://www.mblab.gla.ac.uk/dictionary/graphic.html celične biologije];</li>
  <li>Slovar [http://www.fao.org/biotech/index_glossary.asp biotehnologije in genetskega inženirstva] (FAO)</li>
</ul>
</ul>

Latest revision as of 18:28, 29 September 2024


NOVO

Prvo predavanje v tem študijskem letu bo v sredo, 2. oktobra ob 11. uri.

Podatki o predmetu

Izvedba predmeta Predavanja: 45 ur, zimski semester 1. letnika magistrskega študija biokemije, laboratorijske vaje 15 h, seminarji 15 h.
Izvajalci predmeta izr. prof. dr. Marko Dolinar - predavanja; doc. dr. Vera Župunski [1] - seminarji; doc. dr. Ajda Taler-Verčič - vaje
Urnik predavanj 2024/25 Sreda 11:00 do 14:00.
Govorilne ure V času semestra vsako sredo od 16h do 17h in/ali po predhodnem dogovoru po telefonu (01) 479-8551; pisarna 2021 (lamela 2A, na koncu levega hodnika).
Izpitni roki 2024/25
  • zimsko izpitno obdobje: februar 2025
  • poletno izpitno obdobje: junij 2025
  • jesensko izpitno obdobje: avgust 2025

Na izpitni rok se prijavite samo, če ste prepričani, da ste se snov dobro naučili in ste jo sposobni tudi kritično uporabiti na primerih. Študentov, ki so prijavljeni, pa ne pridejo na izpit, ne odjavljam, odjave pred izpitom pa upoštevam - ne glede na razlog za odpoved - do trenutka, ko začnem deliti izpitne pole, tudi po e-pošti.

Študijska literatura Bernard R. Glick, Jack J. Pasternak, Cheryl L. Paten: Molecular Biotechnology, Principles and applications of recombinant DNA, 4th edition, ASM Press, Washington, 2010 [ISBN 9781555814984]

Par izvodov 2. izdaje je v knjižnici FRI/FKKT. V tej izdaji knjige je biotehnološki del razložen bolj obširno, kot je potrebno za ta predmet. Ti deli knjige predstavljajo učbenik pri izbirnem predmetu Molekularna biotehnologija. Študirate še lahko po 2. izdaji; tudi strani zgoraj, v opisu tem, se nanašajo na 2. izdajo, ki je na voljo v naši knjižnici. Kasneje je knjižnica nabavila še nekaj izvodov kasnejših izdaj učbenika.
Pomožni učbenik: Sandy Primrose, Richard Twyman, Bob Old: Principles of Gene Manipulation, 6th edition, Blackwell Science, Oxford, 2001. Povezava zgoraj vas pripelje na domačo stran učbenika, kjer je tudi nekaj slikovnega gradiva in vprašanj za ponavljanje snovi (v glavnem so lahka).
Ker idealnega učbenika ni, bo nekaj poglavij povzetih po drugih virih.

Cilji Pričakujem, da boste po opravljenem izpitu znali razložiti postopke za analizo DNA (in RNA), načine iskanja interakcijskih partnerjev, postopke za uvajanje mutacij, posebne primere kloniranja in izražanja genov ter priprave rekombinantnih/transgenskih organizmov, da boste (z nekaj občutka za živi svet) zagovarjali svoje mnenje o etičnih in strokovnih vidikih genske tehnologije. Po opravljenem izpitu bi morali biti sposobni razumeti metodološki del dobro napisanega strokovnega članka s področja molekularne biologije, ki vključuje genskotehnološke pristope. Prav tako mislim, da bi študenti morali znati sami sestaviti zaporedje reakcij, ki so potrebne za izvedbo nekega poskusa s področja DNA-tehnologije.
Potek predavanj Teme po datumih bodo navedene v spletni učilnici. Predavanja bodo po urniku, 3 šolske ure z dvema krajšima pavzama. V izpitnih obdobjih bodo skupaj trije pisni izpitni roki. Sledil bo kratek ustni zagovor za vse študente, ki bodo uspešno opravili pisni del.

Ocenjevanje

Ocena je sestavljena iz delnih ocen, in sicer za seminarje (15 % končne ocene), poročila z vaj (5 % končne ocene) in izpit (80 % končne ocene). Izpit je pisni iz teorije in vaj ter nato ustni samo iz teorije. Ocena izpita je torej sestavljena iz ocene kolokvijskega dela izpita (20 % ocene izpita) in preračunane ocene za teoretični del (80 % ocene izpita). Ocena za teoretični del je izračunana tako, da predstavlja ocena pisnega dela 3/4, ocena ustnega dela pa 1/4 ocene.

Na pisnem delu izpita je ob vsakem izpitnem vprašanju navedeno število točk, ki jih dobite za povsem pravilen odgovor, tako da se lahko bolj posvetite vprašanjem, ki prinašajo več točk. Kriterij zaključevanja ocene je znan vnaprej in je povsem aritmetičen. Kolokvij in izpit boste pisali sočasno in prestavljata celoto, torej ne morete popravljati ocene ločeno iz teorije in z vaj.

Na ustni del izpita lahko pride samo, kdor zbere pri pisnem izpitu iz teorije vsaj 55 % vseh možnih točk, hkrati pa morate iz snovi vaj doseči najmanj 30 % točk. Uspeh pri pisnem delu je osnova za končno oceno; na zagovoru lahko preverim manj tem, zato ta del šteje manj (25 % ocene iz teorije). Oceno z izpita je mogoče popraviti tako, kot to določa izpitni pravilnik. Ocene s komisijskega roka ni mogoče popravljati.

Kriterij za zaključevanje ocen je: 55 % - 65 % za 6, 66 % - 74 % za 7, 75 % - 82 % za 8, 83 % - 90 % za 9, vsaj 91 % za 10.
V Studis je mogoče vpisovati samo eno negativno oceno (5), ne glede na dosežene točke.


Sklopi predavanj


1. Uvod. Primerjava DNA-tehnologije in sintezne biologije: metode in cilji.
2. Mutageneza in proteinsko inženirstvo.
3. Izražanje na površini. Dvohibridni sistemi.
4. Metode za urejanje genoma.
5. Priprava genetsko spremenjenih (GS) rastlin in GS hrana.
6. Transgenske živali. Tehnologija izbijanja genov. Utišanje genov z RNAi.
7. Uporaba rekombinantnih mikroorganizmov in biomase v biotehnologiji (seminar).
8. Kloniranje živali.
9. Določanje nukleotidnih zaporedij celotnih genomov. Genomike.
10. Tehnologija mikromrež.
11. Forenzične analize na osnovi nukleinskih kislin.
12. Analize DNA v sistematiki in ekologiji.
13. Analize DNA v diagnostiki.
14. Rekombinantna DNA v medicini. Gensko zdravljenje.
15. Zakonsko urejanje dela z rekombinantno DNA.
16. Patentiranje DNA in novih tehnologij, povezanih z DNA (ni izpitna snov).


Sklopi (zgoraj) in poglavja v učbeniku (Molecular Biotechnology, 4. izdaja):

  1. --
  2. 8. Directed mutagenesis and protein engineering (str. 290-324)
  3. ni v knjigi
  4. ni v knjigi
  5. 16. Microbial insecticides (str. 652-682) in 18. Genetic engineering of plants: Methodology (str. 725-756) - oboje v skrajšani obliki -, ter 19. Engineering plants to overcome biotic and abiotic stress (str. 759-800) in 20. Engineering plant quality and proteins (str. 803-830)
  6. 21. Transgenic animals (str. 845-870)
  7. 17. Large scale production of proteins from recombinant microorganisms (str. 685-720)
  8. 21. poglavje - zadnje strani (str. 870-890)
  9. 5. Bioinformatics, genomics and proteomics (str. 146-190)
  10. ibid.
  11. ni v knjigi
  12. ni v knjigi
  13. 9. Molecular diagnostics (str. 345-375)
  14. 11. Nucleic acids as therapetic agents (str. 426-456)

Nekatera izpitna vprašanja


1. (2) Kakšna je velikost genoma riža v primerjavi s človekovim?
2. (3) Naštej 3 primere uporabe mestnospecifične mutageneze!
3. (6) V blatu ob jezeru Turkana so našli mumificirani trupli dveh osebkov, enega odraslega in enega otroka. Kako bi na osnovi njune DNA ugotovili, ali gre za starša z otrokom ali ne? Opišite postopek po fazah!
4. (4) Opišite princip delovanja dvohibridnega sistema kvasovk na osnovi proteina Gal4!
5. (3) Kaj vse lahko usmerjeno spreminjamo pri sončnicah za večji hektarski donos in kvaliteto semen?
6. (4) Kako bi lahko detektirali točkovno mutacijo v genu za laktalbumin z uporabo 3 začetnih oligonukleotidov in fluorescenčnim označevanjem produktov?

 Mogoče vam bodo prav prišla stara izpitna vprašanja iz Tehnologije rekombinantne DNA (stari program)- tule so.

==================

Koristne povezave

Retrieved from "https://wiki.fkkt.uni-lj.si/index.php?title=Tehnologija_DNA&oldid=23918"